目前，尚未见到日本最高裁判所以刑罚法规不明确为由，宣布刑罚法规违反《宪法》第31条而无效的判例。日本最高裁判所的态度是应尽量通过解释使刑罚法规的内容明确，如果能够通过解释使看似不明确的条款变得明确，就应认为该条款是明确的、合乎宪法的。日本法院通过解释使“乍看之下似乎不明确的条款变得明确”以贯彻明确性原则的做法，其好处在于：“一方面承认明确性原则是罪刑法定原则的内容之一，促使立法者不断提高立法质量；另一方面，又可以较好地避免因承认该原则而给现实的司法实践带来的不便。”[38]
实体的正当程序原则，又可称为刑罚法规内容适正性原则，包括禁止处罚不当罚的行为和禁止暴虐、不均衡的刑罚。实体的正当程序，作为罪刑法定原则的实质侧面，对人权保障提出了新的要求，即要保障人权，仅仅有罪与罚的明文规定还不够，还要求所规定之罪是值得处罚的行为，所规定之罚是人道、均衡的刑罚。虽有明文规定，但将具有处罚必要性的行为规定为犯罪，或规定了暴虐、不均衡的刑罚，是以法律的名义“合法”地侵犯人权，其危害或更甚于没有法律的情况。实体的正当程序作为罪刑法定的实质侧面，其根据和目的在于实质的人权保障原理。
20世纪60年代，受美国实体正当程序的影响，日本一些学者团藤重光、平野龙一、芝原邦尔开始提倡把实体的正当程序作为罪刑法定原则的派生原则。随后，这一原则逐步为日本刑法学界所接受。他们认为受美国宪法影响，于1946年制定的日本国《宪法》第31条的规定是实体的适当原则的宪法依据。比如，团藤认为：“《宪法》第31条如前所述是由来于美国的适当程序条款，从而虽然没有适当的这种表述，但当然必须说要求罪刑的法定是适当的。在不仅程序而且实体必须适当这个意义上，美国所谓的实体的适当程序的要求，我国宪法的规定也应当被承认。”[39]
可以断定，日本刑法理论中罪刑法定的实质侧面，是对美国实体正当程序理论的发展。这可从众多日本刑法学者的著述中得到印证。大塚仁就认为，“美国法学中的‘实体正当程序理论’，即，宪法的适正程序条项要求刑事程序具有适正性和刑事立法的实体内容具有合理性，反之，就是违宪，这些都与上述罪刑法定主义的派生原则密切相连”，“‘实体的正当程序’思想，也应该作为我国宪法的解释来承认。犯罪和刑罚，需要事先由狭义的法律适正地加以规定。因此，不能认为既然形式上是由狭义的法律规定的，无论规定什么样的犯罪和刑罚都无妨。如上所述，刑罚法规的内容，需要在法律上明确规定。应该要求犯罪和刑罚都必须由社会观念所承认，而且相互均衡。”[40]野村稔认为，应当从实体的正当程序的角度来强调罪刑法定的意义，“这种实体的正当程序的理论，来源于美国的正当程序条款，它不仅仅包含刑事程序的正当，还包含刑事实体法的内容的正当，这些原理是从美国的判例理论中所产生的。”[41]曾根威彦则把罪刑法定的实质侧面直接归纳为刑罚法规的用语明确和实体的正当程序，认为：“超越罪刑形式法定的制约，法院以不具有内容上的妥当性为由，认为刑罚法规违反《宪法》第31条因而违宪无效的宪法解释原理，就是所谓的‘实体的正当程序理论’，它是法院对立法所进行的实质性制约，是从拥有违宪审查制度的美国所发展起来的见解。”[42]
日本贯彻实体的正当程序的司法实践，主要是尽量通过解释来保证刑罚法规内容的妥当性。“关于实体的正当程序理论，日本的判例，主要考虑刑罚法规的内容是否妥当，而回避从正面考虑其是违宪还是合宪的问题，并根据宪法进行限制性的解释，倾向于在事实上实现该种宗旨。”[43]
如同前述美国联邦最高法院运用实体的正当程序保障宪法明示的各种基本权利、严格解释限制这些权利的法令一样，一方面，日本法院也对涉及宪法所保障的言论、机会、结社等公民基本权利的刑罚法规进行严格的限定解释，以防不当地处罚了公民行使基本人权的行为；另一方面，对于不涉及言论、集会、结社、就业等宪法规定的基本人权的刑罚法规，“从该法规所规定的内容是不是真正值得用刑罚进行处罚”的角度出发，对该刑罚法规进行限制解释。[44]
前者的案例如，在被告违反《破坏活动防止法》第38条第2款第2项“散发主张实施内乱罪的正当性和必要性的文书”的犯罪诉讼中，法院认为，被告人尽管具有散布上述文书的行为，但该行为客观上不可能引起内乱，因此，认为被告人的行为不成立本罪；另外，在鼓动他人实施罢工的挑唆行为是否构成《地方公务员法》第61条第4款中的“煽动行为”的理解上，最高裁判所也是作了限制解释，认为该种行为“属于实施罢工行为时所通常伴随的行为的时候，不应该成为处罚的对象”。[45]上述散发文书的行为、鼓动罢工行为，法院均认为是正当行使宪法规定的言论自由权的行为。后者的案例如，行为人未获得有关机关批准而使用高周波器进行营业性治疗行为，是否属于违反《按摩师、针灸师以及柔道整理师法》第12条所规定的“类似医疗行为”，二审法院认为，该法第12条规定的类似医疗行为之所以应受处罚，是因为这些以类似医疗行为为职业的行为可能危害人体健康，进而违反了公共福祉，该案中行为人未经批准使用高周波器的营业性治疗行为是否属于第12条规定的行为，关键在于其是否对人体有危害，而一审法院的原判决对此未作任何说明，仅仅以被告人实施了上述行为而马上认定其违反第12条的规定，理由不足而且解释违法。[46]
