在台湾地区的刑事司法体制中，检察官是侦查程序的法定主体，而警察不过是其辅助机构，两者属于上命下从的“将兵关系”，亦即大陆学界所谓的“检警一体化”关系。所谓检警之间的“将兵关系”，即“检察官为主，警察为辅”，理论上认为应包括以下内涵：（1）只有检察官得为犯罪“侦查”；（2）警察机关仅只得为犯罪“调查”；（3）检察官应负侦查成败之责任；（4）检警间属于不同行政隶属关系，只在犯罪侦查上，检察官虽得请求协助或指挥警察人员办案，在整个行政系统上检警机关分属不同机关之配置；（5）检察官既属犯罪侦查的唯一主体机关，非但应负侦查的所有责任外，所有侦查之事务亦应由其主导（主办），并无发回警察机关的道理。{21}
对此，台湾地区“法院组织法”第 76 条明确规定“：检察官得调度司法警察，法官于办理刑事案件时，亦同。”台湾地区“刑事诉讼法”第 228 条第一项、第二项规定，检察官因告诉、告发、自首或其他情事知有犯罪嫌疑者，应即开始侦查。前项侦查，检察官得限期命检察事务官、司法警察官或司法警察调查犯罪情形及收集证据，并提出报告。第 229 条规定，警政署署长、警察局局长或警察总队队长、宪兵队长官等在其管辖区域内为司法警察官，有协助检察官侦查犯罪之职权，并应将调查之结果，移送该管检察官。第 230 条、231 规定，警察官长、宪兵队官长、士官等司法警察官或警察、宪兵等司法警察，应受检察官之指挥，侦查犯罪。司法警察知有犯罪嫌疑者，应即开始调查，并将调查的情形报告该管检察官。
由上述“立法”可以看出，台湾地区“法院组织法”及“刑事诉讼法”明确地将检察官定位为“侦查主体”，而司法警察仅系受检察官指挥而执行犯罪侦查活动的辅助机关，检察官拥有指挥、调度司法警察的权力，两者属于上命下从的“将兵关系”。
但是，这仅仅是“立法”层面的规定，实际上，在台湾司法实务中，绝大多数的犯罪侦查工作，均是由司法警察先独立从事证据的调查和收集，并执行犯罪嫌疑人的逮捕、侦讯等工作，只有在案情逐渐明朗而证据亦搜集齐全之后，司法警察才会将犯罪嫌疑人及卷宗证物一并送交检察机关，由检察官就司法警察移送的相关卷宗证据，判断是否应对犯罪嫌疑人提起公诉或为不起诉处分。对于侦查前期的工作，检察官既未指挥领导侦查，亦未亲自参与侦查工作，只是在少数社会瞩目的重大刑事案件或不需要太多犯罪侦查技术与科技设备，而在办公桌上即可侦查完毕的经济刑事案件等，检察官才会积极参与侦查或自行侦查，或派检察官参与侦查专案小组，或指定检察官坐镇警局直接指挥调度专案小组。{22}因此，在台湾司法实务中，为数甚多的刑事案件，其侦查程序的主宰者，并非“刑事诉讼法”所规定的检察机关，反而是警察。{23}
例如，依据台湾地区“法务部”的统计数据显示，2005 年台湾地方法院检察署新收刑事侦查案件共 341，985 件，其中警察机关移送件数为 250，030 件，占 73。1%“，法务部”调查局“、海巡署”等机关移送共63，567 件，占 18。6%。简言之，高达 91。7%的刑事案件系由司法警察机关所侦查移送，而由检察官主动调查发现有犯罪事实，即自动检举侦查的仅 3019 件，只占总收案件数 0。9%。而从 2000 年至2005 年的统计数据来看，检察官自行检举侦查的案件{24}比例始终维持在 1%左右，而且逐年下降。{25}从上述统计数据即可看出，台湾司法实务上实际主导犯罪侦查工作的，实为警察，而非“立法”所规定的侦查主体———检察官。实务上，检察机关的工作重心仍在于就司法警察侦查起诉所移送的案卷，审查其是否符合起诉的法定条件与要求，进而决定起诉或者不起诉。
1997 年，台湾修订“刑事诉讼法”，在“刑事诉讼法”中增订了“检察官退案制度”，即检察官对于司法警察机关移送或报告的案件，如果认为有调查未完备者，得将卷证退回原机关，命其补足，或发交其他司法机关调查。此一规定的立法原意，一方面是为解决司法警察机关侦查品质参差不齐的问题，并借核退理由书指明尚需调查或补足之处，指导司法警察机关办案，以拉近检警对于取证方法与证据解读上认知的差距；另一方面，则是借由将取证未完全的案件暂时排除在收案之外，以减轻检察官办案的压力。{26}然而，这一制度的设立却充分暴露出台湾地区检、警关系的“名实不符”，因为退案制度的存在合理性，恰恰必须以承认警察机关亦以侦查主体为前提。正如有学者指出的，如果从“检察官为侦查主体，警察机关仅为辅助地位”这一观点来看，既然检察机关是侦查权的法定主体，那么，对于警方移送或报告的案件，原则上检察官即应“照单全收”或主动侦查，或指挥、调度警察进行侦查，并无退回原机关并命其重新调查的权力或余地可言。{27}因为，既然侦查犯罪是检察官的权限和职责，检察官自然不能将自身之事，推给他人（警察）办理。退案制度的设立，无异于公开承认台湾地区检察官通常并未全程指挥或掌控警察机关侦办刑事案件。{28}
