为什么会出现这种情况呢？关键在于个体之人单凭自己本身似乎不可能在信仰上达到真正自由地信奉上帝的程度，也就是说，个人在信仰领域不能从自我欲望的枷锁中走出来，走向上帝。因此，新教改革看上去把个人从旧制度（天主教神权政治与封建等级制度）中解放出来，以为这个个人能够摆脱枷锁信奉上帝，但是，实际的结果似乎并非如此，个人摆脱了一个枷锁，但同时也可能陷入另外一个枷锁，即自我中心主义的枷锁、欲望的枷锁、背叛上帝救赎的枷锁。
于是，新教只得又重新建立一种神权政治，强迫那些自由的个人信奉上帝，视信仰上帝为业，否则予以严惩，例如加尔文的宗教裁判所，其严酷程度不让于天主教的神权政治。如此一来，岂不是新教改革以及其确立的个人自由原则就彻底被推翻了吗？岂不又回到中世纪神权政治的老路上了吗？
当然不是如此。因为，且不说新教改革的个人自由独立原则已经点燃了世俗封建制度的变革乃至革命之熊熊大火，整个世俗的政治法律领域也由此发生了根本性的变化，即便就基督教本身来说，新教所建立的神权政治与罗马天主教也有重大的不同。这个不同除了基督教信仰的教义、神学、仪式、组织等方面之外，就本文的主题来说，我认为这里还有一个原则性的不同，即信仰上帝开始显现出一种从个人义务向个人权利转变的倾向。
在传统宗教，例如在古典祭祀，尤其是天主教那里，每个人虽然都有信仰的种子或灵魂的诉求，但这个诉求之获得信仰之慰藉或满足，主要是通过一种政治性的神权组织体制及其代理人——大祭司、教皇、主教——来赐予了，虽然最终是来自上帝之手，但这个中介性的体制以及宗教领袖，则是至关重要的。由此，从某种意义上说，宗教信仰是一种“被信仰”，即成为个人心灵的一种绝对的义务：你必须信仰上帝。
但是，新教改革彻底打破了这个绝对的义务，把上帝与每一个信仰的心灵之诉求直接联系在一起，信仰成为个人心灵的事情，个人能够决定自己的信仰事务，因信称义不需要他人做主，而是自己为自己做主。信仰不是“被信仰”，而是自我信仰。我们看到，这里已经具有了个体自由的现代色彩，个体已经开始萌发某种权利意识。所谓权利，在早期现代是作为一种主观权利，即自己秉有自己事务的自由与主体性，外在的事务，诸如获得财产权、生命权如此，心灵事务也是如此，自主地支配自己的心灵，也是一种权利。
不过，正像前述，新教改革的目标并不是将精神生活，尤其是神圣的信仰完全交付给个人自己做主，它有一个限度，即个人必须信仰上帝，如果个人终将信仰上帝，那么个人可以获得并行使自己的自由权利。问题在于，个人的自由意识并不一定或必然指向上帝的救赎，一旦将自由交付给个人，个人的自由心灵很可能任马由缰，甚至受制于欲望。因此，基督新教的改革家们均感到必须给个人自由套上紧箍咒，即基督徒的自己信仰必须最终是信仰上帝，这个信仰的“自由”是有限度的，必须是信奉上帝的自由，作为信仰的个人自由权利，也不可能完全由个人绝对自主，而是要接受新教教会的教诲、提撕和戒律，把信仰的权利转化为一种奉献的忠诚，并在侍奉上帝的事业中消弭自己的权利意识，把得救视为上帝的恩典。[31]
我们看到，新教教义以及所建立的神权政治，就处于这样一个矛盾的神学逻辑之中，它既解放了个人，释放了个人的权利意识，但又约束个人，把个人的自由信仰限制于信仰上帝，它提高了个人的自由主体性，但又恐惧个人真的成为自己的主人，于是一种严峻甚至残酷的加尔文主义成为早期现代神权政治的典型形态。不过，应该指出，新教改革所开辟的世界并没有局限于基督教世界，它从根本性上促进了这个中世纪基督教神权政治的解体，即一个天主教会一统天下的欧洲政治被新教改革打破了，原先的二元对峙的另外一极——世俗社会以及世俗政治被彻底释放出来。当然，这个世俗政治并不是完全由新教改革所开辟出来的，欧洲的现代政治以及法律制度和经济社会，包含着诸多内容，现代性是一个全方位的社会变革，并非仅仅是宗教社会，也不是一个宗教改革所能穷尽的。但是，需要指出的，新教改革，特别是其倡导的个人心灵的信仰自主性，为这个现代政治和现代社会之发生与扩展开辟了一条通衢大道。
