新中国成立后，中央继承司法工作的革命传统，在相关的法律文件中继续强调“查清案情”及“与客观事实相符”。1955年中央关于肃清暗藏的反革命分子的指示中明确指出：“口供只有经过仔细查对确实之后才能相信”{32} (P.60) 1955年7月《关于北京、天津、上海等十四个大城市高、中级人民法院刑事案件审理程序的初步总结》中写到：“在评议中应研究解决以下问题：被告人的被控事实是否确实；...... ”{33} (P.865)最高人民法院在1956年10月《各级人民法院刑、民事案件审判程序总结》中，指出：“在法庭调查阶段，必须把案情彻底查清，取得确凿的证据；……被告人的供词，必须经过调查研究，查明确实与客观事实相符的，方可采用。”{33} (P. 61)

　　自20世纪50年代末到70年代末，我们的国家经历了一连串的政治运动，法制受到极大破坏。由于刚刚从整风反右、文化大革命等政治运动中走出来，大量的冤假错案引发我们进行沉痛的反思。[10]为了保证历史的悲剧不再重演，文化大革命结束以后制定的1979年《中华人民共和国刑事诉讼法》非常强调查明案件事实真相，证明标准正式确立为“事实清楚，证据确实充分”;1982年的民事诉讼法、1989年的行政诉讼法规定的证明标准基本上也是如此。

　　由上可知，我国“事实清楚，证据确实充分”的诉讼证明标准不是偶然制定出来的，而是经历了一个漫长的发展过程，是符合中国的语言表达习惯和诉讼文化的，是为老百姓广泛接受的，不能简单地以“理念落后”、“不符合国际潮流”等而予以否定，而应当在审慎研究后，与时俱进地加以改革和完善。

　　（二）我国诉讼证明标准的改革

　　我国诉讼证明标准的改革应当立足于中国的实际，并借鉴域外证明标准的层次性理论，从客观真实走向客观真实与法律真实相结合，从单一的适用于三大诉讼所有案件的“事实清楚，证据确实、充分”的证明标准走向多层次性的证明标准。

　　1．我国刑事诉讼证明标准的改革

　　刑事诉讼解决的是被告人是否犯罪以及是否应受刑罚处罚的问题，涉及对一个人的财产权、人身自由权乃至生命权的限制和剥夺。而且作为控诉方的检察机关处于强势地位，被告方处于被追诉的弱势地位。因此，为了实现司法公正、保障人权，刑事诉讼中应当适用最为严格的证明标准。

　　(1)有罪判决的标准应当如何表述

　　目前，学术界对于我国的刑事证明标准应当如何表述存在不同的认识，除主张仍然使用“犯罪事实清楚，证据确实充分”外，还有人主张使用“排除合理怀疑”、“内心确信”、“确定无疑”等。这些不同的观点对司法实际部门也发生了影响。[11]

　　目前，在我国主张使用内心确信的不多，主要是因为“内心确信”名称的主观色彩太强烈，[12]从字面上容易让人与主观乃至肆意擅断联系在一起。与内心确信不同，排除合理怀疑在我国被相当多的法律界人士所接受，这主要有两个原因：一是受到美国的强势文化和近年来理论界的影响；二是联合国的有关文件中也使用了排除合理怀疑的表述。

　　我们认为，将“排除合理怀疑”引入中国作为刑事证明标准是需要慎重考虑的：

　　首先，“排除合理怀疑”究竟该作何解释，英美国家也存在着极大的争议，英美等国不论在法律上还是法理上均无统一、具体的说法，主流的说法是接近确定性，约在95%以上，而不是100%。这里问题的关键是何为“合理”难以把握，有相当的主观随意性。将一个在其发源地就充满争议的标准引入我国刑事证明标准之中必然会引起更多的思想混乱。目前，对于排除合理怀疑在我国应当如何解释，与英美的理解是否相同，人们有不同的看法。有人认为应当按照英美对排除合理怀疑的原本理解在我国使用；有人则将其与惟一性、排他性结合使用；还有人认为排除合理怀疑是刑事案件一般标准、最低标准，而非最高标准。我们认为，如果将其理解为“惟一性”、“排他性”，那我们引进一个新词没有实质意义；如果将此西方用词中国化地解释成“惟一性”、“排他性”，从语言解释学的角度似乎也太过于牵强。

　　其次，联合国的相关司法文件并非一概地采用“排除合理怀疑”的表述。我们注意到：1984年联合国《关于保护死刑犯权利的保障措施》第4条规定：“只有在对被告的罪行根据明确和令人信服的证据而对事实没有其他解释余地的情况下，才能判处死刑。”这里“对事实没有其他解释余地”(leaving no room for alternative explanation of the fact）与我国的“排除其他可能性”基本一致，并显然高于“排除合理怀疑"(beyond reasonable doubt)。联合国对死刑案件证明标准的确定至少说明以下两点：一是“排除合理怀疑”的证明标准不足以防止错判误杀；二是在诉讼证明标准上，“排除合理怀疑”不是现实可能达到的最高标准，“排除其他可能性”或“对事实没有其他解释余地”才是现实可能达到的最高标准。此外，我们还注意到：有些美国学者已经开始呼吁，死刑案件的证明标准应当高于排除合理怀疑的证明标准，具体而言，该标准应当排除一切怀疑((beyond any doubt) [341](p.27)。

