正如前文所述，《破产法》的灵魂是谈判。谈判包括申请破产前的谈判[47]和申请后的谈判。谈判的目的是重整处于困境中的企业。破产清算是重整谈判中当事人谈判收益预期的底线。只有无法维持谈判底线而导致谈判失败，才走向破产清算。所以，现代企业破产法律理论和实践的重心是破产重整。
从理论上考察，清算、拍卖与收购是理解重整制度并指导重整实践的基石。一方面，重整与清算并没有严格的界限。至少重整的起点状态可以看做是清算的一种形式。只不过企业作为一种法律实体出售给债权人，而不是第三人。[48]从理论上说，重整程序的目标是拯救（而不是清算）债务人并重新调整利益关系人之间的权利。所以，重整程序是为了避免清算，除非找到更好的解困方法。但是清算有利于清偿顺序优先的债权人，所以这类债权人有清算的激励。从这个角度，重整又是保护劣后债权人。所以，为了实现公平和效率的目标，必须保证重整程序符合三个条件：(1)披露重整程序或计划对任何当事人的影响；(2)允许每个当事人对重整方法（计划）投票；(3)保护异议当事人得到“公正和公平的”待遇。而把清算嵌入重整计划中并使之能够通过重整计划得到实现是保证重整程序符合三个条件的前提。[49]另一方面，保留企业法律实体的重整面临估值的困难。保留法律实体的重整实质上是把困境企业出售给新的请求权人，这些请求权人有些是旧企业的请求权人，如债权人、雇员、股东。有些是新的请求权人，如外部投资方。但是这种出售没有实际发生，而是当事人模拟出售。于是产生对困境企业估值的难题。因为只有准确估值才能确定新的请求权人对重整中的企业的请求权的份额。估值带来的难题和围绕估值的谈判构成重整制度的重要成本之一。而拍卖和整体出售是解决估值困难的可行方法。另外，即使没有实际拍卖或出售，也可援引此理论解决由于估值而带来的讨价还价成本。哈佛大学的贝贝查克教授之前提出的一个可行方法，是把所有的请求权折成股权，然后按照绝对优先权原则，如果低级优先权人认为估值低而使得自己得不到分配或者分配少，可以收购高级优先权人手里的股权，使得高级优先权人拿到足额分配出局，对估值持异议的低级优先权人变成重整中公司的所有人。[50]贝贝查克的思路，从另一个方面折射出重整与清算（包括出售）之间的关系，是通过模拟清算解决重整中价值评估难题的一种尝试。
贝贝查克的思考方法也可推演并应用于对同一级优先权人对重整或清算的异议的处理。我们不妨称之为异议者收购理论。根据异议者收购理论，如果对于企业重整或者清算存在异议，支持重整的请求权人对企业的估值高，支持清算的请求权人估值低。那么估值高者可以收购估值低者。对于东星航空，支持重整的利益关系人可以按照清算价值支付支持清算者，然后分配重整中的公司的请求权和控制权。由此观之，讨价还价者只能是利益关系人，而东星航空案中讨价还价的一方却是管理人，令人匪夷所思。
三鹿案件是典型的大规模的集体性侵权导致企业陷入经营困境的。三鹿案件中的毒奶粉婴儿属于侵权债权人，而且其中许多债权人的资格需要经过一定期间才能确定，这些债权人称为未来或潜在债权人。国际上这类案件的处理模式基本上是通过重整程序对困境企业进行重整清算、收购或者（极少情况下）保留其法律实体。然后在重整程序下成立赔偿基金。从重整清算、拍卖或收购的收益中拿出部分资金注入基金作为赔偿的基础。然后从重整中企业或收购方未来营运利润中拿出一定比例的资金注入基金作为基金未来赔偿的基础。同时，基金还可以通过自己运作产生的收益作为赔偿的部分基础。总之，只有适用重整程序，才可能最大限度地最大化用于赔偿未来债权人的资产的价值，有助于保护这一类风险承受能力最低，但承担风险最高的债权人群体。[51]可惜，三鹿案件采用清算方式，堵住了未来可能出现的许多受害者的索赔之路。
中国的破产立法严格区分破产重整与清算程序。在缺乏判例法环境以及缺乏深谙破产理念的法官的现实条件下，容易导致由于对程序的僵化适用而损害《破产法》的公平和效率目标。三鹿和东星航空案件由于适用清算模式而产生争议，一方面是由于行政力量的不适当干预所致，另一方面也反映出我国《破产法》从立法形式上对重整制度和清算制度进行严格区分，而司法实践中又对这种严格区分进行了严格贯彻，从而导致把重整和清算作为对立的两极而进行非此即彼的争执。
