虽然组织上实现了审、检分隶，但由于检察官与法官通过同样的资格考试、且接受内容相同的司法官训练，背景和资历均相同，因此，审检之间仍存在频繁的人员交流，对此，称为“推、检互调”或“检、审互调”。早在“审、检合署”时期，因为检、审人员隶属于同一部门，其人事任免、迁调皆由“司法行政部”负责，检、审人员的互调属部属机关内部人事调动，因此，检、审人员之间的互调任职相当频繁。正是考虑到台湾地区司法实务中的这一惯例，同时也是为了减少改革的阻力、尊重司法官的意愿，在 1979 年议定审、检分隶时，就同时决定采行“推事检察官互调原则”：“检察官仍为司法官，与推事同一待遇，并由行政、司法两院商定审检人员互调办法。”1980 年台湾“法院组织法”修正时于第 35条新增第五项“推事检察官之互调办法，由行政院会同司法院定之”。后“行政院”和“司法院”据以制定“推事检察官互调办法”。1989 年制定公布的“司法人员人事条例”第 17 条规定“：法官、察官之互调办法，由司法院会同行政院定之”，对检审互调制度予以了明确肯定。
根据“推事检察官互调办法”规定，台湾地区实行法官、检察官并重的原则，其任用资格相同，服务年资并计，法官得与检察官互调任职。各级法院兼任院长之法官，得与同级检察机关主任检察官互调任职；高等法院以下各级法院兼任院长之法官，得与同级法院检察署检察长互调任职。连续任职法官或检察官两年以上者，得请求调任同级检察官或法官。“司法院”或“法务部”因各级法院或检察机关业务需要，有调用检察官或法官之必要时，应指名商调，并于征得本人同意后，得请先将拟调人员履历表及资料表检送参考。法官请求调任检察官或检察官请求调任法官者，应填具请求书，请求其上级主管机关核转“法务部”或“司法院”，并将请调人员履历表及资料表检送参考。“司法院”、“法务部”为办理法官、检察官之互调，应各指派人员组成法官检察官互调协调小组。协调小组的拟议，应各报请其主管长官并经其人事审议会通过后调任。以上即为台湾地区检审人员互调制度的主要内容。
对于法官、检察官互调制度的利弊，台湾法律界看法不一，部分学者对检、审互调制度颇多非议，认为检察官与法官虽同为司法官，司法训练背景和资历相同，但毕竟法律角色和职务性格不同，本应各专其职，频繁的检、审互调可能会模糊诉讼程序上检察官与法官各自的角色。{38}而且，由于该制度虽名为检、审人员“互调”，但事实上，在司法实务中，检察官请求调任法官者居多{39}，而法官请求调任检察官者甚少，其中的主要原因在于，台湾司法传统上历来存在“重推轻检”的观念，即认为法官方为“法律”中所称的法官，独立审判，不受任何干涉，地位超然尊严；而检察官的职权行使奉行检察一体原则，下级检察官必须服从上级监督长官的命令，办案时颇受掣肘，且又无定罪权，虽可提起公诉、指控犯罪，但是否定罪完全操于法官之手，因此，其权责及独立性较之法官远为不如，所以检察官更愿意请调法官。{40}正是这种单方面的“由检调法”，使得部分学者担心，可能会在某种程度上造成检察官欠缺“检察机关意识”，进而影响检察官队伍的职业化和稳定性。但也有学者认为，目前台湾地区的司法官养成制度决定了检察官与法官之间互调任职的现实合理性，因为法官和检察官“两者同一考试、同一训练、同一分发、同一官等、同一俸给。传统上一向互调，并未发现缺失。维持互调制度，应有必要”{41}。而若要禁止检察官与法官互调，首先必须改变目前检察官与法官经同一资格考试和司法训练的养成模式，从一开始就根据检察官和法官法律角色和职业性格的不同，分别设立检察官司法养成制度和法官养成制度。否则，强行中断“审、检互调”，碍难实行。
程序上的“审、检分隶”，体现在台湾地区检察机关与法院奉行“控审分离（不告不理）”的运作原则，即检察机关履行控诉职能，而法院谨守审判职能，两者不发生混合与交叉，尤其是法院不得超越检察官的起诉对象而对与起诉案件并立、独立的、不相干的犯罪行为予以审判。例如，被告犯有杀人罪与窃盗罪等，检察官起诉时只就窃盗起诉，法院即不得就检察官起诉以外的杀人罪等在窃盗罪审判程序中进行审判。对此，台湾地区“刑事诉讼法”第 268 条明确规定“：法院不得就未经起诉之犯罪审判。”学理上称此为检察官具有“法官裁判之把关者”的功能，即检察官以公诉权“控制法官裁判的入口”，负责第一线的把关工作。{42}
但是，该项原则亦存在两项例外：一是单一案件的起诉不可分及审判不可分。所谓单一案件，即单一被告的单一犯罪事实，包括单纯一罪、实质上一罪以及裁判上一罪的案件。对于实质上一罪和裁判上一罪的案件，由于法理上仍视为一个单一案件，因此，即使检察官只就被告人的部分犯罪事实提起公诉（显在性事实），起诉效力仍及于其他部分犯罪事实（潜在性事实），法院有权对全案进行审判。对此，台湾地区“刑事诉讼法”第 267 条规定：“检察官就犯罪事实一部起诉的，其效力及于全部。”例如，某甲连续在乙区盗窃丙物和在丁区盗窃戊物，乙区检察官固然可以只就甲盗窃丙物的行为起诉，但效力仍及于甲盗窃戊物的行为，法院可就甲盗窃丙物和戊物的行为一并进行审判。{43}