　　最后，“排除合理怀疑”的证明标准否定了刑事证明达到确定性的可能，只承认能达到“最大程度的盖然性”，不利于在刑事诉讼中严格准确地认定案件事实，容易导致冤假错案的发生。尽管英美法系国家对“排除合理怀疑”的解释充满争议，但是几乎都一致地认为诉讼证明不可能达到确定，这是由英美法系国家的经验主义、怀疑主义的认识论所决定的。在此，我们还需要说明的是，尽管有的西方学者将“排除合理怀疑”解释为“道德上的确定性”，[13]但是这种“道德上的确定性”实际上是一种主观上的确定性，这与我们主张的主客观结合上的确定性是有着重大区别的。

　　综上，我们认为，传统的“犯罪事实清楚，证据确实、充分”这一标准从根本上讲本身并没有错，只是需要我们对此加以正确的解读和运用。

　　“犯罪事实清楚，证据确实、充分”既不是一个纯主观的，也不是一个纯客观的证明标准，而是主观和客观相结合的证明标准。所谓“犯罪事实清楚”，是指事实裁判者主观上把对定罪量刑的具有意义的基本事实、特别是关键事实认识清楚了，查明白了；但不是要求事实裁判者将案件的一切细节事实查都清楚。所谓“证据确实、充分”就是指事实裁判者对案件事实的清楚不是凭主观臆断，而是建立在确实、充分的证据基础上，即已收集的证据构成一个完整的证据体系，对主要犯罪事实（特别是被告人实施了犯罪行为）的证明达到惟一性（或称排他性）的程度。

　　概言之，“犯罪事实清楚、证据确实充分”的证明标准就是要求司法裁判者根据确实充分的证据达到主观上对犯罪事实认识清楚，从而实现诉讼中主观认识与客观事实的统一。在主要事实、关键证据上坚持结论的惟一性，对于人民法院准确认定犯罪事实，避免错案的发生，具有特别重要的意义。

　　(2)构建多层次的刑事证明标准体系

　　我国刑事诉讼原则上应当以“犯罪事实清楚，证据确实、充分”为证明标准；但与此同时，也应当适当体现法律真实，构建多层次的证明标准体系。

　　第一，在被告人是否有犯罪行为这一关键问题上必须做到确定性、惟一性。

　　首先是必须查清在客观上是否存在犯罪行为。犯罪行为是犯罪构成的基本条件。只有证实存在犯罪行为，才存在必须查明谁是犯罪行为人的问题。否则就容易发生冤假错案，湖北的佘祥林杀妻案就是一个典型。其妻根本未死，实际上是因精神不正常出走的，却去追查佘祥林的犯罪行为。

　　其次，关于“犯罪行为是否为被告人实施”这一事实也必须查清，必须证明到惟一性、排除其他可能性。如果达不到这一程度，不能完全确定犯罪行为是被告人实施的，应按无罪处理。这一点在一般的刑事案件中是无可质疑的。试想，如果我们在连一个人到底是不是犯罪实施者都不确定的情况下，就对其定罪量刑，那将是对人权的极大的漠视，而且不可避免地会导致错案。在这里我们要特别指出：在实际判案中之所以有时会发生出入人罪的情况，并不是因为证明标准高，而恰恰是因为办案人员自己降低了证明标准。因此，我们认为在这个问题上必须坚持惟一性的高标准。如果达不到，就要作出无罪判决。

　　第二，对部分犯罪事实可以采取有确实证据的推定

　　基于证明的难易及刑事政策的考虑，对部分犯罪事实可以允许推定。所谓推定，是指根据法律的规定，从已证事实直接认定另一事实的存在，除非被追诉者提出反证加以推翻。从本质上讲，推定反映的只是一种高度的可能性，推定认定的事实一般没有达到客观真实的程度，是一种典型意义上的法律真实。通过推定来认定部分案件事实，已为国际公约和我国相关法律所认可。如《联合国反腐败公约》第28条规定：“根据本公约确立的犯罪所需具备的明知、故意或者目的等要素，可以根据客观实际情况予以推定。”《联合国打击跨国有组织犯罪公约》第5条第2款规定：“本条第1款所指的明知、故意、目标、目的或约定可以从客观实际情况推定。" 2008年1月28日，最高人民法院、最高人民检察院、公安部联合印发《办理毒品犯罪案件适用法律若干问题的意见》第2条对毒品犯罪嫌疑人、被告人主观明知的认定问题作出了明确的适用推定的规定，即“走私、贩卖、运输、非法持有毒品主观故意中的‘明知’，是指行为人知道或者应当知道所实施的行为是走私、贩卖、运输、非法持有毒品行为。具有下列情形之一，并且犯罪嫌疑人、被告人不能做出合理解释的，可以认定其‘应当知道’，但有证据证明确属被蒙骗的除外……。”