对于存在冲突的价值必须有所取舍时，应当在进行权衡的基础上进行取舍，应当考虑如下因素：
1.取此舍彼所要达到的目的；
2.被舍弃的价值有无依理性的其他替代方法获取的可能性；
3.被舍弃的价值没有依理性的其他替代方法获取的可能性时，这种舍弃是否值得。
注重自由的选择者更倾向于维护法律的正当程序，卓尔·萨马哈指出：刑事诉讼法在特定案件中取得正确结果所包含的利益和与之相对的在所有案件中保持程序公正所包含的利益取得平衡。结果与程序之间的关系就是目的与手段的关系，它常常表现为目的使手段正当化。在刑事诉讼中，目的是正在处理的案件的正确结果——包括使无辜者自由，使有罪者受罚；手段是取得这一结果的程序。刑事诉讼法抬高了按照公平程序实施法律的价值，换句话说，在刑事诉讼法中，目的并不能总是使手段正当化。实际上，当被迫进行选择时，宪法制度要求公平程序的手段必须优先于取得正确结果这一目的。易言之，人人得享公平程序比以不公平程序定一个即使是有罪的人更为重要。[33]
在刑事诉讼中，当实质真实与正当程序存在冲突的情况下，取正当程序舍实质真实，这一选择建立在认为国家起源于极恶、国家权力对公民自由权利的威胁极大、它被滥用之害大于个别犯罪人被放纵之害的基本理念之上。取正当程序舍实质真实的选择，并不意味着对实质真实的重要性的贬低，对于实质真实发现，多数情况是可以通过法律的正当程序达到的。例如，为禁止非法取证而设置的非法证据排除规则，禁止的是非法取证行为，对于证明被告人有罪的证据，人们往往可以通过理性的替代行为——依法取证——来获取，进而达到实质真实发现的目的。虽然在个别案件中会导致实质真实失落的后果，但唯有这一选择才能够促使国家官员依法律的正当程序去发现实质真实并有希望最终促成正当程序与实质真实同时得到实现的前景，如美国的马普案件的裁决体现了这样一种信念：“可供选择的诸方法——诸如对于执法人员进行刑事控诉、对执法人员进行行政纪律约束或者对执法人员提起民事诉讼——均不是实施宪法第四修正案（注：美国宪法第四修正案规定：“人民保护其人身、住房、文件和财物不受无理搜查、扣押的权利不得侵犯；除非有合理的根据认为有罪，以宣誓或郑重声明保证，并详细开列应予搜查的地点、应予扣押的人或物，不得颁发搜查和扣押证。”）的足够有效的方法，只有排除规则才是唯一有效的方法。”[34]相反的选择则容易造成正当程序与实质真实双双失落的境况。也就是说，对于个别案件，取正当程序舍实质真实的选择，会导致实质真实失落，但对于整个司法活动而言，这一选择对于发现案件的实质真实和对犯罪的惩罚的损害只是局部的，而且可以通过提高侦查能力等理性的替代方法在一定程度上弥补这一缺陷。
如果将排除规则一类证据规则的产生当作现代西方国家特别是英美国家程序至上、轻视实质真实的证据，就可能无法理解沃伦·伯格主持以及伦奎斯特主持的美国联邦最高法院对厄尔·沃伦主持的联邦最高法院所确立的非法证据排除规则所作出的种种限制，以及美国国内迄今为止对于非法证据排除规则、米兰达规则提出的种种质疑与批评（注：最近的例子是，美国哈佛大学法学院教授德肖微茨在参加中美审判实务高级研讨班时指出：中国学者不断呼吁，应切实加强犯罪嫌疑人和被告人的诉讼权利。而在美国，犯罪分子正因为获得了法律赋予的广泛权利，已经越来越不把警察和检察官放在眼里了。法律强调充分保障罪犯人权的代价，便是当今美国犯罪率的上升。如引起我国法学界激烈争论的犯罪嫌疑人能否享有“沉默权”的问题，赞成派明显占了上风。美国是在法律中明文规定“沉默权”的国家，德肖微茨先生却说：“这是一项糟糕的制度。”一个极端的例子是，他的一位当事人在法庭上傲慢地呵斥检察官：“我有权拒绝告诉你我的姓名。”所以，德肖微茨教授认为美国司法改革的方向是要减少对犯罪嫌疑人的法律保护，而中国却应在原先的起点上，逐步增加刑事诉讼过程中犯罪嫌疑人和被告人的正当权利。“也许有一天我们会走到一起”，他做了一个双手交叉的姿势。