2.农村合作金融机构的治理机制问题。目前，我国在关于农村合作金融机构的内部治理机制方面，有关法律法规事实上均有相应规定，如对农村信用社，要求其建立起社员代表大会、理事会和监事会共同构架的“三会”制度；农村合作银行和农村商业银行则依照商业银行有关做法构建内部治理结构。这些要求与《公司法》的有关规定并无本质区别，均是试图构建起一种合理分权、相互制衡的内部机制，以保障所有者合法权益，并予经营者以适当权利。应当承认，这种设计意图充分体现了市场化改革的方向。但是，我们也要看到，金融实践中正是由于地方政府的强有力介入，使得这种理论上的良好制度设计并未收到预期的实践效果。笔者认为，农村合作金融机构的内部治理机制问题，除了需要合理设计有关内部制约机制外，还需要从根本上厘清其与外部影响力量间的关系。这方面的改进，可以考虑合理约束地方政府的有关权力干预，转变其所扮演的角色。换言之，鉴于部分农村合作金融机构的出资者或间接或直接地体现出了地方政府干预的身影，对此需要设定合理的防火墙。一方面对于出资者的收益权或分红权要予以充分保障，另一方面出资者基于出资权益可以在农村合作金融机构中派遣相应的代理人，但此类代理人应立足于农村合作金融机构本身利益，充分发挥其管理者的功能。除此以外，地方政府不应通过其他渠道或不合理方式，对农村合作金融机构的经营运作特别是业务决策产生直接影响。此外，实践中农村合作金融机构治理机制方面还存在另一种需关注的情形。即有些地方政府通过承诺财政担保、减免税费和开立财政存款账户等优惠政策，影响农村合作金融机构满足其有关融资或放贷要求。应当看到，这不仅仅是农村合作金融机构所面临的问题，事实上所有金融机构均或多或少地会受到一定影响，其涉及到的还是政府服务功能的转变、政企功能的合理划分等因素，并非单纯通过农村合作金融机构治理机制的健全完善就能够加以解决。
3.农村合作金融机构与合作制问题。目前，有学者认为，农村信用社（全称农村信用合作社）有合作制之名而无合作制之实，并进而提出农村信用社应按合作制的组织形式经营运作。应当看到，合作制的根本特点在于实行互助合作、“一人一票”的民主、以按劳分配或按贡献分配为主的合作制原则。[1]也有不少学者提到，合作制的本质特征还强调盈利并非为了分红而是用于积累。从这些表述可以看出，合作制的组织形式事实上与目前农村合作金融机构尤其是农村信用社的运作经营方式并不相符：一是合作制中“一人一票”的民主管理方式并未在农村信用社中得到任何体现，反而是出资者即股东行使着较大的经营决策权利。二是合作制中互助合作特征在农村信用社中体现得并不明显，农村信用社信贷资金的提供并不局限于内部成员，而是面向与“三农”相关的各类主体如农民、农户、农企等。三是尽管当前农村信用社盈利状况仍不理想，但按照市场经济原则，对股东采取红利分配方式仍是未来方向，按劳分配或按贡献分配的盈利分配方式或盈利积累模式同样不存在。总体而言，农村信用社中所含有的“合作”之名，更多的是历史遗留下来的称呼，在多年的演变与改革后，其已不具有合作制的实质特征，不能由此将其定性为合作制的组织形式。而且，笔者认为，合作制也不适合未来农村信用社的发展。由于合作制更为注重内部的互助合作，一定程度上会影响其资产的发展规模，服务面也相对有限，这与当前农村信用社普遍资产规模较大、业务发展面相对较宽的现实亦难以吻合。当然，这并不意味着合作制不能加以利用，未来合作制这种组织形式在农村金融体系中仍会享有较为广泛的运用空间，部分新型农村金融机构如农村资金互助社亦正是其功能得以充分发挥的有效载体。
