（一）权力的分离与制衡
“在刑事诉讼中，法官、原告和辩护人都集中到一个人身上，这种集中是和心理学的全部规律相矛盾的。”[3]马克思的这句名言揭示了刑事诉讼中权力分离与制衡的重要性。德国法学家拉德布鲁赫也指出：在刑事诉讼中，假如原告就是法官，那只有上帝才能充当辩护人。[4]这也显示出刑事诉讼中的权力集中，会直接导致被告人在行使辩护权方面陷入困境。
为了避免国家公权力的滥用，防止被追诉者的权利受到任意侵犯，立法部门在制定和修改刑事诉讼法时，必须确立基本的权力分离与平衡机制。在这一机制中，追诉权与审判权的分离是最重要的制度安排。[5]具体而言，负责刑事追诉的官员不得享有司法裁判权，而负有司法裁判职能的法院则不能承担追诉犯罪的使命。这对于审判程序和审判前程序的设计都是适用的。在审判程序中，法院不得代行追诉犯罪的职能，尤其不能超出检察机关起诉的范围，并不得随意变更检察机关起诉的罪名。在审判前程序中，那些涉及限制、剥夺公民人身自由和基本权利的强制性侦查措施，只能由那种不负责刑事侦查的机构加以授权、审批或者作出决定，使得强制措施的申请权、决定权和执行权发生分离。否则，无论是逮捕、拘留、监视居住还是搜查、扣押、技术侦查，都有可能遭到滥用。
另一方面，在执行程序中，对刑罚及其执行方式的变更权属于司法权，而对生效刑罚付诸实施的权力则属于行政权，这两种权力应当在行使主体上发生分离，而不应由同一国家机构来集中行使。其中，减刑属于对法院生效判决所作刑事处罚的变更，而假释、保外就医、监外执行、社区矫正则属于对法院生效裁判所确定的刑罚方式的变更。这些权力都应由司法机构按照司法程序来加以行使，而不能直接交付监狱、看守所或者它们的上级主管部门自行加以审批和决定。
在刑事诉讼立法过程中，我国立法部门注意贯彻国家权力的分离和制衡的理念，避免了刑事追诉权、审判权和执行权的过分集中。在这次公开征集意见的修正案草案中，这一理念也得到一定程度的体现。例如，对于适用简易程序的案件，草案要求检察机关一律派员出庭支持公诉；最高法院复核死刑案件，要听取最高检察院的意见；对于减刑、假释和暂予监外执行，检察机关可以向法院或其他批准机关提出书面意见，等等，就都加强了不同专门机关的相互制约。
但是，无论是在侦查领域还是在执行程序中，追诉权与裁判权、执行权与裁判权高度集中的现象仍然是存在的。这些问题长期以来受到社会各界的批评，被视为中国司法体制改革的重要课题。例如，看守所由公安机关直接管理，就带来未决羁押权与侦查权的集中问题；侦查机关自行审批和决定拘传、取保候审、监视居住、刑事拘留等强制措施，也带来了侦查权与对人身自由的剥夺权的集中问题；侦查机关自行决定实施搜查、扣押、辨认等强制性侦查手段，也带来了侦查权与对公民基本权利的剥夺权过于集中的问题。又如，在监狱或看守所服刑的犯罪人，要办理保外就医、监外执行，需要向省级以上监狱管理部门或者地市级以上公安机关报批，而无须由法院通过司法程序加以决定，这又带来了执行实施权与刑罚执行方式的变更权的高度集中问题。再如，作为一种最严厉的强制措施，逮捕至今仍然由检察机关做出批准或者决定，这在公安机关负责侦查的案件中或许是具有合理性的，但对那些由检察机关自行侦查的案件而言，检察机关对同一案件自行决定逮捕、自行侦查、自行提起公诉，这种将多项权力高度集中于一身的情况，使得逮捕成为一个容易出现权力滥用的领域。当然，在检察机关自行侦查的案件中，逮捕的批准权已经不再由负责侦查的检察机关自行决定，而是交由上一级检察机关批准，这在一定程度上加强了权力的制衡，但检察机关权力集中行使的问题依旧存在。
《修正案（草案）》，明确授权公安机关对多种严重犯罪案件可以“采取技术侦查措施”，检察机关对于重大贪污、贿赂以及严重侵犯公民人身权利的犯罪案件，也可以“采取技术侦查措施”。这些技术侦查措施可以由公安机关、检察机关自行审批、自行实施，而无须征得其他国家机关的批准；这些技术侦查措施自批准决定签发之日起三个月内有效，还可以经过侦查机关批准，延长有效期，而且每次批准延长的有效期可达三个月。
应当说，包括窃听、手机定位、电子邮件提取、手机短信调取等在内的技术侦查措施，对于公民的隐私、人格尊严等宪法权利都可能造成不同程度的侵犯。从保障侦查破案的角度看，由公安机关、检察机关对自行侦查的案件进行自行审批，这是最为便利、也是最有效率的。但是，站在公民权利保护的角度，我们也会对这种制度设计所带来的国家权力滥用问题表示担忧。其实，要做到有效侦查与保障权利之间的平衡，就要对技术侦查权确立基本的制约与平衡机制。比如说，对于公安机关负责侦查的案件，公安机关应向检察机关申请采取技术侦查措施，由检察机关负责审批；检察机关负责侦查的案件，检察机关要向法院申请采取技术侦查措施，由法院负责审批。这就犹如公安机关负责侦查的案件，应向检察机关申请批准逮捕一样，并不会带来侦查效率的降低问题，反而会对侦查机关依法适度地行使技术侦查权，产生有效的督促作用。
（二）被追诉者的主体地位
《修正案（草案）》对“禁止强迫自证其罪”的原则性宣示，激发了人们对确立沉默权制度的立法期望。然而，嫌疑人对侦查人员的提问“应当如实回答”的条款依然得到了保留，而这一直接来自“坦白从宽，抗拒从严”政策的法律条款，所剥夺的不仅是嫌疑人保持沉默权的自由，还包括嫌疑人有效辩护的权利。而从司法实践的情况来看，嫌疑人、被告人一旦保持沉默，或者不认罪、提出无罪辩护意见的，都有可能被视为“认罪态度不好”或者“无理狡辩”，法院可将此作为从重量刑的情节。这显然意味着，嫌疑人、被告人保持沉默或者积极行使辩护权的行为，会招致严厉的惩罚。
被告人因为行使辩护权而遭受惩罚，说明被告人的当事人地位并没有得到真正的确立。在中国刑事诉讼制度中，被告人因为其诉讼角色的不同而具有两种截然不同的地位：一是享有辩护权的当事人，二是了解案件事实的证据提供者。作为当事人，被告人可以获得律师的法律帮助，并可以提出本方证据，对公诉方的证据加以质证，然后参与法庭辩论。而作为言词证据的提供者，被告人被要求如实回答，向侦查机关提供真实、可靠的陈述。很显然，法律要求被告人同时充当这两种诉讼角色，这会使被告人处于十分尴尬的境地。这是因为，被告人假如要充分地行使辩护权，就可以自由自愿地选择自己的诉讼角色，而不受任何外在的强迫。例如，被告人可以选择不认罪，作出无罪辩护，充当与公诉方直接对立的辩护方；被告人可以选择认罪，放弃无罪辩护，充当与公诉方合作的一方。当然，被告人也可以放弃辩护权，而选择保持沉默。相反，假如单纯强调被告人提供证据的义务，那么，被告人保持沉默或者拒绝如实陈述，就当然被视为一种“抗拒行为”，甚至就连被告人行使无罪辩护权的行为，也应受到严厉的惩罚。
