与1950年所颁布的《社会团体登记暂行办法》有些类似，1989年颁布的《社会团体登记管理条例》在一定程度上也具有政策指向性，而它的即时性政治目的就在于为从1990年开始为期一年的全国范围大规模社会团体清理整顿运动提供合法性基础。有一个值得注意的现象在这里需要即刻指出，即到目前为止，新中国在全国范围内总共进行了四次相对大规模的社会团体清理整顿运动，而其中，20世纪九十年代就占了三次（还有两次分别发生在1997年到1998年间、1999年到2000年间）。我们以为，仅从这一点便可以窥见，相较于1980年代，1990年代国家在社会团体管理政策上所发生的重大变化。
在1990年6月《国务院办公厅转发民政部关于清理整顿社会团体请示的通知》中，规定了这次清理整顿的六项内容。在这六项内容中，除了规定对于那些反对四项基本原则，长期宣扬资产阶级自由化的社会团体要坚决取缔之外，其他五项内容均是要求按照新颁布的《社会团体登记管理条例》中的规定进行不同方面的清查、撤销、合并、解散或者重新登记。可以说，这次清理整顿固然可以被视为国家对于1989年风波的事后回应，但在很大程度上，整顿的初衷更在于将《社会团体登记管理条例》确立的监控体制落实到位，以解决1980年代遗留下来的社会团体的无序状况。1997年，政府再次使用清理整顿这一措施，只不过这次运动具有较为浓重的政治色彩。因为在1997年4月下发的《国务院办公厅转发民政部门关于清理整顿社会团体意见的通知》中，我们看到，这次清理整顿的重点主要是围绕着社团及其负责人的政治动向、社会科学类社团的业务活动、社团承接境外组织的社会科学课题研究与资助、参加国际组织以及外国人在社团中担任的职位等方面而展开的。政府在1999年开始的清理整顿运动相较于九十年代前两次运动在规模上要小很多，其导火索主要是法轮功事件，因而这次运动的发生具有一定的偶然性。在这次清理整顿中，国家将矛头直接指向西方反华势力渗透进来的社会团体、各类气功组织和敏感组织（诸如“下岗工人协会”、“退伍军人协会”、“打工者协会”等组织），并将这些社团组织一并处理，因而完全充满了政治色彩。
从政治学的角度来看，国家对于社会团体的清理整顿乃是一种典型的“运动式治理”行为，或者说是一种“国家运动”。这种运动主要表现为国家“自上而下的按照政治动员方式来制定或更换政策、动员资源、推广实施，因此有着随意性、非常规性的特点。”[25]所谓非常规化，就是指“国家运动本身的行动目标、工作组织和活动方式等，都是围绕特定任务而临时设定并随时调整的，缺乏稳定性”[26]。这种治理模式与倾向于制度化、稳定化、专业化的科层制治理机制截然不同。这里有一个需要我们做出认真解释的重要问题，即如果说清理整顿这一治理技术的使用在20世纪五十年代至改革开放前还可以理解的话（因为改革前的社会属于一种“非常态”社会，国家主要的治理工具就是“通过政策或运动的治理”而非“通过法律或程序的治理”），那么为什么在法制建设成为基本国策、法制观念日益深入人心、国家各项治理手段都趋于规范化的1990年代，政府还要诉诸这种缺乏稳定性的治理技术来管理社会团体，而且使用频率还如此之高？
在我们看来，理解1990年代国家行动逻辑的一个关键切入点就是由国家主导的市场化改革。1990年代的市场化改革是一场由政府主导的强制型制度变迁，它在一定程度上可以被视为1980年代尚未完成的城市经济体制改革的一种推进。这时的改革实践“是在对前苏联计划经济模式和西方主流发展模式的双重诀别的前提下展开的，是在没有任何既定的目标模式和改革路径等的情况下主要由实践推动而形成的。”[27]而且，与八十年代还有不同，这时的改革已经不是从预期成本最小的农村为突破口了，而是直接从难度最大、改革预期成本也最高的城市入手。