在审前程序中，应凸显检察官的中立性，强化辩护人的有效参与。如《修正案（草案）》关于羁押的必要性审查的规定，完全是一种行政化的审查方式，在实践中缺乏操作性，难以奏效。试想，逮捕本是由检察院批准的，依修正后第九十四条的规定，犯罪嫌疑人、被告人被逮捕后，人民检察院仍应当对羁押的必要性进行审查。对于不需要继续羁押的，应当建议予以释放或者变更强制措施。这样一种自我审查的方式如何能达到“防止超期羁押和不必要关押”的目的？故建议将此条修改为：犯罪嫌疑人、被告人被逮捕后，犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人对羁押的合理性及必要性有异议的，可以向人民检察院提出意见，人民检察院应当于三日内给予书面回复，对于不需要继续采取强制措施的，应当予以释放或者变更强制措施。对回复仍有异议的，可以向上一级人民检察院提出申诉。在具体操作程序中，羁押必要性的审查应主要由犯罪嫌疑人及辩护律师提起，检察官通过听证的方式予以审查，并保障当事人权利救济的机会，以切实减少无必要的羁押。
在审判程序中，应充分保障控辩双方诉权的行使，按照诉讼特有的方式和要求进一步完善审判程序。首先，应充分吸纳最高人民法院量刑程序改革及学界研究的成果，实现量刑程序的诉讼化。对被告人认罪的案件，确立相对独立的量刑程序；对于被告人不认罪的，应确立完全独立的量刑程序。改变传统的定罪量刑一体化模式，将量刑由法官办公室里的秘密作业变革为由控辩双方充分参与的庭审活动，以增强诉讼的公开性与民主性。通过控辩双方量刑建议及量刑意见的提出，对量刑事实及证据在法庭上进行充分的调查和辩论，能够尽可能发挥诉权对裁判权的影响，限制法官量刑裁量权的随意性，提高定罪的准确性和量刑的公正性。其次，实现第二审案件全部开庭审理。依照修正后第二百二十二条的规定，被告人、自诉人及其法定代理人对第一审判决认定的事实、证据提出异议，第二审人民法院认为可能影响定罪量刑的上诉案件，第二审人民法院应当组成合议庭，开庭审理。众所周知，第二审程序的功能就是为当事人提供司法救济，以维护其合法权益。《修正案（草案）》以“第二审人民法院认为可能影响定罪量刑”为附加条件限制开庭审理的案件范围，必将导致相当一批案件的不开庭审理，大幅度削减了当事人的诉权；同时，这一限制规定也有悖控辩平等的原则，当事人等提出的上诉案件要经过二审法院的审查与限制，但对检察院抗诉的案件一律开庭审理，这明显不符合诉讼化中控辩双方平等对抗的实质要求。最后，建议修改审判监督程序，实现刑事再审程序的诉讼化。现行的审判监督程序在提起的主体、时间、理由及审判的方式等方面，均存在着严重的行政化色彩，此次《修正案（草案）》并未予以修改，建议借鉴我国《民事诉讼法》中关于审判监督程序的相关规定，对该程序进行诉讼化改造，将其打造为实现当事人诉权救济与保障的刑事再审程序。
在特别程序中，应保障辩护律师的有效参与，对限制、剥夺公民人身自由、财产权益的案件，人民法院应当开庭审理，以体现国家尊重和保障人权的基本立场。仅以“对实施暴力行为的精神病人的强制医疗程序”为例，由于该程序直接关系到被申请人或者被告人的人身自由权利，必须审慎对待，故非经法庭开庭审理，不得对其作出强制医疗的决定。建议修正后第二百八十二条第二款修改为：人民法院审理强制医疗案件，应当开庭审理，并通知被申请人或者被告人的法定代理人及辩护人到庭，对没有委托辩护人的，法院应当指定辩护律师。同时鉴定人应当出庭接受质证，被申请人以及法定代理人有权聘请鉴定辅佐人到庭发表意见。同时，对人民法院依法作出强制医疗决定的，应赋予被申请人或者被告人上诉权，以实现对其的程序救济。
