以商业化形式促进金融支农业务良性发展，需要解决以下关键性难题：一是如何合理引导农村金融组织完善利率定价机制，即通过相对合适的高于正常水平的利率价格，来覆盖“三农”业务相对较高的风险。换言之，通过高风险适当与高收益相伴随，可以借此有效激励农村金融组织积极开展相关业务，使商业化本质得以体现，并真正推动农村金融组织立足于“三农”并主动拓展“三农”业务。二是如何解决“三农”信贷对象的信用缺失问题。实际上，这一问题可谓我国整个金融体系中存在的通病。但从目前情况看，我国个人信用缺失问题总体仍相对低于非个人主体，因此问题的焦点更多地集中于非个人领域，而“三农”领域信贷投放对象主要为个体农民或实质为个体性质的农户，相对而言，信用缺失问题有所弱化。当然，“三农”领域信贷投放存在着担保不足的难题，信用保障也会面临突出挑战，这也是该领域信贷投放与其他领域不同的特点所在。对于信用缺失问题，目前较好的办法可考虑采取联保方式，即由不同主体共同承担“三农”贷款的偿还保证责任，以此约束信贷对象。而这种方式不仅适用于个人，对于非个人主体同样可以适用。在这方面，孟加拉国在商业化运作方面的成功经验可供我们借鉴。该国于一九八三年颁布《特别格莱珉银行法令》，正式成立格莱珉银行（Grameen，意为乡村）。其特殊运作方式，就包括了相对较高的贷款利率及五人小组联保贷款制度。目前，格莱珉银行的业务面不断拓展，而偿债率却高达百分之九十八，可谓成绩斐然。
当然，农村金融以商业化运作为主的模式，并不必然排斥政策性支持因素。这主要是由于农村金融遭受自然灾害影响较为明显且收益相对较低等，其发展具有一定的脆弱性，中央或地方财政予以必要的支持是其稳步发展的重要保障。在此，需关注的是如何采取稳妥方式体现政策的支持，贴息可以说是与信贷支持较好的协调配合方式。毕竟，在允许农村金融组织以适当较高利率提供“三农”信贷的同时，也意味着借款农民须承担相对较高的融资成本。因此，对于符合国家政策导向的贷款，完全可以由财政对其中部分乃至全部利息予以补贴。但应注意，这种贴息款项的发放应当明确为针对农民而提供，并非对农村金融组织的补偿。即在农村金融组织与借款农民之间产生的仍然是正常的、不体现任何优惠措施的借贷法律关系，此后再由财政对借款农民需支付的利息部分予以补贴。至于具体实施方面，是否需要借助农村金融组织予以发放贴息财政资金，则可视具体情形确定。原则上，在可以不借助农村金融组织的情况下，可考虑不通过其发放相关补贴，避免可能的钻政策漏洞现象的发生。
另外，农村金融组织投向定位方面还涉及范围界定问题。是否对于所有与“三农”相关的贷款需求，农村金融组织均需提供信贷？当然，农村金融组织如果作为一个相对独立的商业化运作机构，对于任何贷款需求，确实具有同意或拒绝提供的权利。但剔除这一因素，还应明确的一点是，如何确定农村金融组织提供贷款发放的原则性标准，能否以借款者所从事的行为是不是经营性行为作为贷款与否的划分，即对于经营性行为才能提供贷款。笔者认为，这种划分标准有一定好处，但也有不足。其好处在于可以明确将一些非经营性的行为如医疗、基本生活需要等借款需求排除在外。因为从事此类行为确实很难期望获得相应收益，还款来源也难以保障，因而不适合商业性借贷原则，应主要通过社会保障或社会救济等方式解决。另一方面，该标准也存在不足。如消费、教育等支出同样属于非经营性行为，但消费贷款、助学贷款实已成为重要的贷款类别，其发放也具有可行性和合理性。因而，更准确的划分标准还是应以借款人是否具有偿还能力作为依据。当然，偿还能力的确定具有较强的主观性，更为考验农村金融组织工作人员的业务能力。但无论如何，最终是否提供贷款的判断权利仍属于农村金融组织，其在贷款投放中亦可采取利率溢价方式，作为对偿还能力不足或风险对象提供信贷的弥补。
