（四）刑事司法中的人权保护
刑事司法问题涉及刑罚配置与司法程序，它们既是刑法学和刑事诉讼法学的研究重心，也是人权法学的关注重点，可以说，刑法学、刑事诉讼法学本质上就是以人权为基的学科理论体系。刑事司法具有突出的实践性，刑事司法的现状直接体现了人权保护程度的高低。避免刑事司法机关侵犯人权的最有力手段是建立有效的监督机制，然而现实状况不容乐观：在刑事强制措施的采取上，不仅事先无须批准，事后也不接受审查；近几年屡屡发生的“躲猫猫”等被羁押人非正常死亡事件，暴露出当前监所管理体制和执法监督机制的漏洞；还有以赵作海案为代表的冤假错案，集中反映了一系列长期存在的制度问题。
根据宪法和刑事诉讼法的规定，法院、检察院和公安机关之间是“分工负责、互相配合、互相制约”的关系。然而现实中三机关的分工合作蜕变为只合作无制约，而且三机关权力不对等，使得监督乏力，制约手段有限。[26]同时，地方政法委协调讨论具体案件实际上是采用管理行政权的方法管理司法权，协调案件的潜规则更是僭越了罪刑法定原则和无罪推定原则，违背了司法活动的基本规律，后果非常消极。[27]多位学者认为，弥补缺陷的最终措施是建立司法审查机制，以司法权约束侦查权。在三机关的制约关系上，应当使检察院主导制约公安机关，法院主导制约检察院，法院主导三者的制约关系，处于制约顶端的是审判机关，使侦查服从于起诉，起诉服从于审判。[28]
2011年，刑事诉讼法的修改是法学界和实务界共同瞩目的大事件。陈瑞华指出，尽管刑诉法修正案亮点不少，但存在隐忧：监听、窃听等手段没有受到相应制约；违法所得财产的没收程序可能带来非常危险的后果；对有暴力行为的精神病人的强制医疗程序，可能会导致极个别公安机关将上访者、轻微违法者直接当成精神病人进行强制医疗的情况。[29]不少学者还对草案中“通知被拘留人的家属”条款表示担忧，认为侦查机关可以自由决定是否通知家属，可能导致大量出现“秘密拘捕”情形。对于秘密侦查制度，程雷指出，秘密侦查的高度保密状况使得侦查机关可在不受任何外界监督的情形下“自由”使用相应的手段，并且秘密侦查手段凭借政治影响力而具有权威地位，使得任何旨在改进秘密侦查法治状况的立法或司法努力都变得艰难。[30]
刑诉法修改之所以受到公众和立法者的普遍重视，除了立法者要履行尊重和保障人权的宪法义务之外，一个重要的考量是以之维护社会稳定。但这里面存在的逻辑悖论是，以扩大控制范围、强化控制力度的方式维护稳定，容易扰乱不同权力之间的性质和职能，反倒不利于社会稳定。这种思维在法学理论上也有反映。为了预防风险而提出的风险社会理论，目的是“使得公民决策的各种不可预测的结果能够被预测并且能够被控制”[31]，但“从‘风险社会’理论到‘风险刑法’理论是一次危险的跳跃”[32]，最终的结果将是“刑法本身将被消解，成为真正意义上的‘安全法’，既不是善良人的大宪章，也不是犯罪人的大宪章”[33]。这种突破谦抑主义的刑事司法观念不但会消解刑法，而且会构成消解法治和人权的真正“风险”。
（五）国家人权机构研究
一些学者对国际人权和人道主义法做了探索，如国际人权的司法机制、人道主义干涉的正当性等，但最主要的探讨集中于国家人权机构方面。根据《巴黎原则》的要求，国家人权机构必须依各国宪法或法律设立。张伟认为，我国设立国家人权机构的最佳选择是以宪法设立，如采用宪法修正案的形式，然后再制定单行法律就有关机构成立的各项事宜作出具体的规定；次优选择是起草专门法律来设立。[34]的确，作为联合国常任理事国和若干人权条约的缔约国，我国应当尽快设立国家人权机构，而且2005年联合国经社文权利委员会在审议中国的履约报告后，也再次建议尽快设立。尽管我国为制定《国家人权行动计划（2009—2010年）》而建立了“国家人权行动计划联席会议机制”，但它远非一个国家人权机构。
