1.与相对不起诉的逻辑关系仍未清晰
相对不起诉适用于“犯罪情节轻微，依照刑法不需要判处刑罚或者免除刑罚”的案件。附条件不起诉适用于“涉嫌刑法分则第四章、第五章、第六章规定的犯罪，可能判处一年有期徒刑以下刑罚”的案件。显然，附条件不起诉与相对不起诉在适用案件范围上存在重合，对于一些轻罪案件，二者理论上都可以适用。相对不起诉和附条件不起诉的逻辑关系，以及对于具体个案应当如何选择适用，修正案草案并没有作出规定。在附条件不起诉试点实践中，对于附条件不起诉和相对不起诉如何区分适用，一直存在着困惑和混乱。如向某盗窃同事笔记本电脑一案，[5]有人认为向某盗窃金额较小，案发后及时退赃，可直接作相对不起诉；但也有人认为向某窃取电脑后立即出售，主观恶性较大，且又是外地人，无稳定的工作，有再犯的可能性，故应当作附条件不起诉处理。再如窦某结伙盗窃摩托车一案，[6]有人认为窦某是未成年人，盗窃数额不到两千元，可直接作相对不起诉，有人则认为窦某无固定职业，不对其考察帮教无法保证不起诉的效果，也有人认为直接作相对不起诉，能使犯罪嫌疑人及早从诉讼中解脱，而附条件不起诉需要一段时间的考察帮教，案件周期较长，不利于诉讼效率的实现。对于上述这类案件中存在的困惑与疑问，修正案草案并没有解决方案。可以说，修正案草案对于附条件不起诉与相对不起诉的逻辑关系仍不清晰明确。
2.适用案件范围过窄
修正案草案规定了附条件不起诉适用案件范围为“涉嫌刑法分则第四章、第五章、第六章规定的犯罪，可能判处一年有期徒刑以下刑罚的案件”，这些案件不仅包括法定最高刑为1年有期徒刑的案件，也包括法定最低刑虽然在1年以上，[7]但基于犯罪嫌疑人有法定减轻处罚的情节，可能因此判处1年以下有期徒刑的案件。而法定最高刑为1年有期徒刑的案件涉及的罪名极少，[8]即使加上法定减轻处罚的量刑情节，实践中可能判处一年有期徒刑以下刑罚的案件数量比例仍然偏小。刑法分则第四章、第五章、第六章规定的是侵犯人身权利、民主权利罪、侵犯财产罪、妨害社会管理秩序罪案件。修正案草案这种划定方式可以将危害国家安全罪、危害公共安全罪等一些社会危害程度较为严重的案件[9]排除在外，有一定的合理性，但这种划定方式也将未成年人涉嫌刑法分则其他章规定的犯罪案件一律排除，附条件不起诉的适用案件范围更显狭窄。
3.所附“条件”规定含糊不明
作为附条件不起诉制度的关键内容，所附“条件”是什么？应怎样设置？修正案草案的规定含糊不明。修正案草案虽然规定了在考验期内犯罪嫌疑人应当“遵守法律、行政法规，服从监督；按照考察机关的规定报告自己的活动情况；离开所居住的市、县或者迁居，应当报经考察机关批准；按照考察机关的要求接受教育矫治”四项规定，但这四项规定是否就是所附的“条件”，以及对于犯罪嫌疑人是否应当向被害人道歉、是否应当对被害人进行赔偿和补偿、犯罪嫌疑人应否履行特定的义务等相关问题，修正案草案都没有明确规定。即使是“按照考察机关的要求接受教育矫治”的规定，也是相当原则和含混，实践中难有统一的理解和把握。
4.个别条文设计存在明显的实践悖论
