由于知识产权的唯一性和整体性，科斯的黑箱产权理论本质上是一个垄断理论。垄断者的利益要以需求者有巨大的产品需求动力为前提，这意味着顾客的知识塑造已经完成，但知识产品恰好缺少这一前提。以科斯定理为基础的给定垄断权的制度安排，对生产者的保护经常会受到这一前提的困扰，原因在于对知识生产者保护过大，对知识使用者激励不足。

　　即使存在着交易双方的知识对称，对生产者的过高保护也会激励使用者绕过保护的行为，盗版市场是对这种过高保护的自然反应。过高的保护阻止了人们在可接受费用下的正常使用，而当这种行为的违法成本远低于通过正常渠道获得使用知识权利所必须支付的费用时，绕过正常渠道获取免费知识的盗版行为便成为他们的理性选择。这意味着，高保护等于没有保护。从另一角度看，在产权利益得不到保护的条件下，反而阻碍了知识生产。可见，黑箱产权理论是在没有类似盗版的情况下应用的，如果一个产权可以零成本的方式随意使用，就不存在对生产者的激励，也不会产生对知识资源的合理配置；如果一个制度是为保护而保护，不惜支付社会公共支出来打击盗版，人们就有可能放弃知识使用而选择无知识进步的生产方式。

　　知识的生产与使用是一个连续的社会活动，以产权黑箱理论为基础指导多会引起过度保护，阻止知识传播与使用。合理的知识产权制度不仅要激励知识生产者，还要兼顾激励知识使用者；知识产权制度需要打开黑箱，实现对两者的同步激励。

　　(二)知识的连续和共同生产特性限制了科斯定理在知识产权制度的应用

　　知识形态从朦胧的想法、创意和假说到抽象的原理，再到具有应用性的技术和方案存在着多种变化，知识在不断地转化为应用性知识的过程中，总是下游更具有实用性，上游具有抽象性。如果让知识产生收益，就必须让下游了解和掌握原理的用途与意义，当上游与下游之间加入了一个产权障碍以后，会阻止下游参与上游活动，使下游无法顺利地完成对知识的了解和掌握，上游原理性知识就不能顺利地向下游应用转移。[4]黑箱产权思想认为，只要交易成本为零，无论在何时给定产权都可以实现资源配置优化。但对知识生产来说，以思想的理解为前提的生产流程，即使上下游之间的交易成本为零，也会因为产权保护导致对知识的难以理解，进而阻碍知识的社会生产顺次流畅进行。

　　现代知识生产的重要趋势是知识生产越来越倾向于组织行为，是一个企业内部的生产与企业之间相互协作的过程。科斯定理的重要含义之一是，事先明晰产权是交易得以实现的前提，这意味着任何交易和合作协议是以产权边界清晰为前提的。但是，现代知识生产协作是共同创造、共同拥有，无法明晰产权，这决定了知识生产只能是非产权的合作协作，知识生产过程经常不是一个交易过程，而是一个协作管理过程，用给定产权的方式促进知识生产资源配置的意义也因此被淡化。