（二）政教分离与作为信仰自由的个人权利
在中世纪的社会现实政治结构中，从某种意义上说，政治与宗教也是分离的，前述的基督教会与世俗权力的二元对峙就是某种形式的政教分离。但是，中世纪的神权与王权的对峙，从严格的意义上说，还不属于现代意义上的政教分离。为什么这样说呢？这里涉及一个现代政治的制度结构以及宗教在现实世界的法律地位。我们知道，古典社会乃至中世纪封建社会，均是一种神权政治占据主导的社会，尽管世俗政治权力和世俗经济生活在中世纪乃至在古典社会都占据重要的地位，甚至是实际上的支配地位，但就其合法性形式来说，它们仍然要诉诸神权，祭祀和教会仍然是提供政治统治的合法性乃至正当性依据，神或上帝是世俗政权的权力之源。但是，新教改革之后，世俗政治的独立性和自主性扩展了，加上议会政治和民族国家的兴起与壮大，世俗政权开始占据主导，于是一种基于世俗政权框架下的政教分离运动开始了，并成为现代政治的基本前提。
王权或国家主权从基督教神权政治中分离出来，这是早期现代的政教分离之发端，现代政治取代神权政治，成为社会之“群”的治理方式，国家、议会、司法、政府、警察等公共权力机构，取代了教会、修道院、教会法院、教堂等教权机构，成为社会政治的治理组织和治理者。与此同时，社会中的个人作为基督徒的身份也逐渐淡化和退缩，信仰日益成为精神生活中的事情，信奉上帝成为每个人的私己事务，而经济生活，即谋生或努力从事经济社会中的工作，作为经济人，赚钱养家糊口，开作坊、搞贸易，甚至从事资本主义的市场经济，越来越成为一个人的主要事业，成为个人生活的大部分或绝大部分内容。我们看到，现代社会便是这样一个日益发达的经济社会，这就是所谓的“万恶的”资本主义社会。与这个社会相互配套的，则是一个公民社会或基于公民参与甚至构建的政治社会，也就是说，每一个现代人，除了作为经济人，从事市场经济，他还是一个政治人，即现代公民，他有参与公共活动的权利与义务，有参政议政的责任，有参与组建一个现代国家的公民权利和义务。我们同样看到，现代政治必然是一个民主政治，一个法治与宪政之政治，一个权利政治，一个公权力来自公民又服务于公民的政治。当然，从古典和中世纪的神权政治走到这样一个公民为主体的现代政治，需要一个历史的转折，这个转折显然是在早期现代完成的，早期现代之所以如此重要，在笔者看来，就是在世俗政治权力领域和精神信仰领域这两个方面完成了这个重大的转型。
关于政治领域的从专制主义到宪政民主政治的转型不是本文的主题，在此不说，现在我们来看精神信仰领域的这个转型。笔者认为，这个转型的关键是，神权政治中的个人信仰，在现代政治中被视为一种宗教信仰自由的个人权利，并且这种自由信仰的个人权利，为国家宪法所保障，这成为现代政治的一项最核心的个人权利，是个人自由的根本，由此也就奠定了现代政治的基本性质。为什么宗教信仰自由原则是现代宪法的核心原则呢？这还要从现代人的基本属性谈起。现代人之所以不同于古代人（在此语境下包括中世纪的人），在于现代人的基本属性发生了重大的变迁，与此相关的心灵、宗教与宪法的关系也就发生了重大的变化，如果说在古典社会是一个政教合一（非基督教的）的国家社稷体制，中世纪封建社会是一个基督教主导的准政教合一（神权与政权二元对峙的）的体制，那么早期现代则开始了一个政教分离的体制。上文论述的基督新教内在悖论或张力恰恰表明了这个伟大转型的特征，通过基督新教的哺育，个人心灵的宗教信仰从义务转变为宗教信仰的个人权利。
