在我国，秘密侦查措施虽未见于刑事诉讼法，但实践中亦被较多地使用。总的来看，秘密侦查措施的运用实践主要存在下列问题：
一是秘密侦查无法可依。我国刑事诉讼法对传统的且具有公开性质的侦查措施作了明确规定，尽管这些规定还相当粗略。然而，秘密侦查措施的具体适用却基本上处于无法可依的状态，1996年刑事诉讼法并未涉及秘密侦查措施的问题。刑事诉讼法涉及秘密侦查措施内容的仅见于1993年颁布的《中华人民共和国国家安全法》和1995年颁布的《中华人民共和国人民警察法》。国家安全法第10条规定：“国家安全机关因侦察危害国家安全行为的需要，根据国家有关部门规定，经过严格的批准手续，可以采取技术侦察措施。”人民警察法第16条规定：“公安机关因侦查犯罪的需要，根据国家有关规定，经过严格的批准手续，可以采取技术侦察措施。”据此，国家安全机关和公安机关采用包括监听在内的技侦措施有了明确的法律依据。但是，刑事诉讼法作为刑事诉讼的基本法律没有涉及包括技术侦查措施在内的秘密侦查措施，仍是一个严重的不足。进一步看，国家安全法与人民警察法的规定也仅是确认了国家安全机关和公安机关有权实施技术侦查措施而已，人民检察院侦查职务犯罪采用技术侦查措施尚无法律依据。同时，有权机关采用技术侦查措施的条件、申请、审查批准、执行、侦查成果的证据效力、违法侦查的救济等程序性内容均无相应规定。最重要的是，技术侦查只是秘密侦查的一部分，刑事诉讼法对其他秘密侦查措施甚至连授权性规定也没有，使得侦查机关除技术侦查以外实施的秘密侦查措施始终存在程序合法性问题。
二是使用秘密侦查措施的困难性与随意性同时存在。使用秘密侦查手段的困难性突出反映在检察机关侦查职务犯罪案件采用技术侦查措施存在缺乏职权、缺乏人才、缺乏设备等问题，需要使用技术侦查措施时只能求助于公安机关，而公安机关往往设置较高的门槛，比如涉案数额必须达到一定标准才能使用监听措施等等。另一方面，在公安机关内部采用秘密侦查措施则又有随意性的问题。例如，调查中发现使用诱惑侦查措施时并不需要统一的书面申请、批准程序，侦查人员只需要口头向分管领导请示后便可实施。特情使用在公安机关内部有自己的规定，但特情的使用同样缺乏规范性，特别是出于对特情保密、保护的需要，侦查人员使用特情的情况即使在公安机关内部也属机密，知悉特情的人员范围极小。这意味着特情使用是否必要和正当，主要取决于使用特情的侦查人员。
三是秘密侦查所获取的资料无法直接作为证据采用。尽管国家安全法和人民警察法原则上规定，侦查机关根据国家的有关规定，在经过严格的批准手续后，可以采用技术侦察措施，但毕竟技术侦查只是秘密侦查的一部分，且有关技术侦查的采用程序及技术侦查所得之材料是否具有证据能力，可否直接用以定案，归属何种证据等问题，刑事诉讼法全无规定，没有真正解决无法可依的问题，从而导致了实践中已被实际使用着的秘密侦查措施所获得的证据资料无法进人审判程序，也不得作为定案的依据。实践中通常只能将监听资料、特情提供的证言等证据资料作为进一步收集证据的依据，或者用以对已有证据进行审查判断。缺乏法律依据而使秘密侦查所获资料不具有证据资格，一方面严重制约了秘密侦查措施对于揭露和证实犯罪事实的应有作用；另一方面又导致了侦查机关在将这类不宜公开的证据进行“转化”时各行其是，缺乏规范、公正的程序约束。2010年最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部联合颁布的《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》第35条似乎已经解决了这类证据的合法性问题。该条规定：“侦查机关依照有关规定采用特殊侦查措施所收集的物证、书证及其他证据材料，经法庭查证属实，可以作为定案的根据。”所谓特殊侦查措施就是指秘密侦查措施。这一司法解释性文件认可了秘密侦查所得材料的证据能力，但并没有解决秘密侦查措施本身的程序合法性问题。
