在实践中，企业的生产重心正在向知识生产转移，企业内部职务发明和团队生产、企业拥有知识产权的情况越来越多。企业采用团队作业方式进行知识生产的组织，强调团队利益，而不使用个人产权方式作为激励，从而避免了对知识连续生产和共同生产过程的干扰，反映了实践中人们对科斯定理使用的修正。此外，知识生产先合作、后给定产权，边生产、边给定产权等情况也是大量存在的。这些实践表明，现代知识生产正在放弃以黑箱产权理论为基础的管理，越来越倾向于使用非交易手段进行生产。
科斯的黑箱产权思想对内容明确的产权边界界定相对有效，而对内容含糊和思想正在形成中的产权界定存在着不适用性。简单地使用科斯定理，随意给定产权来割断知识的社会化连生产过程，不仅不会提高效率，还可能阻碍知识向下游转移以及下游与上游生产过程的渗透交叉，进而阻碍知识的社会化。尽管如此，科斯定理对知识生产也没有完全失效，原因是毕竟现代社会人们越来越将知识生产作为一种经济活动，而不再是纯粹的精神活动。
(三)从创新激励角度看科斯黑箱产权思想的局限
黑箱产权理论只反映了对现有方案的选择，如何激励人们在可选择方案之外找到新方案，科斯定理没有做充分的阐述。在科斯定理分析中，工厂周围的5个居民户因为受到烟尘污染使每户损失80元，总共损失400元。分析资料提供的解决方案是：在工厂的烟囱上安装一个除尘器，费用为200元；或每户装一台烘干机，每台价格为50元，总费用是250元。如果居民户与工厂之间达到某种约定的成本为零，当法律规定工厂拥有排污权时，居民户会选择每户出资40元去为工厂购买一个除尘器；当法律规定居民享有清洁权，那么，工厂也会选择出资200元购买一个除尘器安装在自己的烟囱上，工厂不会拿出400元给每户居民户赔偿损失。显然，在交易成本为零时，无论法律是规定工厂享有排污权，还是规定居民享有清洁权，最后解决烟尘污染衣物导致400元损失的成本都是最低的200元。在这里，备选方案和产品都已经完成优化，不需要进一步优化，是假设烘干机和除尘器生产都已经完成优化，纠纷双方都可以自由进行选择，人们只是如何利用这些优化生产的结果，从而切断了对这些产品进行优化的渠道。但实际上，如果最终结果不确定，就可能出现对现有支付的解决方案不满意的情况，从动态角度看，人们会设计出比最低成本方案更低的技术方案。那么，创新的动力从何而来呢？可能的情况是会出现一位第三者，他能够看到某一知识进展可以运用于改进人们对目标的满意程度，使方案的成本更低。比如发明一种烘干器的成本只有20元，这样就形成150元的潜在收益，从而会激励他去参与提供新的方案。换言之，经过动态化以后的科斯黑箱产权理论，假设隐含了有一个第三者，他能够明确地知道产权交易的细节和新知识应用的预期利润空间并付诸行动。科斯定理特别强调协商解决，这需要有足够充分的技术方案选择空间，它产生于动态中内生的创新激励。
