不仅如此，草案对取保候审、监视居住和逮捕的条件做出了较大的调整，对这些强制措施的适用程序做出了改革，要求检察机关审查批捕，可以“讯问犯罪嫌疑人”，“听取辩护律师的意见”；为防止超期羁押和不必要的关押，草案确立了检察机关对羁押必要性进行持续审查的程序，确立了在办案期限到期后办案机关解除羁押或者变更强制措施的制度，并给予嫌疑人、被告人及其辩护律师申请解除或变更强制措施的救济措施。这些新的制度安排，无疑对于实施宪法“公民的人身自由不受任意侵犯”的条款，具有重要的保障作用。
《修正案（草案）》在加强公民权利保障方面所作的积极努力，既是根据宪法所作的制度调整，也符合宪法有关条款的基本要求。在这一方面，立法部门确实是具有宪法意识的，也尽量做到了与宪法条款的协调一致。但是，考虑到在我国刑事诉讼法修改中，最高法院、最高检察院、公安部、国家安全部、司法部都深度参与了立法过程，《修正案（草案）》的很多条文设计都是在立法部门“协调部门利益”的基础上形成的，因此，《修正案（草案）》也确有部分程序设计过分迁就了某些部门的利益，而忽略了宪法有关国家机构设置和公民权利保障的基本要求。可以说，《修正案（草案）》在“不得与宪法相抵触”这一点也确实存在着一些值得反思的问题。
在近期围绕《修正案（草案）》所展开的讨论中，对于公安机关是否属于“司法机关”的问题，社会各界发生了激烈的争议。表面看来是一种立法语言表述的问题，具有较强的技术性。但实际上，这从深层次上反映出公安机关的宪法地位与《修正案（草案）》赋予公安机关的逐项权力是否相抵触的问题。按照我国的宪政体制，各级人民代表大会是国家权力机关，各级政府、法院和检察院由各级人大选举产生，向人大负责，受人大监督，并向各同人大报告工作。而作为维护社会治安、负责侦查刑事案件的公安机关，只是各级政府所设置的一个职能部门，它们对作为司法机关的法院、检察院是不可同日而言的。既然如此，公安机关既然属于各级政府的有机组成部分，而各级政府又都属于无可争议的行政机关，那么，公安机关当然也就具有行政部门的性质，而不属于司法机关，这似乎是不容置疑的结论。
然而，在我国刑事司法制度中，作为行政部门的公安机关，尽管可以不被称为“司法机关”，却经常行使一些本应由司法机关行使的权力。比如说，对于嫌疑人的拘传、取保候审、监视居住、刑事拘留，一直由公安机关自行决定、自行执行，遇有嫌疑人及其辩护律师提出异议的情形，也是由公安机关自行接受申诉和提供救济的。但这些强制措施都程度不同地限制或剥夺了公民的人身自由。公安机关作为治安行政机关，在办案过程中可以申请司法机关采取这些强制措施，而不能代行司法机关的职权，对这些强制措施直接行使决定权、执行权和救济权，否则，就必然带来侦查权（具有行政权的性质）与司法权的集中和混淆。又比如说，在刑事侦查过程中，公安机关可以采取各种强制性侦查措施，如搜查、扣押、辨认、强制取样等，这些措施也程度不同地侵犯了公民的隐私、财产或人格尊严。这些措施本应由中立司法机关作出决定或加以审批的，公安机关也代行了司法机关的职权。
至于近年来受到广泛争论的特殊侦查措施，在司法实践中也是由公安机关自行审批、自行决定和自行执行的。《修正案（草案）》将这类侦查措施区分为两类：一是技术侦查；二是秘密侦查。其中，技术侦查可以包括窃听、秘密录音录像、手机定位、电子邮件获取等措施，秘密侦查则主要是指利用特情、耳目或线人获取情报的诱惑侦查手段。以上这些特殊侦查手段一旦实施，在不同程度上会侵犯公民的权利和自由，特别会侵犯公民的人格尊严、个人隐私、通信秘密、住宅秘密等宪法权利。对于这些涉及侵犯宪法权利的特殊侦查措施，草案本应做出最严格的法律限制，以避免它们的滥用。但是，从《修正案（草案）》的规定来看，公安机关对这类特殊侦查措施仍然拥有审批权、决定权和执行权，对这类侦查措施的采用仍然不受法院的司法审查；公安机关采用这类侦查措施竟然在时间、时效和次数方面，没有受到严格的限制；那些被严重侵犯权利的公民无法向法院申请司法救济，既无法申请将那些非法采用特殊侦查手段所获取的证据排除于法庭之外，也无法申请法院将有关非法措施宣告为无效。可以说，在特殊侦查措施的实施上，草案仅仅对公安机关和检察机关做出了授权性规定，允许法院将此类证据采纳为证据，却没有对这类可能严重侵犯公民宪法权利的措施作出严格的司法控制。
需要引起深刻反思的远不止公安机关的宪法地位以及公安机关行使强制措施的决定权问题。《修正案（草案）》所确立的一些新制度，直接涉及对公民宪法权利的限制和剥夺问题，但立法者似乎只关注这些公权力的授予问题，而对这些权力的制约和平衡却缺乏基本的制度设计。例如，对嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件的“违法所得没收程序”，就属于对公民财产权的剥夺制度。根据这一程序，经检察机关提出申请，中级法院组成合议庭，就此发布公告，经公告六个月后，没有利害关系人提出异议的，法院可以进行书面审理，直接做出没收的裁定；而只有在利害关系人提出异议的情况下，法院才会举行庭审程序。相对于现行的“追缴赃款赃物程序”而言，这种通过法庭审理来实施没收财产的制度设计确有进步。然而，根据宪法有关保障公民合法财产不受任意侵犯的条款，对于这类剥夺“违法所得”的权力本应设置更为严密的程序。比如说，所要没收的财产是否属于“违法所得”或“犯罪所得”，应当有专门的程序加以审查；对于嫌疑人、被告人的违法所得与其家庭成员的合法所得，应当建立分割程序；对于嫌疑人、被告人的违法所得应当建立价格评估制度；对于没收财产的裁定，应当赋予利害关系人提起上诉的权利；对于没收来的财产，应当保障其进入国库，而不能转化为办案机关的办公经费，等等。而在这些基本的权利保障制度都没有建立的情况下，如何防止公权力的滥用、防止公民宪法权利不被任意侵犯呢？