这里的改革成本（或者说制度创新的成本）主要“表现在由于改变既存的利益格局和社会结构而可能引发大规模的社会震荡，由于社会失序导致新利益群体的行为选择突破原有的理性边界而必须制订新的规范和约束并组织实施，同时为清除制度变革阻力以免其对脆弱的制度体系造成冲击而必须提供安置、疏导或暴力控制的设施。”[28]可以说，相比于1980年代那种“农村包围城市”或者“体制外走向体制内”的制度变迁路径，1990年代的国家在改革问题上已经丝毫没有了八十年代那种可回旋的余地，“硬着头皮”或者“趟地雷阵”也必须拿下城市经济体制改革这个“攻坚战”。面对这样一个无法回避的现实，如何在改革过程中把预期的制度创新成本减少到最低程度无疑成了国家在当时最为关注的问题之一。按照这个逻辑，在1980年代曾经十分活跃的社会团体也就毫无疑问成了对于国家稳定发展而言首当其冲的控制目标。
在这个前提下，如何管理或如何控制社团自然也就成了国家需要直面的另一个问题。需要指出的是，尽管在1989年颁布的《社会团体登记管理条例》中已经初步明确了双重分层的监管体制，但是考虑到当时的社会状况，单纯依靠这样一套规定，同时辅之以行政科层机构的日常管理是很难将当时混乱复杂的社会团体完全纳入监管体制之中的。因此，仅仅通过常规化、制度化的法律治理手段似乎很难实现国家预期的目的。基于此，同时诉诸非制度化、非常规化同时也是非专业化的运动型治理手段（亦即清理整顿运动）便成了国家在1990年代管理社团上不得不采取的一种做法。同时，考虑到中国当时的现实条件，这种治理模式还是有一定合理之处的，而那就是：由于国家在相当长的历史时期内都一直处于可支配的“配置型资源”[29]相对匮乏的境地，因此为了有效解决特定时期的社会问题，国家唯有集中有限的治理资源、通过非常规化的局部政治动员方式才能达到既定目的。
但是，如果我们从更具体的角度出发去比较国家在新时期所诉诸的社团清理整顿与1950年代的类似运动，那么我们就会发现，它们之间实际上存在着很重要的区别。这是因为第一，1990年代的运动型治理是建立在《社会团体登记管理条例》的法律治理基础之上的（虽然在一开始法律治理的范围比较有限），因此在根本的意义上讲，运动型治理只是法律治理的一种辅助工具。而在1950年代以及此后，上述二者间的关系乃是完全颠倒的，有时候法律治理甚至只是一种“摆设”。第二，国家在1990年代的社团管理技术还是有分寸和分层次的，因为我们可以发现，国家的社团清理整顿运动从一开始基本取向上的“生产性”和“规训性”兼而有之[30]逐渐转化成了以“规训性”为主。这意味着，从不同时间段来看，国家在1990年代展开的社团清理整顿就整体而言实际上是一场目标和强度不断调整和变化的运动。随着“生产性”基本取向在任务比重上的不断下降，国家事实上也逐渐将越来越多的社会团体管理任务让位给了由《社会团体登记管理条例》指导下的行政科层机构，同时，为了确保市场化改革所必需的稳定秩序，国家的强制力（既可以是常规化的也可以是非常规的强制力）也主要转而针对那些更具政治性的社会团体。这部分是因为国家客观上已没有太多能力和资源通过长时间的非常规手段来同时实现“生产性”和“规训性”的双重目的，更是因为国家在新时期的社团管理逻辑已经在悄然间发生了某种根本的转变：常规化、制度化和专业化的法律治理范围已经得到了越来越大的扩展。
当然，促使国家社团管理逻辑发生这种转变的更大原因还在于清理整顿运动本身。众所周知，运动型治理的一个最大的缺点在于它的临时性特征，也就是说，这种治理模式是因为某个时期的某个或某些特定社会问题而产生的一种“治标不治本”的模式，在根本上无法充当总体上的“长效机制”，而且事实也证明，一旦这种运动结束，类似的特定社会问题往往会复而再生或以其他形式再次表现出来。在这个意义上，或者在“常态”的社会里，国家必须依靠常规化和制度化的法律治理来实现对于社会团体的充分监管。然而，国家在将社会团体的管理工作逐渐转交给行政科层机构的同时，相应的一个新问题又产生了：行政科层机构究竟应当如何通过法律来实现有效的社会团体治理？
