其次，《专利法》第５条中的“违反社会公德”和“妨害公共利益”难以界定，同样导致了适用的困难。表面看来，专利申请中如果包含违禁成分一般就可认定其可能“违反社会公德”和“妨害公共利益”，然而，审查员在专利审查工作中必须坚持“证据优先”的原则，即拒绝授予专利的前提是必须有充分的证据来证明该专利申请“违反社会公德”和“妨害公共利益”。在行政法规和部委规章不能直接作为审查依据的情况下，要求审查员专门收集有关证据是强人所难的。毕竟审查员不可能是“百科全书式”的专家，同时其审查案件的业务量较大，更何况，社会公德和公共利益的涵义常会因时期、地区的不同而有所变化。以证据作为审查基础的审查员在没有相关证据的情况下往往难以判断哪些属于违反社会公德和公共利益，而哪些是可以被允许的。

　　因此，虽然自我国《专利法》颁布实施以来，“违反法律、社会公德或者妨害公共利益”一直被规定为授予专利的消极条件，然而实践中却极少见到审查员在进行专利审查时引用该条款，从而使之形同虚设。

　　（三）专利审查机构与相关部门之间缺乏有机衔接

　　上文提到，全国人大及其常委会制定的法律不可能对各类产品的违禁成分作出详尽的规定，在实践中，对产品违禁成分的规定责无旁贷地落到了国务院相关部委的头上。这些行业主管部门专门从事某一领域产品的管理，能够随时掌握该领域产品所包含的违禁成分可能导致的危害，自然也就成为相应产品的监管机构。为了应对层出不穷的公共安全事件，国务院和相关部委不断以行政法规和部委规章的形式出台各类产品的生产和销售标准。例如，国务院近年来先后颁布了《农药管理条例》（1997年）、《兽药管理条例》（2004年）、《饲料和饲料添加剂管理条例》（2011年）等一系列行政法规。卫生部于2007年1月颁布了《化妆品卫生规范》。中国国家标准化管理委员会（ＳＡＣ）于2007年12月发布了《牙膏用原料规范》。这些行政法规和部委规章中明确规定了各类产品的违禁成分。其中，《化妆品卫生规范》规定了1286种化妆品禁用组份，73种化妆品限用组份，56种化妆品限用防腐剂，28种化妆品限用防晒剂，156种化妆品限用着色剂，93种化妆品中暂时允许使用的染发剂；而《牙膏用原料规范》则规定了146种牙膏中禁用成分和39种牙膏中限用成分。2007年7月，我国生产的牙膏在多国被召回，其原因是在我国生产的多个品牌的牙膏中检出二甘醇。在此背景下，国家质量监督检验检疫总局发布公告，明令禁止使用二甘醇作为牙膏原料。