（中国青年报.2001-3-26），以及美国判例法所确立的“法庭将不会排除由于违宪行为而发现的证人提供的证词”[35]、“不禁止大陪审团使用那些非法获取的证据”[36]、“在美国提起的民事案件的审判中并不禁止大陪审团使用那些非法获取的证据”[37]以及排除规则适用的对象是执法人员及其代理人而不是普通公民。这些内容，不正是基于发挥其发现案件实质真实、有效地惩罚犯罪的工具作用而设定的吗？就我国来说，长期以来偏重客观真实发现而忽视程序合法，特别是在刑事诉讼中，在法律的诸项价值中偏重于秩序与效率，对于个人自由、公平的保障十分薄弱，需要加以纠偏，方法是在刑事诉讼中切实加强对犯罪嫌疑人和被告人的权利保障，防止以不正当手段实现维护秩序和惩罚犯罪的目的。
为了达到恶的目的而不择手段，一般是无争议地得到恶的评价的；对于为了达到善的目的而行使善的手段，一般是无争议地得到善的评价的；惟对于以恶的手段去达到善的目的，却需要认真地研究，因为为数不少的人对此持有容忍、谅解甚至纵容的态度（注：比较典型的例证就是刑讯逼供。它已是公开的“秘密”，当然实际情况比人们所知道的更为严重，但在1996年旨在“解决那些亟待解决的问题”的刑诉法修改中却并没有作为亟待解决的问题加以解决。与此类似的表现是，刑讯致人死亡、重伤虽然应当按照刑法应以故意杀人罪、故意伤害罪惩处，但犯罪者即使得到惩罚，惩罚之轻也往往是颇为惊人的，这与其手段之恶形成的恰恰是鲜明的对比。无他，因刑讯的目的“纯正”也。）。包括权力的牺牲者在内的许多人有时默认不正当的行使权力，这是因为“社会的头等大事就是防止使其成员陷于不能生存的混乱崩溃状态。因此就是出现不正当的行使权力总会比社会崩溃要好些的状况。”日本学者池田大作也认为：“权力表现为对人的统治。强制或压制的力量。因此权力往往成为妨碍人的自由、侵犯人权的“坏东西”。本来权力是为了保护更多的人，因此应当为善良的目的而行使，但由于当权者的心理动机和目的观念的缘故而向坏的方面转化的情况也不少。”[38]可见以恶的手段去实现善的目的甚至恶的目的，是由权力的特性和人滥用权力的天然倾向性所决定的，为遏止恶的手段对个人自由权利造成损害，必须强调实现目的的手段的正当性，在司法活动中则要强调法律程序的正当性。
目的和手段，在伦理上必须有一贯性，即使目的很正当，如果手段与目的相悖，目的本身也会变成欺骗的口号。所以，正当的目的不能为行使罪恶手段辩护。汤因比曾经指出：“目的不能使手段正当化。目的和手段在伦理上必须有一贯性。这是从经验中产生的原理。在第一阶段作坏事，而在第二阶段想要做好事，这从心理上说，也是不可能的。就是说，出发点错了，就绝不会达到正确的终点。”[39]在历史上，法国大革命时期的恐怖特别验证了手段正当的重要性，“采用恶劣的手段，达到善良的目的，这种欺骗将成为陀思妥也夫斯基的小说《恶魔》及其恶魔般的主人公的中心思想。在这个问题上，革命家罗伯斯庇尔的一生，是有教训的。他并没有个人私利，而为人类的福利贡献出全部心血。但是却犯了错误——智能上的错误，同时也有伦理上的错误。也就是说，他认为自己的目的是善良的，实现这一目的是重要的，因此使用暴力手段也是正当的。其结果没有出现地球上的乐园，却出现了罗伯斯庇尔领导下的恐怖政治。”[40]对此，柏克曾经警告说：“罪恶的手段一旦得到宽容，很快就为人们所乐于采用。比起通过伦理道德的这条大路来，它们提供了一条更短的捷径。由于论证了叛卖和谋杀对公共利益是正当的，于是公共利益很快地就变成了借口，而叛变和谋杀则变成了目的；终于巧取豪夺、心怀恶意、报复以及比报复更可怕的恐怖，就能满足他们那些永不满足的嗜欲。在人权的这些胜利的光辉之中，丧失了一切天然的是非感的后果就必定会如此的。”[41]
我国的司法改革的一项重要内容是要解决长期以来存在的、至今有着沦肌沏髓影响的“重实体，轻程序”的问题，不过，在对旧疾进行疗救的时候不能又添新疾，如果矫枉过正，又罹“重程序，轻实体”之新恙，其为祸必不亚于对客观真实过分倚重而忽视程序合法之害。正如陈光中教授所警告的那样，它会造成以程序公正掩盖实体不公正的现象的发生。
