尽管上述行政法规和部委规章对违禁成分作出了明确具体的规定，但由于《专利法》规定的不授予专利的情形仅限于违反“法律”的情况，所以，上述规定在专利审查实践中难以被直接适用。这就导致了专利审查机构与相关部门之间的人为隔阂。专利审查员受自身专业背景和知识储备的局限，难以抛开相关行政法规和部委规章另行把握违禁成分的判断标准。同时，审查员在实践中面临着繁重的审查任务，不可能有充分的时间针对违禁成分开展全面的调查研究。（从目前来看，国家知识产权局每年受理的专利申请数量巨大，仅2010年受理的发明专利申请数量就高达39万余件，负责实质审查的审查员每年人均审查案件数量逾百件。）此外，随着科技进步和社会发展，相关违禁成分的标准也处于不断发展变化之中，这使得审查员对于违禁成分的把握更显得捉襟见肘。因此，专利审查机构与相关部门之间缺乏有机衔接也是导致专利审查领域把控不严的重要原因之一。
三、专利审查领域公共安全保护机制的构建
一个良好的专利制度应当能够平衡各方面的利益，其中最重要的就是要平衡申请人或专利权人与社会公众之间的关系。[2]对申请人或专利权人的利益保护不到位无疑会大大挫伤申请人或专利权人的积极性，不利于促进技术进步，然而，一味地强调申请人或专利权人的利益，将可能使公众利益受损，从而与专利法的立法初衷相违背。为此，我们应当采取切实可行的措施来加强对公共安全的保护。在笔者看来，要从根本上杜绝危害公共安全事件的发生，仅靠有关部门的专项整治行动是不够的，必须通过完善制度设计和改进工作机制来构建起公共安全保护的长效机制。
（一）将行政法规和部委规章列为法定的审查依据
笔者认为，将行政法规和部委规章明文规定为专利授予的审查依据是十分必要的。行政法规和部委规章关于违禁成分的规定通常都体现了对社会公共安全利益的保护，只要不与上位法相抵触，专利审查机构就应当加以充分考虑。从法理上说，我国的各个法律体系应当是一个有机的整体，不应该出现各种法律相抵触的情形。[3]如果一项产品或方法依据行政法规和部委规章的规定被认定为非法，而专利审查机构却依照《专利法》将其认定为先进技术，无疑将导致法治的悖论。
有学者认为，行政法规和部委规章是对产品进行实施时所做出的规定，而授予专利权和实施专利是两个不同的概念，也就是说一项专利申请被授权并不代表着该技术已经被实施或者可以实施；更确切地说，专利权仅仅是一种排他权，因此，在授予专利权时审查员没有必要考虑该专利是否要实施。[4]对于这一观点，笔者不敢苟同。这是因为，在一项专利申请被授予专利权后，即使专利权人当时不实施，该专利还存在转让、质押等其他可能性。一旦专利申请书中包含违反行政法规和部委规章的技术内容时，专利权的价值便会大打折扣，而受让人或质押权人却可能在不知情的情况下基于对国家所认可的新技术的合理信赖而进行交易，进而成为瑕疵专利的受害者。另外，专利权的授予还会产生社会示范效应，它对于其他技术革新者或生产者的影响也是不容小觑的。因此，专利技术即使不实施，也可能会对社会造成危害。而如果在审查时将行政法规和部委规章纳入审查依据，就能够从源头上防范这些不良效应。
