2.辩护制度和法律援助制度方面，赋予侦查阶段律师的辩护人身份，扩大法律援助范围。辩护制度是我国刑事司法制度的重要组成部分，辩护权是实现被告人诉讼权利最重要的制度保障。《刑事诉讼法修正案》与《律师法》相衔接，对辩护制度进行了较为全面修改：首先，完善律师会见权、阅卷权以及调查取证权，以期化解司法实践中长期存在的“三难”问题。明确侦查阶段律师的辩护人身份，实现了辩护与被追诉的同步，扩展了辩护权行使的时空。其次，还扩大法律援助范围，将法律援助的适用阶段由审判阶段延伸至侦查阶段和起诉阶段；适用法律援助的案件范围从可能判处死刑扩展到可能判处无期徒刑的案件等。这些突破有助于破解司法实践中辩护难的问题，实现诉讼参与人权利的保障，维护刑事司法公正。此外，修改第38条，将被追究责任的主体改为“辩护律师或者其他任何人”，删除“改变证言”的规定；规定辩护律师职业保密义务。当然，对于第38条的修改似尚不足以有力保证律师不被无辜追究刑事责任；呼声高涨的“公设辩护人”制度尚未得到立法的确认，法律援助制度的完善仍任重而道远。
3．强制措施方面，完善监视居住和逮捕的适用条件和程序。强制措施的正确适用有利于保证诉讼程序的顺利进行，但它与公民的人身自由息息相关，一旦滥用必将侵犯公民的基本人权。《刑事诉讼法修正案》对现有的强制措施作了较为细致的修改：完善取保候审的适用条件、保证人的责任；明确监视居住的适用条件、执行场所、增加指定居住的权利保障；完善和细化逮捕的适用条件以及检察机关审查逮捕的程序；严格限制采取强制措施后不通知家属的例外情形等。《刑事诉讼法修正案》还增加了对指定居住的权利保障，如第74条规定：“指定居所监视居住的期限应当折抵刑期。被判处管制的，监视居住一日折抵刑期一日；被判处拘役、有期徒刑的，监视居住二日折抵刑期一日”；并明确规定，除无法通知的情形外，必须通知家属，大大促进了监视居住适用程序的规范化、法制化，有望成为羁押的替代性措施，以减少逮捕率和羁押率。《刑事诉讼法修正案》对逮捕的适用条件中的“社会危害性”进行了列举式说明，还规定逮捕后，检察院还应当对羁押的必要性进行审查等，完善了逮捕的适用条件和程序，增强了逮捕措施的可操作性，有利于实现对被逮捕人的人权保障。《刑事诉讼法修正案》还将采取强制措施后不通知家属的例外情形严格限定为“无法通知”，除“涉嫌危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪”之外取消了因“有碍侦查”而不通知家属的情形，体现了对犯罪嫌疑人、被告人权利的保障。
4.侦查程序方面，明确技术侦查措施、秘密侦查等侦查手段。侦查活动最主要的任务是查找、追究犯罪，侦查程序是惩罚犯罪与保障人权两大诉讼目标冲突最激烈的诉讼阶段，也是公民人权最容易被侵犯的程序。对此，《刑事诉讼法修正案》相关程序性规定，包括完善讯问录音录像制度，规定拘留后二十四小时内应当将被拘留人送看守所羁押，讯问必须在看守所进行，规定包括技术侦查措施在内的特殊侦查手段及其适用范围和程序等，防止和遏制刑讯逼供现象的发生，保障犯罪嫌疑人的人权，规范侦查机关的侦查行为，有效平衡了惩罚犯罪与保障人权两者之间的关系。此外，为维护国家安全，保障社会和公共利益，《刑事诉讼法修正案》明确规定对于可能判处无期徒刑或者死刑的，应当全程录音或者录像；明确规定对于危害国家安全等严重犯罪案件，公安机关可以使用技术侦查措施、秘密侦查、控制下交付等特殊侦查手段。对于重大的贪污、贿赂案件以及利用职权实施的严重侵犯公民人身权利的重大犯罪案件，检察机关可以使用技术侦查措施，并对上述侦查手段的适用期限、审批手续、侦查机关的保密义务以及可以作为证据使用等内容作了规定。该规定对特殊案件的侦查给予制度上的支持，有助于打破当前该类案件侦查难的困境，其进步性不容否定。
5．审判程序方面，明确和细化证人出庭作证制度，完善死刑复核程序。审判程序是裁判结果产出的最后一道程序，程序设计的合理与否对司法公正的实现至关重要。《刑事诉讼法修正案》对一审程序、二审程序、死刑复核程序以及审判监督程序逐一进行了修改和完善。如该法第208条规定，基层人民法院管辖的案件，符合：“（一）案件事实清楚、证据充分的；（二）被告人承认自己所犯罪行，对指控的犯罪事实没有异议的；（三）被告人对适用简易程序没有异议”三个条件的，可以适用简易程序审判，扩大简易程序的适用范围，节约司法资源，提高诉讼效率。完善证人出庭作证制度，该法第187条和第188条规定了证人强制出庭作证制度，提高证人出庭率；还完善鉴定人出庭作证制度，并建立专家证人出庭作证制度，有助于发现事实真相，实现司法公正。改革和完善发回重审制度，防止法院之间“踢皮球”，损害当事人诉讼权利。增加质证、交叉质证等规定，进一步强化审判程序的对抗性。此外，《刑事诉讼法修正案》明确规定死刑复核程序应当讯问被告人、听取辩护人意见，且最高人民检察院可以向最高人民法院提出意见，使死刑复核程序从行政化的内部复核程序逐渐走向适度诉讼化的程序，有利于实现权利保障和司法公正。现代刑事司法程序以“公正与效率”为主要价值目标，《刑事诉讼法修正案》的上述改革，对庭审过程中查清案件事实，增强庭审的对抗性，实现案件繁简分流，节约司法资源都有积极的促进意义。
