1.抽象性立法
美国著名法学家博登海默认为：“从社会学的角度看，把愈来愈多的、模糊的、极为弹性的、过于宽泛的和不准确的规定引入法律制度之中，无异于对法律的否定和对某种形式的专制统治的肯定。这种状况必定会增加人们的危险感和不安全感。”[12]
规章及规范性文件作为行政立法的一种类型，具有普遍适用的特点，它能给行政相对人遵守行政法规范提供清楚的行为规则，使其获得明确的依据。这些监管规则本质上是一种制度。经济学家诺思认为，制度是人类设计的构成政治、经济和社会相互作用的强制，用以把人与人之间的作用具体化，在交往中建立秩序和减少不确定性，从而决定交易成本以及参加经济活动的获益性和可知性。[13] 规则规定的不明确不仅会使当事人丧失对其行为应有的法律预期与自我评价，而且规则的修修补补也会极大地削弱与破坏法律的权威性。
从法理上分析，对于法律没有规定或规定比较原则的事项，在不违背法律基本精神的前提下，层次较低的立法可以做出规定或予以细化，这也体现了不同层次立法之间的分工与配合。证监会制定规章和规范性文件的主要目的就是为了执行法律的需要。由于法律、法规的条文规定得比较原则，对实现这些法律规范的具体措施往往没有给予具体的规定， 行政机关的具体行政行为就缺少详细具体的操作规范作为依据， 这就需要行政机关制定行政规范性文件来执行行政法律、法规的规定，以实现法律、法规所创设的权利义务，从而实现其对市场的监管功能。然而，从证监会制定的规章与规范性文件来看，不少还是抽象性立法，或只作原则性规定，不易把握和操作。例如，《证券发行上市保荐业务管理办法》（证监会令﹝2009）第63号）第11条规定，[14] 对个人申请保荐代表人资格应当具备的条件之一就是要求申请人“未负有数额较大到期未清偿的债务”，但如何界定“数额较大的债务”又语焉不详。在信息披露方面，《上市公司信息披露管理办法》规定证监会和证券交易所对信息披露义务人的行为均有权进行监督，但对二者如何分工并未进行明确区分，致使实践中双方职责不清。
2. 与上位法及其他部门规章的冲突
依据立法之应有逻辑，上位法优于下位法、后法优于前法及同位法之间相互协调是毋庸置疑的。无论有多少种类部门规章，也无论规则多么具有特殊性和专业性，原则上不能违反比其层级高的法律。然而，我国证券行政法律规范“善意违法”现象并非个别。
（1）与上位法的冲突。中国人民银行和证监会2000年2月联合发布了《证券公司股票质押贷款管理办法》，允许符合条件的证券公司以自营的股票和证券投资基金作为质押，向商业银行贷款；《开放式证券投资基金试点办法》也规定，商业银行可以买卖开放式基金，开放式基金管理公司也可以向商业银行申请短期贷款。这些规定实际上违反了国内金融业分业经营、分业管理之法律规范。因为证监会、央行及保监会所发布的关于金融合业的文件为部门规章，属于下位法的范畴，当其与上位法，即《商业银行法》及《保险法》等发生碰撞时，无疑上位法优先。然而，银行法与证券法等修订前的法律规则运行实践表明，下位法已凌驾于上位法之上。这无疑是对我国法律制度构建中的系统性的严重挑战。[15] 有学者呼吁指出，我国目前处于经济发展较快和体制过渡的时期，法律不可能十分定型。如果层级高的法律是早年出台的，行政部门的规章是近年出台的，此时应该通过立法机关的解释或授权行政部门制定规章来处理问题，而不应该在没有获得授权的情况下，行政部门就单独进行解释或制定超越高层级法律的规章。这种做法在过去的时间里已经发生了多次，既没见立法机关提出过异议，也没见法院提出过异议。因为没有人反对，所以就出台了，并且采用了行政修改立法的做法。[16]
（2）同一层次立法互相冲突。实践中，证监会之外的其他政府部门的一些规定也常常会对证券市场产生影响。理想状态下，这些立法应当相互协调，相辅相成构成一个严密的体系。但由于政出多门和部门之间协调沟通不够，现实并不如此。以外资并购上市公司的相关规定为例，自2002 年11月4日以来，有关部门先后发布了4个文件，其中颇多重复甚至冲突之处。如《关于向外商转让上市公司国有股和法人股有关问题的通知》第5条规定，外方转让价款支付完毕之前，证券登记结算机构和工商行政管理部门不得办理过户和变更登记手续。据此理解，即使外商已经缴付大部分股份转让价款，也不能取得股东地位和行使股东权利。而《外国投资者并购境内企业暂行规定》却规定，外国投资者可按实际缴付的出资比例分配收益，其股东地位显然是得到承认的。不同立法部门之间利益割据造成立法相互冲突，其直接恶果就是市场主体无所适从，破坏了市场参与者对法律规则的稳定预期。在利己导向下，市场主体往往选择使用不同的具体规范。由于不同主体利益取向各异，其选择结果也就不同，因此引发市场争议，给市场的平稳运行增添了本可避免的干扰和成本。[17]
