为什么说这是一个进步呢？因为，第一，该规定确定了只有经过法院的裁判，才能确定一个人有罪。公安机关没有这个职权，检察机关也没有这个职权。至于司法体制以外的其他机关，那就更没有这个职权了。相对于以前刑事诉讼法缺乏这样的规定，相对于以前刑事诉讼法规定的检察机关可以通过免予起诉来认定有罪，这是一个进步。第二个进步则在于，为了体现或者贯彻落实第12条规定所反映出的无罪推定原则的精神，刑事诉讼法第162条第2项，还专门规定了对指控证据不足的应当作出无罪判决的要求，也就是疑罪从无。这是无罪推定原则或者至少是其主体精神的反映。
但为什么又说这是一个有限的进步呢？正如当时的权威人士（全国人大法工委主任）对第12条的解释一样，由于我们国家既否定有罪推定，也不承认无罪推定，或者说有罪推定和无罪推定都是错误的，我们都不同意，所以第12条的规定并不表示对无罪推定的肯定。
由此可见，我们的刑事诉讼法通过一个与众不同的表述、很具有中国特色的表述，来表达了一种既想吸收无罪推定原则的一些思想，同时又认为能够排斥无罪推定原则中所包含的那些错误成份的考虑。然而，这种做法貌似有理，但这是有问题的。
那么它带来的问题是什么呢？现在我就要分析其中的问题。刚才我们所作的工作可以说是现状描述，现在进行问题分析。在我看来，如此表述所引出的最严重的问题，是我们难以充分认识无罪推定原则的基本精神，并且由于没有充分的认识，导致了我们的立法和司法实践在很多方面没有真正地、完全地贯彻无罪推定原则。类似于佘祥林的案件是其典型表现。
因此，我们要做的首先是对无罪推定原则的基本精神予以完整揭示，以纠正对其的错误认识。那末，无罪推定原则的完整的、核心思想有哪些呢？第一，也就是最原始的含义是：不能像对待罪犯那样对待犯罪嫌疑人和刑事被告人。这句话实际上是两百多年前的意大利的刑法学家贝卡利亚提出的（顺便说一句，他也是罪行法定原则的鼻祖）。他的原意是：不能像对待罪犯那样拷打、关押被告人，这就是无罪推定原则最初的基本含义。也就是不能像对待罪犯那样对待被告人，因为他还是没有被法院依法判决为有罪的人。第二，从最初的基本含义所引出的无罪推定原则的另一个基本含义是：应当把被追诉的人作为诉讼的主体来看待，他应当享有一系列的诉讼权利，刑事被告人不是诉讼的客体。无罪推定原则的第三个含义是：证明被追诉之人为罪犯的责任在控方，被指控的人没有责任、没有义务证明自己无罪。如果控方不能证明，那就应当做无罪处理。以上就是该原则的三个基本含义。
然而，我们以往的理解，是把无罪推定和有罪推定同等对待，都是作为唯心主义认识论的表现，而不是将其作为刑事诉讼法律价值观的反映。如果我们仅仅看无罪推定的文字表述的话，确实容易产生这样的认识。为什么这样说呢？显然，在证实犯罪以前若要推定或者假定他无罪，那么，凭什么假定他无罪？这确实给人以唯心的和先验的感觉，以至于可以判断其与推定有罪一样，属于唯心主义的、先验论的。但是，我认为，对无罪推定和有罪推定进行这样的字面理解是错误的。为什么说是错误的？以下我们作进一步分析。
通过对无罪推定原则的三个基本含义的揭示，我们已经可以，看到无罪推定原则与唯心论和先验论完全是两回事，这并不是个关于认识论的原则。进一步的分析我们可以从无罪推定原则的对立面着手。大家知道，无罪推定和有罪推定是一个对立的概念，而有罪推定是什么意思呢？我们在哪部法典中看到过"有罪推定"这样的规定呢？可以说，哪一部法典都没有关于有罪推定的经典表述，这与无罪推定原则大不相同。有罪推定在古今中外的任何法典中都不能见到如同无罪推定原则那样的表述。关于有罪推定的法典，人们经常举的例子是欧洲中世纪野蛮、残酷、专横、擅断的法律，然而，在这些法典中却并没有"有罪推定"这几个字。那么，我们为什么把它叫作有罪推定呢？这是由于：它采用的一系列地针对被告人的方法以及它的刑事诉讼程序所显示出的各种特点，都表明了把被告人当作罪犯一样来对待，把被告人作为诉讼客体来对待，以及疑罪从有的规定，人们将这样的刑事诉讼制度叫作有罪推定。
由此看来，无罪推定和有罪推定的对立，并不是表现在审判前应当如何推定两者不一样，更不是判决前认识论意义上的假定内容上的区别，而是表现在价值观上的对立：是不是将被告人作为诉讼主体来看待，能否区别于罪犯来对待刑事被告人并据此设计相应的诉讼程序等等。当然，如果在审理之后，案件处于"疑罪"状态时，这两个原则在认识论意义上的区别，是应当予以肯定的，即或者推定无罪，或者推定有罪。但这种区别更多的是诉讼制度上的设计，因为我们总不能因此作出"不能肯定无罪或者有罪"的判决吧，因此，这与唯心主义和先验论完全不同。
