但是，笔者认为，在实质意义上的公诉案件和解程序中不应当过度强调人民检察院对刑事和解的参与。顾名思义，刑事和解是被害人与被告人之间的一种和解，而不是调解，主要体现的是个人的意志；当然，刑事和解也不是当事人之间的私了，需要一定程度的国家公权介入，对当事人之间和解的成果予以确认，但这并不意味着必须要有事前的参与。恰恰相反，在这种程序中，人民检察院的参与只能是一种末端的参与。
同时需要说明的是，我国新刑事诉讼法的规定并没有厘清公诉案件刑事和解与附带民事诉讼的关系。从本质上来讲，这并不是一种新的特别程序，其并未超出附带民事诉讼制度的范畴。因为就刑事和解所要解决的问题而言，其并没有超出附带民事诉讼的范围，仍旧是民事责任的范畴；就刑事和解的法律效果而言，其对于量刑、起诉的影响都可以纳入到现有的法律制度之中，并没有独立存在的价值。[12]因而，在当前这种制度建构下，人民检察院的参与与在附带民事诉讼中的参与并没有本质上的差别。
至于对新《刑事诉讼法》第279条规定的理解，从刑法和刑事诉讼法的通常用语来看，是要严格区分“不需要判处刑罚的”和“免除刑罚”这两个术语的。“不需要判处刑罚的”所依据的是《刑法》第37条[13]的规定，其法律效果是免予刑事处罚；而“免除刑罚”所依据的则是刑法各种法定免除刑罚的规定中规定的情形，如自首、立功、未成年人犯罪、中止犯罪等规定中关于免除刑罚的规定。[14]从这个角度来讲，新《刑事诉讼法》第279条的规定并不能将两者同时涵盖进来，而仅包含《刑法》第37条规定的“不需要判处刑罚的”情形。实际上，该条对人民检察院在公诉案件刑事和解程序中的起诉裁量权的限制是有其立法考量的。如前所述，在公诉案件和解程序中，人民检察院发挥着重要作用，为防止人民检察院滥用起诉裁量权强制当事人和解，有必要限制人民检察院起诉裁量权的范围。实践中，对于自首、立功、中止犯等的认定往往存有争议，将这些可以免除刑罚的情形排除在起诉裁量权之外，交由人民法院决定既可以避免人民检察院的专权，也可以避免社会民众的非议。
三、违法所得没收程序下的检察机关
违法所得没收程序，笔者称之为判决前的财产没收程序，是对被告人潜逃、死亡等特殊情况下没收其违法所得的程序。[15]在我国，刑法规定了作为附加刑的财产没收制度，对犯罪分子持有的违禁品、犯罪工具、犯罪收益的追缴制度以及对被害人的退赔制度。这些制度运作的前提是被告人经过审判被认定为有罪。由于我国没有缺席审判的制度设置，当犯罪嫌疑人、被告人死亡、逃匿时，便无法通过刑法所规定的上述制度解决其违法所得的没收问题。在贪腐犯罪、恐怖犯罪等日益猖獗的今天，犯罪分子转移财产、潜逃国外的现象非常普遍。而国家间的司法协助通常要求有正式的法律文书，[16] 《联合国反腐败公约》在倡导国际反腐合作的同时，也要求各缔约国“考虑采取必要的措施，以便在因为犯罪人死亡、潜逃或者缺席而无法对其起诉的情形或者其他有关情形下，能够不经过刑事定罪而没收这类财产”。[17]由于长期没有“不经过刑事定罪而没收这类财产”的机制建设，我国在打击腐败犯罪、恐怖犯罪等重大犯罪问题上力不从心，很难切断这些犯罪的财源或者通过没收财产逆向遏制犯罪。为严厉惩治腐败犯罪、恐怖活动犯罪，并与我国已加入的联合国反腐败公约及有关反恐怖决议的要求相衔接，我国新《刑事诉讼法》在特别程序第三章用四条初步构建了“犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得的没收程序”，从而弥补了我国立法的空白，为没收贪污腐败犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件的违法所得确立了法律依据，有助于最大限度地挽回被害人、国家、集体的损失。
