（二）全国人大无条约批准权与其立法权限不匹配
全国人大与全国人大常委会在条约事项上权力错位首先体现在基本法律上。例如，我国1998年已经签署的《公民权利与政治权利公约》一旦经全国人大常委会批准将在很多方面可能与全国人大制定的基本法律相冲突，而我国为履行国际义务必然要修改全国人大制定的国内法，这就可能产生由于全国人大常委会的决定，而修改或废除全国人大立法的状况。典型如《公民权利和政治权利国际公约》的相当一部分内容为刑事诉讼问题，它不但全面规定了公正审判的国际标准，还就死刑核准、逮捕和拘禁的原则和程序及被剥夺自由者的人道待遇和分类处置等问题进行了详细规定，而这些规定与我国现行《刑事诉讼法》是有冲突的。如果我国由人大常委会决定批准该条约后，尚须全国人大修订新的《刑事诉讼法》，等于以全国人大常委会的决定为标准支配全国人大的行为。或许有人认为，全国人大完全可以不去理会全国人大常委会批准条约的决定，不去修改《刑事诉讼法》，但如此又产生违背国际义务的情况。这可以说是一种“先斩后奏”的不正常立法行为，其根源就在于决定条约生效权力的主体可能不当。另外，也可能有人认为，全国人大常委会虽然立法权限弱于全国人大，但全国人大常委会可以修改全国人大的立法，我国历次刑法修正案就是由全国人大常委会而非全国人大作出。所以由全国人大常委会根据自己批准的条约修改国内基本法律就不存在不尊重全国人大立法权的问题了。这种观点其实误认为全国人大将所有修法权均赋予全国人大常委会，这也是不符合法律规定的。《立法法》第7条规定：“在全国人民代表大会闭会期间，对全国人民代表大会制定的法律进行部分补充和修改，但是不得同该法律的基本原则相抵触。”显然，全国人大常委会修改全国人大通过的法律是有前提条件的，即不得同该法律的基本原则相抵触。但国际条约与我国现行基本法律原则相抵触的情形也并不鲜见。根据《公民权利与政治权利公约》有关规定，任何人不被强迫自证其罪，不得强迫其有如实供述的义务。[22]这就与现行《刑事诉讼法》之犯罪嫌疑人有如实供述义务的原则相抵触。[23]这种情况下，全国人大常委会恐怕就不能擅自根据条约修改刑事诉讼法。再如，我国《民法通则》第142条规定：“中华人民共和国缔结或参加的国际条约同中华人民共和国的民事法律有不同规定的，适用国际条约的规定，但中华人民共和国声明保留的条款除外”。所以从国际法与国内法的关系上来说，在民事领域，国际条约效力高于我国国内法，但《民法通则》由全国人大批准公布，而国际条约只能根据全国人大常委会的决定予以批准，这样法律效力层级高的国际条约其批准决定机关是权力层级较低的全国人大常委会，而效力层级较低的国内基本法律其制定机关是权力层级最高的全国人大，这形成了权力分配的错位，不符合《宪法》与《立法法》所体现的立法权分配原则。这样的冲突在国务院的核准权与全国人大常委会的批准权之间同样存在。例如，据商务部有关同志的介绍，中国和瑞士政府正在考虑签署一个地理标志方面的相互承认和保护协定，在协定中列出受保护地理标志名单，对于纳入名单范围的地理标志不得接受商标注册申请。这就造成这样一个问题：这个协定很可能只报国务院核准，而商标在先权利是受人大常委会制定的《商标法》保护的。能否根据这种行政性协定，挑战《商标法》的规定？[24]
其实，这一权力分配悖论在宪法层面表现的更为激烈，我国《宪法》第62条第1款规定，《宪法》只能由全国人大制定或修改，全国人大常委会在此方面不享有任何权力。如果国际条约与我国《宪法》相抵触，为使国际条约在我国得到执行，《宪法》可能在某种程度上与国际条约相妥协。这种情形下，若国际条约不经全国人大审查批准，而仅由全国人大常委会予以决定，则全国人大常委会又凌驾于全国人大之上，使《宪法》第62条第1款规定沦为空文。早有宪法学者指出，如果我国缔结并批准某些国际人权条约，这些人权公约涉及的绝大多数事项均与《宪法》规定的公民基本权利与义务密切相关，而两者又在诸多方面不尽一致甚至严重抵牾。例如，《公民权利和政治权利公约》第18条第1款规定人人有权享受思想、良心和宗教自由，这与我国宪法规定的公民必须履行坚持马列主义、毛泽东思想，坚持社会主义的义务是有冲突的。同时，该公约第6条第1款规定：“人人皆有天赋之生存权，此种权利应受法律保障，任何人之生命不得无理剥夺。”在这一规定中，“人”的外延得到最广义的解释，不仅包括已出生的人，还包括所谓边缘性的人即胎儿。胎儿非因其母体生理病症，不得被剥夺生存权，尤其要禁止其父母（或法定监护人），随意对其生死予夺。而我国现行宪法第49条规定“夫妻双方有实行计划生育的义务”。这一规定显然与公约规定相悖。[25]所以，如果全国人大常委会批准《公民权利和政治权利公约》，为履行国际义务，全国人大是否修改《宪法》又存疑问，倘若不修改有违背国际义务之嫌，如果修改，又等于全国人大常委会在宪法层面支配全国人大的行为，这和宪法规定全国人大可以改变全国人大常委会的决定恰好相反。
