国际人权法不仅对国际刑法产生重大影响，还力图冲破主权国家司法主权的藩篱，将其触角延伸到由国内法院审理的包含国际因素的刑事案件中。2003年1月9日，墨西哥政府代表51位在美国被判处死刑等待执行的墨西哥国民在国际法院对美国提出起诉，主张这些墨西哥国民没有被告知其在《维也纳领事关系公约》第36条下的权利，而《维也纳领事关系公约》所规定的应向领事发出通知方面的权利是一项人权。国际法院认定，由于未能在51名墨西哥国民遭到拘禁时迅即告知其享有《维也纳领事关系公约》第36条第1款（b）项规定之下的权利，美国已经违背了依据《维也纳领事关系公约》承担的义务，对侵害这些权利的适当的救济是重新审查和重新考虑其定罪和量刑[10]。
（三）国际刑法中“普遍管辖权”的影响逐步扩大
受国际人权法的深刻影响，接受“普遍管辖权”的国家数目有所增加。例如，《（德国）违反国际法的犯罪法典》第1条规定：“本法适用于所有违反本法指明的国际法的刑事法罪和在其中指明的重罪，即使这种重罪是在国外实施的，并且与德国没有关系。”{1}对于这个问题，恐怕不能像有些学者认为的那样是国际关系中的“司法干涉”，而应该充分肯定这个领域里的理论与实践对实现“国际法治”所产生的积极影响和实在贡献。2009年9月1日，芬兰一家法院开始对卢旺达牧师弗朗索瓦·巴扎拉姆巴案件进行审理，检察官指控其参与了1994年卢旺达灭绝种族事件，对其提出了灭绝种族罪和15项谋杀罪指控。这是芬兰第一次审理灭绝种族的案件，也是芬兰法院第一次对灭绝种族行为行使普遍管辖权。
然而，过犹不及，在通过刑法保障国际人权法实施方面，某些西方国家似乎又走得太远了。例如，比利时在1993年曾通过国内立法，列举出立法机关授权比利时法院有权对其行使普遍管辖权的20项罪行，无论违法者和被害人具有何种国籍，也不论罪行发生在哪国领土上。{13}2001年6月8日，比利时法院以在1994年卢旺达内战时严重违反国际人道主义法为名，对两名卢旺达修女进行起诉并判处其有期徒刑。国家对这一类行为是否有权实施普遍性管辖，在学术和实践上仍存在很大争议。英国国际法学家就认为，“实际上危害人类罪和战争罪这两类罪行往往是在一起处理的，因为它们招致了同等程度的谴责，并且需要采用类似的措施加以禁止和惩罚”。{14}但是，“实在国际法至今还不能说有一般的规则，授权各国对犯有危害人类罪的外国国民给予惩罚，犹如他们有权（例如）惩治海盗行为--样”。{14}
在另一个提交国际司法解决也涉及比利时的“2000年4月11日逮捕证案（刚果民主共和国诉比利时，2000年-2002年）”中，当时的国际法院院长法国籍的纪尧姆大法官在其“个别意见”中指出：“国际习惯法的确承认行使普遍管辖权的一种情形，即海盗行为。每个国家可以对海盗罪行使管辖权及根据公约规定的补充性的普遍管辖权原则对出现在本国领土上的犯罪人行使管辖权。然而，除了这些情况外，国际法不接受普遍管辖权，更不用说接受缺席情形下的普遍管辖权。如果法院已经审理这些问题，它就应该判决比利时法官根据国际法没有规定的普遍管辖权起诉耶罗迪亚是错误的。”{15}
该案实质上反映了国际法上国家“普遍管辖权”问题的发展现状，表明虽然一般的国际法教科书都称国家的管辖权包括所谓“普遍管辖权”，但是迄今为止，它仍不是不可质疑的。在1998年罗马外交大会投票表决通过《罗马规约》时，中国代表团投了反对票，主要原因之一就在于中方认为：“《罗马规约》规定的国际刑事法院的管辖权近乎确立了普遍管辖权，这将有损于第三国的国内司法主权，势必造成在第三国非自愿的情况下，影响第三国的国内司法程序，对国际关系可能造成难以预料的紧张和混乱。”{16}在颇受争议的2005年3月31日联合国安全理事会第1539（2005）号决议中，第6段以“除非派遣国已明确放弃此种专属管辖权”的措词明确地否定了“普遍管辖权”的适用。{17}
然而，在另一方面，普遍管辖权也有反向发展的个别案例。2009年10月15日，西班牙议会批准一项法令，决定缩小跨国起诉范围，规定只有西班牙本国居民为被害人或者罪犯处于西班牙境内时，西班牙法官才能对行为人进行起诉。
坦桑尼亚联合共和国常驻联合国代表致函（A／63／237／Rev.1），请求在联合国大会第63届会议议程上增列一个题为“普遍管辖权原则的范围和适用”的项目。第63届联合国大会于2009年9月14日通过了第63／／568号决议，首次将“普遍管辖权”问题列入联合国大会议程。10月，在第64届联合国大会法律委员会框架下，各国就普遍管辖权的含义、法律地位（在国际法中是否已经确定）、范围和适用条件以及其与主权豁免的关系等问题展开激烈辩论，无法达成一致意见，最终仅通过简短的程序性决议，请秘书长就“普遍管辖权的范围和适用”进一步征求各国意见和信息，在此基础上撰写报告向下届联合国大会提交。{18}在“普遍管辖权”问题上选择接受或者疏离这一现象，或许可以在一定程度上说明各国对国际刑法所保护的价值的重要程度的认识是不尽相同的。
（四）在定罪量刑过程中加强保护被告人权利
系统考察国际刑事诉讼中的“上级命令不免责”制度，可以发现为了保护人权在国际“造法”过程中和国际刑事审判机关的司法实践中表现出来的立法宗旨、立法技术和效果预期。
《欧洲国际军事法庭宪章》第8条规定：“被告人根据自己政府或者上级命令行为的事实，不应当免除他的责任，但是可以在减轻惩罚中加以考虑，只要本国际法庭确定，这是正义所要求的。”《远东国际军事法庭宪章》第6条“被告之责任”规定：“被告在任何时期所曾任之官职，以及被告系遵从其政府或上级长官之命令而行动之事实，均不足以免除其被控所犯任何罪行之责任。但如法庭认为符合公正审判之需要时，此种情况于刑罚之减轻上得加以考虑。”
