科斯定理通过产权明晰和市场交易两个活动，完成帕累托效率意义下资源优化配置，其含义是只要产权明晰就可以通过交易，在不伤害某些部门福利的前提下，增进另一些部门的福利，直至不能改进。但是，对知识产权来说，帕累托效率并不能涵盖知识所产生的社会福利全部，以科斯定理为基础建立的知识产权制度，可能会出现配置的目的性错误。
(一)社会福利目标与知识产权制度
社会福利表达了效率与公平的结合，比较重要的社会福利原则有帕累托福利原则和卡尔多-希克斯福利原则。没有一个福利原则会完全被人类接受，原因是福利原则涉及人们的利益，进而影响人们的立场。对既得利益者来说，帕累托福利原则更容易为其接受，其公开的理由是这个原则以市场制度为基础，可以节约社会交易成本，也可以在动态中激励创新；对弱者来说，卡尔多-希克斯福利原则更容易被接受，原因是其中包含了重新分配社会财富，人们的福利状态较少地受到财富累积和继承性的影响，有助于实现社会公平。
科斯定理以帕累托效率为目标，以承认和保护财富的积累为动力前提，而对于知识产权来说，知识生产能力积累是加速的，如果以排他性给定权利的方式对新创知识拥有者的利益加以保护，就意味着对这种加速积累能力的承认，这种以帕累托福利原则为前提的知识产权制度安排就可能隐藏着极大的不公平。
知识产权制度的排他性会加剧这种不公平。知识产权制度是以阻止竞争者进入的方式保护产权人的，而实际上，能够率先生产知识者多具有积累的知识生产能力，他们本来就具有知识创造的竞争力，再加上排他性的权利保护，就更强化其利用知识产权规则掠夺财富的能力。从全球范围看，美国成功推动了以WTO为主要规则的世界财富新分配体系并取得成功，用少量的物质资源投入的知识产权换取大量的高物耗的廉价商品，以表面上的合理分工转移走了许多国家的财富。这些知识生产积累能力强的国家，创造知识的动力已经演化为抢占知识产权的动力，而另一些起步较晚的国家，只能以知识产品输入国的身份参与世界分工，长期陷于知识商品购买者的角色。过于尊重帕累托福利原则，缺少以卡尔多-希克斯社会福利原则的制度性校正，是造成这种极化现象的主要原因。
知识产权是对人类共同拥有的知识生产权利的保护，但是知识产权的排他性将人类平等使用知识的权利割裂成两个阶级。帕累托福利的前提是机会公平，而实际上，机会公平往往掩盖了不允许弱者生产知识产权、也难以分享知识的事实。按照卡尔多-希克斯福利原则，弱者应该享有更多的知识，也应该在创造知识中获得更多的财富补偿。以公平立场出发的卡尔多-希克斯福利原则设计制度，可以将知识作为财富进行重新分配，或者将知识生产的财富结果进行重新分配，以纠正由能力积累造成的知识及其财富分配的不均衡。
