但是，裁定驳回起诉可能会面临以下一些问题：
第一，如果原告实际上是错误的，则驳回起诉的裁定从事实角度分析就是错误的，即原告的起诉实际上是符合条件的，法院应该对驳回起诉的原因进行职权调查，法院本来不应该驳回起诉。但是，如果我们从原告的起诉权优先于法院的任何职权之视角分析（即当事人诉权优先于法院的司法权），当事人的处分权应该优先于法院的职权调查，则可以认为这个错误是原告本身造成的，与法院无关，法院的裁定并无不妥，即便原告错了，法院也无权纠正。如果法院自行裁定驳回起诉，则法院显然应当进行职权调查，但如果驳回起诉实质上是原告自行认为不符合起诉条件而引起的，则并不等同于通常的驳回起诉。
第二，如果原告实际上是错误的，本案应当由该法院管辖，后原告再次就本案向该法院起诉，是否会导致法院对该案件不予受理？如果采取撤诉说则不存在该问题。日本民事诉讼理论通说认为，诉讼判决对于作为驳回理由的诉讼要件具有既判力。[16]但是，此类的驳回起诉与通常的驳回起诉并不相同，通常的驳回起诉需要经过法院的职权调查，而此种驳回起诉是建立在当事人处分权的基础上，未必与案件事实相符。因此，如果原告后来发现还是应该由原来的法院管辖时，他仍然有权再就该纠纷向该院起诉，法院不得以原告曾经认为该法院无管辖权为由而拒绝受理，因为“原告曾经认为受诉法院无管辖权”并不是不予受理的法定理由，而原告现在显然是认为“受诉法院有管辖权”，当然，此时受诉法院对是否有管辖权的问题可依职权作出更慎重的独立判断，而认为本院确实无管辖权时，则应裁定不予受理（但这并不是因为原告曾经出尔反尔），原告则可通过上诉的方式寻求救济。
（二）案件受理后被追加的共同原告对受诉法院管辖权提出异议的分析
对于此种情形，应当区分所有共同原告的态度而作出分析，如果最先起诉的原告认可被追加的共同原告的意见，即所有共同原告都认为受诉法院无管辖权，则按照前述讨论的“原告误向无管辖权法院起诉”之情形处理。如果最先起诉的原告认为有管辖权，而被追加的共同原告认为无管辖权，此时应该如何处理？实际上，此时问题已经被转化为“在必要共同诉讼中，如何处理共同原告之间的意见分歧”，因必要共同诉讼在形态上可以划分为固有的必要共同诉讼和类似的必要共同诉讼，而只有固有的必要共同诉讼才存在追加共同原告的问题，故本文理论上仅需要考虑固有的必要共同诉讼中的情形。但由于我国司法实践部门并不区分必要共同诉讼的各种情形（如是否必须共同诉讼、是否必须合一确定），故还是需要从广义方面考虑必要共同诉讼的形态，理论上应该包括固有的必要共同诉讼、类似的必要共同诉讼。
1．固有的必要共同诉讼
由于固有的必要共同诉讼存在“共同诉讼”之必要与“合一确定”之必要，故部分原告认为受诉法院无管辖权时，即便余下的共同原告坚持认为受诉法院有管辖权，也将导致原告整体不适格的状态，故法院应该驳回原告起诉。
当然，为保障必要共同诉讼的程序的顺利进行，在必要共同诉讼一方当事人发生内部争议时，应该运用“有利原则”进行处理：如果共同诉讼人中一人的诉讼行为对全体有利时，则效力及于全体共同诉讼人；如果是不利的诉讼行为，则不发生任何法律效果，不利的诉讼行为应该由共同诉讼人全体作出。何谓有利行为或者不利行为？根据日本民事诉讼理论，有利行为指能够胜诉的行为，不利行为指可能导致败诉的行为，具体而言，能够促使程序进一步展开的视为有利行为，而导致程序停滞不前的视为不利行为。[17]如果从这个视角分析，主张受诉法院无管辖权的显然是阻碍了程序的推进，应该被视为无效，不过，该行为与是否会导致败诉并无关联，若是受诉法院确实无管辖权，显然又有助于原告方的最终胜诉。所以，如此简单地否决部分共同原告的无管辖权主张似乎并不妥当。
虽然驳回原告的起诉在法理上是妥当的，但显然也对先起诉的原告不公平，不仅如此，这些共同原告还面临一个更严峻的问题：如果他们对向哪个法院起诉始终无法达成一致的话，他们的起诉在法院看来永远处于“原告不适格”的状态，此时应该如何解决？
在日本民事诉讼实践中，曾经出现过原告方有共同诉讼的必要但却有人拒绝成为共同原告的情形，日本最高法院1971年的判例认为诉不合法，而1999年的判例则允许起诉时将拒绝共同起诉的共有人列为被告。[18]而在1996年修改民事诉讼法的过程中，如何规制拒绝共同起诉之人也是一个大问题，当时有提案提出达到3/4的多数提起诉讼时，法院应该命令剩余之人参加诉讼，但最终并未被立法接受。[19]此种方式即是通过共同诉讼人内部的多数决定原则解决分歧，不过，从“民主是多数人对少数人的暴政”这一视角分析，该方式并没有解决内部的分歧，而只是压制了少数派观点。日本理论界也有观点认为可以将拒绝成为原告的人转换为被告，但该被告与本诉的被告并不构成共同被告，而使全案形成一种更复杂的三方诉讼形态；也有观点认为应该对未共同起诉之人进行催告（诉讼告知），如这些人无正当理由不予响应，则催告方就取得了其诉讼担当人的地位。[20]不过，上述两种方法似乎也无法解决本文中的问题，认为受诉法院无管辖权的共同原告的本意也不是拒绝起诉；而少数服从多数原则既不是一个法解释学认可的原则，也无法实现对少数人的保护。
