从上述司法确认程序设置来看，人民调解协议在法律效力上有别于也高于一般的民事合同。因为，民事合同的双方当事人并不能通过向法院申请确认且仅仅经由这样一种非讼性质的简易程序，就使彼此间的合同获得可直接交付强制执行的效力。这说明，当事人之间的民事争议由人民调解委员会处理解决之后，所形成的调解协议在作为民事合同的基础上又加上了“经群众性自治组织认证”的公共性质，不能再简单地等同于私人间订立的契约。国家权力以某种方式对这种效力上超出或高于一般合同的当事人协议加以担保成为必要。另一方面，即便有调解员签名并加盖人民调解委员会印章的调解协议，当事人也不能以此作为执行依据向法院申请直接进入强制执行程序。这一点又说明人民调解协议仍有别于法院的裁判、调解书和仲裁裁决，并未被赋予执行力，其只是在经过一定形式的司法审查之后，交付强制执行才成为可能。总之可以说，《人民调解法》第31条有关人民调解协议效力所规定的“法律约束力”，除“当事人应当履行”的道义性约束之外，在制度上是由同法第33条及相关司法解释“若干规定”通过建立司法确认程序来提供担保，同时也为这种程序的非讼性质所限定的一种效力。关于这一点，还可以从相反的方向来加以进一步论证。即可以设问：为什么不规定人民调解协议的任一当事人也可以单独申请确认协议的效力呢？进一步还能追问，如果允许一方当事人单独提出确认调解协议效力的申请，这种程序的性质究竟应定位为诉讼还是非讼呢？这两个问题同样涉及对人民调解协议的法律效力应如何理解，而且放到一起才可能做出有说服力的回答。
要是规定当事人能够单方申请法院对调解协议的效力做出司法确认且该确认程序的性质为非讼，虽然可以进一步提升调解协议的法律效力、或可使其与直接的执行力已非常接近，但技术上的障碍在于如果另一方当事人采取争议的态度，则程序的非讼性质将很难维持。当然，如上文所述有一种学术观点认为，当事人经过人民调解组织或行政组织调解达成的协议与法院裁判或仲裁裁决一样，应当赋予其可直接交付强制执行的法律效力。如果赞同这种见解，经过单方申请以及简便的司法认证方式即赋予调解协议以强制执行效力其实也无可非议。但是，考虑到任何直接赋以调解协议强制执行力的制度安排与现行宪法对人民调解制度的定位都有抵触的可能，且鉴于目前我国各种调解组织在人力资源和实际运作等各个方面发展极不均衡的现实以及改善这种状况而遭遇的种种困难，却令人难以轻易承认这种见解。退一步讲，如果赋予一方当事人申请司法确认的程序权利，而另一方当事人即使不同意却因程序的非讼性质得不到相应程序保障的话，不仅在技术上使程序难以操作，理论上也很难自圆其说，而且还会牵涉到是否侵害当事人诉讼权利等更带有根本性的疑问。接下来的问题是，如果当事人不能单方要求法院对相当于民事合同的调解协议通过非讼程序确认其效力的话，把这种确认的程序改造为诉讼是否就可以了呢？从诉讼法理论来讲，确认之诉对于作为“诉的利益”要件之确认的利益有特别的要求，一般情况下当事人欲确认或实现调解协议约定的权利义务却缺乏双方合意时，应当提起的是给付之诉。当然，考虑到某些极端的例外情形就连对于一般合同的成立都有可能提起确认其效力之诉，即在理论上并不绝对排除诉的利益存在。不过，即使当事人请求确认调解协议效力具有相当的理由，但一旦对方以协议的反悔或原来的纠纷本身作为抗辩的话，确认之诉就因缺乏确认的利益这一诉讼要件而不成立，或者只能转为给付之诉。所以，规定当事人单方对于调解协议效力提起确认之诉实际上是没有意义的。
对于通过非讼程序加以审查并确认的调解协议，其法律效力主要表现为执行力。一方当事人不履行调解协议的，经过确认的另一方当事人可向法院申请强制执行。但是，作为执行依据的文书究竟应当是调解协议本身、还是确认调解协议的决定呢？笔者认为，在现行《民事诉讼法》的框架下，还是应以确认调解协议的决定作为执行依据。其法律上的根据则可利用《民事诉讼法》第212条第2款所规定的“其他应当由法院执行的法律文书”，将法院通过非讼的审查程序而做出的确认决定解释为这里所讲的“法律文书”之一种。虽然申请强制执行的当事人可以把调解协议作为法院决定文书的附件一并提交，但仅以调解协议本身却不能构成合法的执行依据。因为，根据上文所述的理由，不仅调解协议本身很难被解释为法院“应当执行”的一种法律文书，而且司法审查的只是调解协议中能够予以确认并执行的内容，不一定是整个调解协议或其全部内容。不过，伴随着《民事诉讼法》的全面修改，无论强制执行法是单独立法还是仍作为《民事诉讼法》的一编，都可以考虑把经过司法确认的调解协议书明确规定为执行依据之一。
