由上可见，证据与案件主要事实的联系并非直接的，而是经过了至少一次的推理与涵摄过程。认为直接证据可以直接与主要事实产生联系的观点忽略了案件事实的法律性，因而是不正确的。
（二）推理次数并非区分直接证据与间接证据的标准
按照学界的一般理解，直接证据证明案件事实的过程仅需要经过一次推理，而间接证据证明案件事实却需要经过两次以上的推理。笔者认为这种认识将证据与案件事实的联系方式简单化了。
从间接证据的角度看，学者习惯以线性联系描述间接证据与案件主要事实的关系。间接证据El首先证明某一间接事实Fl存在，然后由Fl再经过推理推知另一个间接事实F2存在，此后可能还会经历若干进一步的推理环节最终推知主要事实F存在。即El→Fl→F2……F。比如，在一起凶杀案发生后，警察在犯罪现场找到了嫌疑人甲的指纹(El)。从El可以推知事实“甲曾经到过犯罪现场(Fl)”，再由Fl可以推出主要案件事实“甲实施了犯罪行为(F)”。不能否认，在这种情况下从证据El到主要事实F确需经过两次以上推理。
但是这种线性联系仅是间接事实与主要事实联系的一种最为简单的形式。除此之外，不能排除存在其他联系形式的可能性。比如，甲与乙关系不睦，甲伺机寻仇。某日，证人A看到甲持砖头闯入乙的住处，随后室内传出搏斗的声音。证人B目睹甲从乙宅中夺门而出，乙倒在血泊之中。侦查机关在现场找到一块染血的砖头，经证人A证实与其所看到甲人室前所持砖头一致。经法医鉴定，乙的死亡系由砖头反复击打头部所致。证人C在案发后主动向侦查机关举报，甲曾在案发后在给C的电话中声称：“我狠狠教训了乙”。按照现有的关于直接证据与间接证据划分的理论，本案以上证据均属于间接证据。但是，通过分析不难发现在上述证据中，某些证据虽然不能单独证明案件的全部主要事实，但是却可以证明主要事实的某一个构成要件。比如，鉴定结论可以证明因果关系；C的证言可以证明甲的主观故意。不同于在前文中的线性联系，在这种情况下，证据与案件事实的联系是网状的，即每种证据证明案件事实的一个构成要件（见图二）。
有些学者认为，在上图情况下，证据与案件事实的联系需要经过两次以上的推理。即先由证据E1、E2、E3、E4…分别证明事实构成要件FI、F2、F3、F4…，再由事实构成要件Fl、F2、F3、F4推知案件主要事实F。[16]对此，笔者不能苟同。因为在这种情况下，由构成要件推知案件事实的思维过程明显区别于在线性联系形式中由中间命题推知结论命题推理的过程。在后一种思维活动中使用了事实推理的方法。经验与常识在此过程中发挥着决定性的作用。但是前一种思维方式却不属于事实推理的过程，而属于前文提到的“涵摄”的过程。因为构成要件与案件事实的关系是部分与整体的关系，当法律规定所有的构成要件得以证明时，作为案件事实的整体就被“组合”而成。在这个过程中，法律而非经验发挥着决定性的作用。据此笔者认为，在每一个证据都证明了案件主要事实的一个构成要件时，这些依据现有理论属于“间接证据”的证据通过一次推理与一次涵摄过程与案件主要事实发生联系，此时并不存在两次以上的推理活动。
对于间接证据与案件关联方式的复杂性，已有学者作出了形象的描述：“人们认为间接证据如同一条锁链，其实并非如此，如果那样的话，一个环节出现问题整条锁链就会断裂。它们更像由几股细线拧成的绳子，一股细线不足以形成力量，但是多股细线形成的绳子却可以。间接证据往往由多个形成一个集合体。单一一个证据不足以支持结论，但是多个却可以。”[17]美国学者帕特森（Patterson）也早就指出，间接证据通过形成证据链条的方式证明案件事实仅是间接证据使用的形式之一。除此之外，间接证据完全可能各自单独证明案件事实。只不过在这种情况下，根据每个间接证据推导出的结论可能无法达到法定的证明标准。但是，当间接证据的数量达到一定程度时，就可能达到法定的证明标准了。[18]
此外，也有学者指出，将是否需要经过多次推理作为区分直接证据与间接证据的标准是没有意义的。因为即使目击证人提供的证言，其中也必然会包含证人的推理成分。[19] 比如在“甲很生气”这一简单的陈述中，就包含了证人的推理，是什么使得证人认为甲很生气？是甲涨红的脸还是甲握紧的拳头？所以对于直接证据而言，多次的推理也是必须的，只不过一部分推理是在证人的参与下完成的。但是即便如此，作为法官也必须重新审视证人的推理过程，以确保推理结果的正确性。
