1.理顺法院与人大、政府、检察院与党委之间的关系，尤其是要正确处理党的领导与司法独立之间的关系；
2.逐步淡化和废除地方各级政府机构对地方各级人民法院在人事、财政等方面的控制，将法院的人事任免、财务管理等收归法院，由法院系统内部实现对人、财、物的管理权；[8]
3.严格法官选拔、任职、惩戒制度，建立法官终身制、高薪制、退休制、培训制度，保障法官的司法豁免权，促使法官的专业化、职业化和精英化；
4.改革和完善法院内部的管理制度，确立科学的办案机制，取消错案追究制度、案件审批制度、请示汇报制度，充分发挥法官个人判案的自主性和创造性；
5.规范新闻媒体对案件的报道，正确处理舆论监督与法官审判之间的关系。
（五）改革公检法三机关之间的关系。公检法三机关之间的法律关系是刑事诉讼中的一个基本问题。在目前的刑事诉讼立法和实践中，公检法三机关之间的法律关系对刑事审级制度的最大影响就是，分工负责、互相配合、互相制约原则通过对公检法三机关之间的关系进行界定，从法律上确立了中国”流水作业式“的刑事诉讼构造，[9]从而导致法院不仅不能对检警机构的追诉活动实施有效的司法审查，独立自主地排除非法所得的证据材料，而且还只能依靠指控方在审判前、审判过程中以及法庭审理结束以后相继移送的书面案卷材料制作裁判结论，从而丧失了独立自主地采纳证据、认定事实和适用法律的能力，无法做到真正从法庭审理过程之中、从控辩双方的举证和辩论过程中形成自己的裁判结论，进而导致法庭审判过程的流于形式和裁判机能的名存实亡。[10]而在第一审程序流于形式，从而无法完成事实认定功能的情况下，必然影响刑事第二审功能的发挥。因此，改革两审终审制不能不对公检法之间的分工负责、互相配合、互相制约关系进行改革。笔者认为，改革公检法三机关之间的关系的基本思路就是按照刑事诉讼的基本规律，重新配置公检法三机关之间的权力：
1.将公安机关的侦查权和检察机关的起诉权定位于行政权，将法院的审判权定位于司法权，司法权对行政权的合法性具有司法审查权；
2.考虑到侦查权和起诉权具有本质上的统一性和目标上的一致性，以及检察机关对控诉的成败承担主要责任，我国警察机关和检察机关应当实行警检一体化的关系，让检察机关在刑事审前程序中起主导作用；
3.为了使流水作业式的刑事诉讼构造向以司法裁判为中心的刑事诉讼构造转变，保障司法的权威性，维持控审分离、控辩平等、法官居中裁判的现代刑事司法格局，我国应当改革检察机关的法律监督职能，将检察机关的法律监督的着眼点放在法官有无枉法裁判、徇私舞弊、贪赃枉法等方面，而不是放在法官的裁判结论是否正确上面。如果检察机关对法院的裁判结论有异议，应当像其他当事人一样采取上诉的方式，而不是采取作为法律监督职能标志的抗诉方式。
（六）严格控制刑事再审程序的适用。在经过近期改革和中期改革并实行三审终审制的情况下，绝大多数刑事案件的审判质量应该能够得到充分的保障。在这种情况下，我国严格限制刑事再审程序的适用应当具有良好的基础。笔者建议，我国在建立三审终审制的同时，在前述刑事再审程序改革的基础上，增加以下几项措施来严格控制刑事再审程序的适用：
