（一）违法所得没收程序中检察机关面临的新挑战
对于人民检察院在违法所得没收程序中的职责，我国新刑事诉讼法作了较为笼统的规定。新《刑事诉讼法》第280条第1款规定：“对于贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件，犯罪嫌疑人、被告人潜逃，在通缉一年后不能到案，或者犯罪嫌疑人、被告人死亡，依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请。”该款明确了人民检察院启动财产没收程序的职责。纵观新刑事诉讼法的规定，人民检察院提出没收违法所得的申请是启动违法所得没收程序的前提，这是不告不理原则在特别程序中的体现。按照该条第2款的规定，对于公安机关认为应当没收违法所得的，应当写出没收违法所得意见书，移送人民检察院。由此可见，公安机关并没有提出申请的权力，只能够向人民检察院提出意见，由人民检察院提出申请。这实际上是人民检察院申请职责的延伸。
表面看来，违法所得没收程序中对检察机关职责的规定似乎可以解决其对该程序的参与问题，实则不然。对于检察机关而言，所要面临的最大疑惑或许是违法所得没收程序是一种什么性质的程序，检察机关在其中承担着一种什么样的角色，有什么样的职责。新《刑事诉讼法》第281条第1款规定，没收违法所得的申请，由犯罪地或者犯罪嫌疑人、被告人居住地的中级人民法院组成合议庭进行审理。这里并没有表明案件是否要开庭审理，人民检察院是否要承担出庭的职责。同样，尽管该条第3款规定了“利害关系人参加诉讼的，人民法院应当开庭审理”，但同样也没有指明人民检察院是否需要出庭以及在出庭中处于何种地位。而且，新《刑事诉讼法》第282条第2款仅规定“公安机关认为有前款规定情形的，应当写出没收违法所得意见书，移送人民检察院”，这里对于公安机关的移送人民检察院是否有审查的职责，亦即人民检察院对公安机关的意见是否都要接受，并无规定。而这关系到人民检察院在公安机关移送程序中的地位与角色，如果规定不明或许不利于实践中侦检关系的协调。此外，还需要明确在违法所得没收程序中，人民检察院的证明责任以及证明标准问题。这些问题不仅影响到违法所得没收程序的实际运作，也会影响到人民检察院在整个程序中的地位以及作用的发挥。因此，有必要加强对上述问题的研究，厘清相关的法律关系。
（二）检察机关的应对
综合新刑事诉讼法关于违法所得没收程序的构建，该程序实际上是由两部分构成的，其一是公示程序，其二是诉讼程序。[18]公示程序是人民检察院提出申请至公告期满之前的程序。由于该阶段并没有与人民检察院直接相对应的诉讼主体，也没有其他利害关系人参加，因此严格来讲，这并不是一种典型的争讼程序，因而对于该程序的启动，法律规定是“申请”而非“起诉”。人民检察院在其中只是一种类似公诉人的角色。如果公示期间并没有利害关系人申请参加诉讼，那么人民法院可以书面审理，检察机关无需派员莅临法庭。但是，如果犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和其他利害关系人申请参加诉讼的，案件就成为检察机关和犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和其他利害关系人之间的财产争议，此时则要按照诉讼程序的规定进行开庭审理，检察机关则要派员莅临法庭。
至于在公安机关写出没收违法所得意见书移送人民检察院的情形下，人民检察院承担何种职责以及公安机关与检察机关之间关系的协调问题，笔者认为应当回归人民检察院在刑事诉讼中的角色担当。人民检察院在刑事诉讼活动中，承担着各项职能，但其所承担的最主要的是公诉职能。[19]违法所得没收程序，尽管有其特殊性，但从本质上讲也是刑事诉讼活动中的一种程序安排，也应当贯彻人民检察院的这一角色定位。据此，人民检察院在违法所得没收程序中主要承担的也是一种诉讼职能，因此，没收违法所得的申请只能够由人民检察院提起，对于公安机关写出没收违法所得意见书移送人民检察院的，人民检察院负有审查的职责，决定是否提出申请。对于不申请的决定，可以参照现行刑事诉讼法关于不起诉救济的规定进行救济。
