作为裁判者的法院主动对生效裁判提起再审和作为法律监督者的检察院通过抗诉提起再审是我国再审程序的一大特色。西方国家不以这种方式提起再审，而以当事人申请再审为普遍采用的方式。检察机关通过抗诉提起再审在世界各国和地区的立法上也不多见。在以检察机关参与诉讼较多闻名的法国，也只是规定当事人的再审之诉应通知检察机关，或检察机关以一方当事人的名义直接提起再审程序。在我国，依现行民诉法的规定，无论是检察院抗诉，还是法院决定再审均能直接启动再审程序，而此种制度设置是令人质疑的。
1.违反了民事权利当事人意思自治原则。民事诉讼法调整的是私法领域的冲突，应遵循当事人处分权原则。所谓私法，根据罗马法学家乌尔比安的学说，它是“关于个人利益的法律”。它所调整的对象是平等主体之间的权利义务关系。对这一领域国家一般不干预或尽可能地少干预。处分权原则最重要的内容之一就是对请求权的处分。当事人是否提起再审实属当事人意志范围内的事，法院自行决定再审和检察院提起抗诉实质上侵犯了当事人的请求权，违反了处分权原则。如果发生法律效力的判决、裁定确有错误，侵害了当事人一方或双方的民事权利，受害的当事人申请再审自不待言。但如果受害当事人出于种种考虑（如诉讼成本问题）放弃再审请求权，那么人民法院或人民检察依职权提起再审给当事人增加的诉讼成本如果大于通过再审获得的利益，这种损失由谁承担？如果人民法院或人民检察院依职权提起再审，他们在诉讼中的地位又如何确定？法院和检察既不是实体权利义务的承担者，又与案件没有直接利害关系，显然不能列为当事人，没有实体和程序上的处分权，再审中各种权利义务的处分都是从当事人的意志出发，法院和检察院在再审中又起什么作用呢？诸如此类的问题都反映出国家职权对民事诉讼的不当干预，直接影响了司法公正。
2.破坏了当事人的诉权与人民法院审判权的关系。诉权是当事人请求人民法院给予司法保护的一种权利，它是当事人行使各种诉讼权利的基础。审判权是专由人民法院具体行使的国家权力。在社会主义市场经济的条件下，二者之间应遵循什么样的互动关系呢？有学者认为：“诉讼以及作为具体表现形态的各种诉讼权利所涉及的事项，均属于当事人意志自主支配的自治领域，审判权不仅不能侵犯这一领域，而且应当充分保护这一领域的独立性和完整性。在市场经济条件下的民事诉讼中，应当以充分保护当事人行使诉讼权为本位，为基点。以审判权相比，诉讼应当被置于制约审判权行使的优先地位，而审判权的行使则应以保障当事人诉讼权的充分实现为宗旨”。[9]然而，司法实践中，由于传统的国家本位观念及法院行政化，院庭长首长化等因素的影响，诉权与审判权的关系被大大扭曲了。再审程序中法院依职权提起再审就是这种扭曲的典型。按照民事诉讼中不告不理的原则，人民法院行使审判权是基于当事人对诉权的运用。法院自行提起再审实际上形成了审判权对诉权的监督与制约，不仅违背了民事诉讼的基本规律而且会滋生一些未曾预料的错误行为。由于法院可以依职权提起再审，为防止错案的发生，上级人民法院及本院院庭长、审判委员会一方面以监督为名，干预承办人员的办案工作，形成先定后审，导致审判工作的行政化，给公正审判带来障碍。另一方面，由于承办人员怕承担办错案的责任，将向上级法院、本院院庭长、审判委员会汇报当作减轻责任的一种途径。承办人向审委会汇报案情后，案件依照审委会多数人的意思处理，错了就由这些多数人负责，最后就是没有人负责。案件是按上级法院的意思处理的，即使当事人上诉也不会成为错案，错案追究制难以推行，二审终审形同虚设。其实，法院要进行内部监督可以依照第二审程序和当事人申请再审引起的再审程序，通过直接审理、提审或指令下级人民法院再审等方式来进行。
3.使法院审判权与检察院法律监督权的关系不协调。
(1)检察监督的范围不明确。抗诉范围是及于法院在民事诉讼中做出的所有生效裁判，还是仅限于在某些程序中做出的生效裁判？对裁定的抗诉是及于《民事诉讼法》第140条规定的全部裁定，还是仅仅为这些裁定的部分裁定。一些检察机关认为抗诉监督的范围应包括民事诉讼的全过程和适用法律确有错误的全部裁定。法院则认为检察机关可以提出抗诉的裁判仅限于法院在审判程序中做出的某些裁判，可抗诉的裁判必须满足事后监督的要求。我国《民事诉讼法》规定检察监督受时间和程序的双重限制，即只能等到诉讼结束，法院裁判发生法律效力后，才能提出抗诉进行监督。因此，检察机关不得单独对法院在诉讼过程中所作的管辖权异议、财产保全、先予执行等裁定提出抗诉，认为这些裁定确有错误，只能等一审或二审判决生效后，在对判决抗诉时一并提出抗诉。并且，检察机关只能对符合再审程序规定的案件进行抗诉。《民事诉讼法》将再审程序排在第一审程序、第二审程序、特别程序之后，表明再审程序是专门用来纠正第一审程序、第二审程序中已生效的错误裁判的。依特别程序、公示催告程序做出的裁判是否能够通过再审程序进行纠正有待进一步探讨。执行程序是为了强制实现判决、裁定等生效法律文书确定的义务而设立的程序，因此，对法院在执行程序中做出的裁定，也不得适用再审程序。
