第二，政教如何分离？这是一个关键的问题。其实早在古代和中世纪关于政教分离也都有过大量的论述，所谓“耶稣的归耶稣，凯撒的归凯撒”所说的也是分离。但是，我们看到，美国宪法第一修正案所确立的政教分离原则与它们不同，它是以一种全新的方式解决了这个复杂而又极其困难的政教关系问题，其至少具有如下三层含义。
第一层，它所确立的政教分离原则，是一种基于公共政治领域的分离。也就是说第一修正案所说的政教分离并不是绝对的无条件的分离，也并不追求这个不可能达到的人类社会的深层问题，或许政教从根本上来说是无法分离的。在此所说的分离只是在一种公共政治的层面上，在一种宪法所调整的国家治理的制度框架内的分离，所以这种分离是一种有限的分离，一种消极性的分离，一种通过分离而把人类社会的巨大的矛盾和冲突限定在一个范围内加以消减和弥合的政治策略。需要注意的是，所谓政教分离原则，指的是政教关系中的分离原则，政教关系（church－staterelation）处理的是教会与国家或政府的关系，而不是宗教信仰的主观心灵及其结社活动的问题。所以，对于这种政教分离我们应该意识到它的公共政治层面的基础平台这一根本特性，否则的话就是对政教分离原则的误解。对此，美国最高法院1947年在“艾沃森诉教育委员会案”的判决书中作了明确解释：“无论是州政府还是联邦政府，都不得以公开或隐蔽的方式参与任何宗教组织或集团的事务；反之亦然。用杰斐逊的话说，这一反对用立法确立国教条款，意在树立起一道‘教会与国家分离的墙’。”[35]
第二层，公共政治层面上的政教分离之所以能够成为可能，在于它是有限度的分离。在今日世界范围内，真正行宪的社会体制中均有效地解决了政治与宗教的大规模的冲突，避免了可怕的灾难，主要的是依赖于政教分离的两个基本原则，而这两个原则恰恰是美国宪法第一修正案第一款中所体现出来的两个原则。“国会不得制定设立宗教或者限制其自由实践的法律。”这句话实质上包含两层含义，又称两个分句。第一个是设立分句，指的是国家不得制定设立宗教的法律这一层意义，或者说，不得设立国教；另外一个分句是自由实践分句，指的是国家不得设立限制宗教自由实践的法律，或者说，宗教自由。第一修正案第一款的这两个分句实际上包含着两个基本的原则。第一个是国家不得设立国教的原则，或者说它抛弃了西方传统中的那种政教合一的国家制度，确立了国家作为一个公共政治的治理机构应该与宗教分离，对宗教采取不实质介入的方式，也就是说国家没有权利或资格在宗教事务中担当仲裁者的地位，它所治理的只是社会公共事务。第二个原则是宗教自由的原则，也就是说第一修正案第一款确保了宗教机构或信众在不违犯法律的前提下，可以自由地从事实践活动，公共权力不能加以限制。在此，关于人的信仰自由、结社自由的基本的权利又得到了新的落实。第一修正案第一款的两个分句表现为一个完整语句，其两个原则即不得确立国教的原则和宗教自由的原则，对于政治权力和宗教两个方面，都具有限制的意义。一方面它是对宗教的限制，要求宗教不得僭越，成为国教；另一方面它更是对国家权力的限制，即不得限制宗教自由，不得进入人们的信仰领域。所以说，第一修正案第一款的政治哲学前提是人权原则，它的政治制度前提是宪政原则。
第三层，第一宪法修正案的两个原则又不是截然对立的，它是一种新的综合，也就是说第一修正案的两个原则相辅相成，两个原则的平衡与协调，构成了宪法修正案的完整性，而正是这种完整性及其内在的张力使得美国在处理政教关系中能够灵活地根据现实的情况而加以处理。历史的实践证明，美国二百年来政教关系一直能够健康地发展而没有出现大的问题，其关键也正在于这个修正案所包含的两个原则的丰富性以及内在的张力所构成的一个完整性。对于第一修正案第一款，在美国的司法历史上有着不同的理解，对此，有学者归纳为分离派、协调派和中立派三种，也可以将它们分为保守派、改革派和综合派三种。保守派以严格遵守宪法第一修正案第一款的具体条文为特征，改革派则力求在两个原则中分清主次，而区分的标准又与现实社会的问题互动，相对来说，综合派是美国宪法实践的主流，从美国建国初期到20世纪以来几次著名的涉及宗教自由和政教分离的司法案例来看，基本上仍然是一种综合派占据主导地位的态势。
（四）现代宪法的“高级法”背景以及公民宗教问题
由于现代宪法以个人权利为基本要义，宗教信仰问题被视为一种个人的自由权利，这个宪法制度虽解决了历史上的一系列政权与神权的冲突，弥合了政治与宗教的纷争，极大地保护了个人宗教信仰的自由，但另外一个方面的问题也随之出现了，那就是个人在宗教信仰上的随意性，甚至取消了心灵安顿的制度设置。我们知道，人终究是一个不完善的生命，尤其是在生命与灵魂方面，在欲望与心灵的张力中，每个人都很难真正地持守作为人的高贵品质，面对死亡和罪的恐惧，每个人的内心深处，都有诉求安顿与归宿的祈盼。也正是因为此，宗教产生了，人因为心灵需要通过结社（教会）而过一种“群”的精神生活，以至于这种精神性生活的制度化于世俗生活，转化为一种神权政治，其极端形态便是政教合一的体制。
也正是由于政教合一的制度扭曲了人的个体信仰，人迫于神权的暴虐而“被信仰”，于是才有了基督新教的改革，有了宗教宽容，有了启蒙运动和思想解放，进而实现了所谓中立性的宪政制度，国家被视为必要的恶，政治国家的目的是为了保障人权，其中宗教信仰的自由权利被视为核心权利，为此像美国宪法的第一修正案就是据此原则而制定的。教会以及宗教性的活动归还社会，成为公共社会生活的一部分，个人的自由选择成为宗教信仰的唯一依据，国家宪法的责任只是为了保护和捍卫个人的各项自然权利，包括自由信仰的权利，信仰活动成为一种公共产品，教会成为一种公益产品的加工厂和道德的“孵化器”。但是，问题在于，个体的心灵究竟在这样一个可以自由选择的信仰世界中，能够承受得起吗？个体心灵能承担如此之自由吗？由于每个人都是脆弱的、有限的，甚至是充满罪恶的，也正因为此，个人才祈求拯救，祈望另外一种永恒的力量加以扶持和照顾，尤其祈盼获得心灵的精神安顿。但是，现代政治的结果却是适得其反，个人成为自己命运的主人，个人要自我拯救，自我安顿，自我来实现心灵的治理，这如何可能呢？
我们看到，至少在精神领域，在信仰世界，每个人面对现代宪法所提供的基于个人信仰自由的权利原则，并不完全接受，即人们感到这个宪法太奢侈了，或者说太自信了，把个人的自由权利抬得太高了，以至于个人难以承受。如果说现代宪法以及由此构造的现代国家是完全基于个人自由原则而建立起来的，那么这个原则在宗教信仰领域就需要修正，即这个宪法应该提供一种不同于个人绝对主义的法源，或者说，要提供一个不同于社会契约论的宪法构造原则，从而抵消现代宪法对于个人权利的高扬。应该指出，在现代宪法的人民主权之上，还有另外一个超验的精神起源，这个精神渊源可以对峙个人自由的绝对性，也就是说，现代宪法所规定的个人自由以及权利原则，并不是个人本身就足以证成其正当性的，而是来自另外一个高级法背景。
