新《刑事诉讼法》的上述规定虽然增强了监视居住执行的可操作性，但实际执行依然会遇到诸多困难，保证监视居住适用的合法性与公正性至少还会面临两大难题。
首先，在犯罪嫌疑人、被告人住处监视居住执行难。难点主要在于如果公安机关24小时进行监视，则受到警力不足的制约，难以实施。另外，无论进入被监视居住人的住处进行监视，或在其住处门口监视，还是在其住宅外的附近（例如楼下）监视，都可能对被监视居住人及其同住的家庭成员的正常生活构成一定的妨害，监视居住适用的公正性也会因此受到质疑。也正是这个原因，执行机关不可能派员进入被监视居住人住处或在其门口进行监视居住，也极少有派员在其住宅边上进行监视的情形。最困难的是，法律规定被监视居住人未经批准，不得与他人会见或通信，但客观上很难实现有效的监督。被监视居住人与家庭成员同住一宅，而家庭成员与他人会见或通信的自由依法不能被限制或干扰，否则会发生监视居住适用合法性的疑问。新《刑事诉讼法》规定可以对被监视居住人实施通信监控，但并没有规定可以对与被监视居住人共同居住的家庭成员同时进行通信监控。于是，被监视居住人通过家人与他人会见或借助家庭成员的通信工具直接或间接地与他人通信则仍然难以防止，新《刑事诉讼法》规定的监视方法和监控措施的监督效果可能被打折扣。
其次，指定居所监视居住的执行处所确定难。在指定居所监视居住的情况下，监视行为容易实施，监视效果也比较理想，但依照新法却又遇到了确定执行处所的困难。目前，指定居所的监视居住大多在办案机关的办公场所内执行，或者在某个相对固定的宾馆饭店中相对固定的楼层和房间执行。也有不少地方的办案机关将监视居住的场所附设在办案机关的培训中心、案件指挥中心等所在的建筑物内，在这些地方执行监视居住自然方便，效果也好。但依据新《刑事诉讼法》的规定，指定居所的监视居住不得在羁押场所或专门的办案场所执行。不在羁押场所执行监视居住容易做到，但不在专门的办案场所执行监视居住，则难以找到合适的处所执行监视居住。所谓专门的办案场所，通常指办案机关固定的办公场所，或者专门用以办理某类案件的场所，不管这种场所是专门建造的还是暂时租用的，只要相对固定于此办理案件，这些场所就具有专门的办案场所的性质。如果不能在专门的办案场所执行监视居住，指定居所监视居住的执行处所就必须是不确定、不固定的。但这同样会存在困难。从安全和便于监视监控以及讯问时进行同步录音录像的需要考虑，临时确定的处所可能不具备或不同时具备这些条件。
对于监视居住执行上的困难性，立法者并非疏忽。之所以未提供解决执行困难的法律措施，是因为很难提供完备的具有可操作性的法律措施。同时，这也意味着立法者期待的只是通过监视居住，对犯罪嫌疑人施以比取保候审更为严厉的人身自由限制，而且不鼓励适用指定居所的监视居住。虽然监视居住作为逮捕的替代性措施，{1}但毕竟不能期待监视居住完全像逮捕羁押一样，可以有效地防止妨碍刑事诉讼顺利进行。在住处执行监视居住时，被监视居住人能否自觉严格遵守规定的义务，首先取决于违反规定可能被转为逮捕且可能被作为量刑方面的一个不利因素这样一种威慑之下，被监视居住人产生的服从心理。此外，法律规定了以下三种可以采用但不是必须采用的监视措施：（1）对被监视居住的犯罪嫌疑人、被告人进行电子监控，以监督其遵守未经批准擅自离开监视居住执行场所的规定。（2）被监视居住的犯罪嫌疑人、被告人进行不定期检查，以监督其全面遵守监视居住期间应当遵守的诸项义务。（3）在侦查期间对犯罪嫌疑人进行通信监控，以监督其遵守未经批准，不得擅自与他人通信的规定。上述三项措施都具有监视其是否存在干扰证人作证、伪造、毁灭证据或者串供等情况的功能。
监视的方法并非仅限于上述三种，新《刑事诉讼法》在规定监视方法时使用了一个“等”字，表明实践中还可以探索一些行之有效的监视方法，以对被监视居住人遵守监视居住规定进行多种形式的有效监督。法律明文规定以外的监视方法，可以在总结试点经验的基础上，通过司法解释加以规定。设定监视方法应当遵循的基本原则是，不妨碍被监视居住人以外同住的家庭成员的人身自由和隐私权，不妨碍同住的家庭成员与案件无关人员的正常会见与通信联络，具有合法性、合理性、有效性。为了克服执行监视上的困难，降低因监视不到位而使社会危险性发生的可能性，笔者认为，在决定监视居住时还可以要求同住的成年家庭成员履行协助执行监视居住的义务，督促被监视居住人自觉遵守监视居住的规定。
