2.裁判费方面
少量定额征收裁判费，以节制滥诉的情形。因为司法资源属全民所有，为防止滥行诉讼，浪费司法资源，推动使用者付费原则，改采按件定额酌征裁判费。诉讼费用包含裁判费及其它进行诉讼的必要费用，原则上由败诉的一造负担。起诉，按件征收裁判费新台币4000元，适用简易诉讼程序的事件，征收新台币2000元，特定声请事件、抗告等，征收新台币1000元。
3.代理制度方面
行政诉讼当事人若欲委任代理人，除可委任律师为诉讼代理人外，在税务、专利行政事件，会计师、专利师或依法得为专利代理人者，经审判长许可，亦得为诉讼代理人；如当事人为公法人、中央或地方机关、公法上的非法人团体时，其所属专任人员办理法制、法务、诉愿业务或与诉讼事件相关业务者，亦得为诉讼代理人。
4.起诉期间方面
“新法”对于不经诉愿决定而提起的撤销诉讼以及课予义务诉讼的起诉期间，漏未规定，修正案就课予义务诉讼疏未规定起诉期间，故参照撤销诉讼起诉期间的规定予以明定。第106条第3项、第4项明定应于行政处分达到或公告后2个月的不变期间内为之；不经诉愿程序即得提起第5条第1项的诉讼者，应于作为期间届满后，始得为之。但于期间届满后，已逾3年者，则不得提起。
5.再审期间方面
为免对于确定判决反复争执，本次增订对于再审之诉的再审确定判决不服，复提起再审之诉时，其 5年再审期间自原判决确定时起算。但再审之诉有理由者，自该再审判决确定时起算。
（二）“第二次修正”的重点
本次修正于2009 年 12 月 22 日通过，2010 年 1 月 13 日公布，2010 年 5 月 1 日实施。本次共新增5条，修正61条，重点如下：
1.起诉期间方面
“新法”就课予义务诉讼、不经诉愿决定即可提起撤销诉讼或课予义务诉讼之情形，漏未规定起诉期间，遂增订起诉期间之规定。
2. 诉讼费用方面
明定其它法院将诉讼移送至行政法院者，移送前所生之诉讼费用，视为行政法院诉讼费用之一部分，并明定应补行征收诉讼费用或溢收诉讼费用之处理。明定溢收诉讼费用之处理，准用《民事诉讼法》第77条之26条规定。
3.诉讼救助方面
明定准予诉讼救助之本案诉讼，于裁判确定后有关诉讼费用之征收，准用《民事诉讼法》第114条第1项规定，及关于诉讼救助之裁定，准用《民事诉讼法》第115条规定，得为抗告。
4.管辖权方面
关于管辖权的规定方面，此次修正主要是便利证据调查及人民诉讼，包括不动产事件、公务员职务关系和公法上保险事件。
在不动产之公法上权利或法律关系，仍专属不动产所在地之行政法院管辖。增订第2项规定，除前项情形外，其它有关不动产之公法上权利或法律关系涉讼者，得由不动产所在地之行政法院管辖。
关于公务员职务关系，增订第15条之1，关于公务员职务关系的诉讼，得由公务员职务所在地之行政法院管辖。增订本条的理由是，有关公务员职务关系之诉讼，包括公务员职务关系是否发生，及因职务关系所生之诉讼，诸多国家立法例规定由原告职务所在地的行政法院管辖，例如德国《行政法院法》第52条第4款及法国《行政法院法》第56条规定，爰参照该等立法例，增订本条规定。
关于公法上保险事件，增订第15条之2，因公法上之保险事件涉讼者，得由为原告之被保险人、受益人之住所地或居所地或被保险人从事职业活动所在地之行政法院管辖。前项诉讼事件于投保单位为原告时，得由其主事务所或主营业所所在地之行政法院管辖。
