基于上述问题，我认为，现行刑事诉讼法所规定的三机关的关系原则应当废除。废除这个原则不仅有利于转变相关的观念，而且对刑事诉讼法修改后调整三机关的关系、加强辩护方的作用，均有积极意义。另外，需要说明的是，这个原则废除掉的话什么损失都没有。公检法三机关的具体分工该怎么规定还怎么规定，刑事诉讼各个环节的衔接该怎么设计还怎么设计，配合和制约也是这样。难道我们还指望三家再联合办案吗？还指望三家法外的配合吗？如果不指望，为什么要有这个原则呢？为什么还要体现三家是一家这样的原则呢？应该看到，在各个法治发达国家的刑事诉讼中，不论是英美法系国家，还是大陆法系国家，侦查机关、起诉机关和审判机关也都有其不同的职能及相应的分工，同时，职权机关之间的刑事诉讼活动也是依照法律规定相互衔接的（这种衔接在我国被称之为配合），同时，他们的三机关之间也会依照法律的规定进行一系列的制约，尤其是后一阶段对前一阶段的制约（当然，很少听到他们的警察对法院、对检察院机关如何制约，但是，法院对检察机关、对侦查机关的制约以及检察机关对侦查机关的制约却是客观存在的）。然而，他们为什么不提这个原则？奇怪的是，他们的机关并无党委的领导，刑事诉讼的整体运转还能良好。这说明了什么问题呢？显然，这说明了：没有这个原则，对刑事诉讼依法正常运转也不会产生实质性影响。
基于以上几个方面的分析，我认为这个原则已经完成了历史使命，在这次刑事诉讼法的修改中应该废除掉。当然，废除掉会面临困难。困难在于，宪法对此已有规定，而制定刑事诉讼法和修改刑事诉讼法所依据的都是宪法。那么，在宪法没有改的时候，要把这个原则废除掉，是不是有违宪法呢？这虽是一个困难，但是，这不应是一个不可解决的困难。因为，刑事诉讼法的具体规定可以体现三机关之间的职能分工及与"相互配合、相互制约"相关的具体内容，没必要重复宪法的规定。当然，最重要的是，我们要改变基本的观念，也就是在刑事诉讼中，不论是我们的立法还是司法实践，这个原则所体现出来的三家是一家的思想，被告人是诉讼主体中的另类的认识，必须予以改变。这才是问题的实质。
(三)禁止双重危险的原则
禁止双重危险的原则（又被称为一事不再理原则）我认为是修改刑事诉讼时需要确立的原则。我国现行刑事诉讼法未规定这个原则，但公民权利和政治权利公约第7条对此作了明确规定。公约规定的内容是：任何人已经依照一个国家的法律和刑事程序被最后定罪或者宣告无罪的，就不得以同一罪名再予审判和惩罚。根据该原则的要求，同一个人因为同一件事或者同一个行为不得遭受两次审判或者惩罚。这就是禁止双重危险的原则。
对这个原则的理解，我们应该从原则的含义及原则的例外情况来入手。该原则的含义主要包括两个方面：
第一，对同一个人的同一个行为，不得重复追究，即使是换一个罪名也不得重复追究。根据该原则，不能以同一罪名追究这毫无异义，但是，需要说明的是，换一个罪名也不允许。比如，对被告人开始以抢劫罪起诉，后被宣告无罪，然后对同一个行为又以抢夺罪再一次起诉，根据该原则的规定就不允许。尽管公约中规定的是"不得以同一罪名再行审判或者惩罚"，但是它所包含的含义是换一个罪名也不行。
第二，对于被告人的最终定罪或者宣告无罪，都意味着诉讼的终结，都不允许再追诉了。如果对他定了罪了，当然不能再对他进行追诉，但是，已经对他宣告无罪了，这时候也不允许再行追诉、惩罚。
要全面认识禁止双重危险的原则，还需要明确这个原则的几个例外情况：
第一个例外是，不同的主权国家对同一个犯罪行为人的同一犯罪行为可以重复追诉，因为这种基于不同的主权而进行的追诉。例如，我们国家的刑法所规定的某一个犯罪行为，根据我们国家的刑法构成了犯罪，即使该被告人在国外已经受到了审判，并且被定罪或者被惩罚，根据主权原则我们还可以审判他，还可以对他定罪。根据国际公约的规定，这样的重复追诉不违背一事不再理原则。因为这是基于不同的主权而进行的追诉。
