首先，应该看到在我们的刑事诉讼法第3条已经有关于公、检、法三机关的职责分工以及第18条已经有三机关管辖分工的前提下，再来强调分工，它的含义到底是什么呢？我想，它的基本含义是为了体现我们关于刑事诉讼的基本观念，即刑事诉讼的整个过程，就如同工厂的工序一样，包括了三道工序，一个完整过程的三道工序。因此，在分工已有了明确而具体的规定时，在这里又说分工干什么呢？多说这句话的目的为什么呢，就是为了说明刑事诉讼中的职权机关是各管一段，我公安机关管辖的这块别人管不着，检察机关管辖的那块你也管不着，法院管辖的这块别人也管不着，是各管一段。在各管一段的基础上才有配合和制约。因此，这个原则突出想强调的不是分工，突出强调的是各管一段。记住这点很重要，因为这将涉及到我要谈到为什么要废除它的理由。这恰好是一个要废除的原因。
该原则的"言外之意"的另一方面，那就是反映了公、检、法三家其实就是一家的观念，这就是说：他们肩负着共同的任务，只是分工上有区别而已。这个"一家人"的观念还意味着：只有他们之间才会有配合和制约的问题，至于他们之外的，都不是可以相提并论的诉讼主体了，或者说只不过是刑事诉讼主体中的另类了，与其相互之间并无这种可以平起平坐的关系。
该原则的"言外之意"的第三点是，在有明确的职责分工的前提下，在诉讼过程中已经有明确的案件移交、逮捕的报批、移送起诉等这些配合和制约方面具体的法律规定的前提下，还要再"规定互相配合和互相制约"，显然是想进一步强调和说明三家相互的配合和相互制约的其他特殊含义。这个特殊含义是否意味着不仅容忍、而且希望三机关之间的法外配合呢？至少在实践中这种情况并不罕见。
当然，对现状的描述论也不能忘记该原则在历史上，即在1979年制定刑事诉讼法确定这个原则时，是有其积极意义的。因为在此以前，我国的刑事诉讼，按照当时通俗的做法，是"下去一把抓，回来再分家"，公、检、法三家是一家的观念，甚至体现在从侦查开始就直接共同办案、成立联合办案小组等方式中，以至于公安机关侦查预审、检察院批捕起诉、法院审判的职能分工也可以被置之不顾。相对于那样的观念、那样的体制和那样的做法，目前刑事诉讼法所规定的公检法三机关的关系原则还是一个进步。我认为这个是要肯定的。
下面对公检法三机关的关系原则进行问题分析。这个原则有那些问题呢？
第一，它与现代刑事诉讼的基本理念是不相吻合的，因为这个原则所体现的是三家合力来对付刑事被告人或者犯罪嫌疑人，因此，该原则作为三家实为一家的思想体现，表明了我们实际上没有真正摆脱公检法三机关均是专政机关的基本思维。而现代刑事诉讼的三机关关系的基本理念却并非如此，而是控辩平衡、不偏不倚的法院居中裁判，法院和控方并非一家。对法院裁判强调的是公正的审判、要求没有偏向的裁判，是居中裁判，这显然和那种精神是格格不入的。现代刑事诉讼的三机关关系的这种基本理念，在联合国的人权公约中有明确要求。据此，同为控诉性质的机关，公安机关和检察机关是一家的观念，有其合理性，然而，对法院而言，由于对刑事被告人的审判，要求的是公正的法庭、没有偏倚的裁判，因此，与控诉机关合一的法庭，和人权公约所要求的基本理念是不相符合的。
第二，这样的体制，这样的关系原则，不能符合或者说不能满足我们的司法机关对于侦查活动尤其是使用各种强制性侦查手段的司法控制的需要。按照人权公约的规定，侦查机关的对公民的人身自由等基本权利有限制或其他严重影响的强制性侦查活动和措施，应当受到司法的控制，这是公约的一个基本思想。然而，根据这个关系原则，不论是较长时间的拘留，还是搜查、窃听、扣押等各种强制性侦查手段、强制性措施，公安机关一家都能独立作出决定，这样的强制性侦查措施，按照现代法治观念的要求，都应当受到司法的控制。但三机关的关系原则使得这种控制不仅现在不可能，而且，通过修改刑事诉讼法以实现司法控制因此也失去了根据。因为该原则强调的是三家各管一段。尽管我们的刑事诉讼法也设定了批准逮捕和决定逮捕是由检察机关和法院分别来行使的权力，但是，对公安机关机关采取强制性侦查措施的限制来说，仅限于此是远远不够的。
第三，由于该原则所存在的上述言外之意，刑事被告人在刑事诉讼中并不能确立其可以与控方平等的诉讼主体地位，辩护人难以获得足以和控诉方相抗衡的能力。而按照人权公约的规定，控辩平衡、平等武装是刑事诉讼的基本原则。从这个意义上说，三机关的关系原则存在着与人权公约的规定不一致的问题。基于该原则所体现的三机关实为一家的关系，是以排斥犯罪嫌疑人、刑事被告人与控方的平等地位、否定辩护律师在刑事诉讼中的重要作用为前提的，因而存在着对进一步加强辩护律师在刑事诉讼中的重要作用、强调保障犯罪嫌疑人、刑事被告人的权利极为不利的问题。
