举证责任的分配原则从理论到实践都有比较成熟的原理和具体规定，而对于国家机关证明责任的分配原则谁也没有探讨过，在理论上是空白，在实践中各国的作法也有差异。由于证明责任不是来自于人的主观意愿，公安司法机关的证明行为不是出自于某种主张，而是依法定职责为发现真实着手的，因而，当然不能采用“谁主张，谁举证”原则，而应遵循职权原则和阶段责任原则。
1.职权责任原则。公安司法机关的证明责任由其证明权而产生，并由其相应的职权作保障。因而，在刑事诉讼证明中，应根据主体机关的职权承担相应的证明责任。侦查机关，与其侦查权相适应，主要承担通过侦查收集证据、查获犯罪人和通过预审核实证据、认定案件事实的责任。检察机关，与其公诉权相适应，承担审查移送起诉材料、进一步核实证据，确定是否提起公诉并对自侦案件收集和审查证据、查明犯罪事实、提起公诉的责任等。审判机关，与其审判权相适应，承担主持法庭审理、综合评判证据、确定证据采用或补充调查，最终认定案件事实，作出裁判的责任等一系列证明责任。奉行对抗式审判、追求形式真实的英美法系国家把审判看作是理论上处于平等地位的对立双方在有权决定争端裁决结果的法官面前所进行的争斗，法官作为消极的仲裁者不参与调查收取证据活动，因而不负收集调查证据责任。建立在职权调查原则和实体真实原则基础之上的大陆法系审问式审判，法院在审判中有权收集和发现能够使案件事实真相得以揭示的证据和事实，因而负收集调查证据责任。我国采取大陆法系的作法。我们认为，为弥补举证责任的缺陷，实现查明案件事实真相的最高层次诉讼目的，法院应当承担该种证明责任。
2.阶段责任原则。如前述，由于刑事诉讼证明的阶段划分直接导致证明责任承担的阶段性。即侦查阶段的证明责任主体是侦查机关；起诉阶段的证明责任主体是检察机关；审判阶段，人民法院是证明责任主体。因此，在诉讼过程中，哪一阶段上出现了错误，则由其负证明责任的主体机关承担，并负责国家赔偿和应予承担的过错法律责任。
最后，还应提及的是，西方国家将侦查机关和检察机关视同当事人，认为其应负举证责任。在我国，也有学者认为“审查起诉阶段，侦查机关主张对犯罪嫌疑人提起公诉，是主要的控诉方，负有举证责任……在对公诉案件的审判阶段，代表人民检察院出庭支持公诉的公诉人是主要的控方，应当对追究被告人刑事责任的主张负举证责任。”[23]根据以上对举证责任与证明责任的阐释，侦查机关和检察机关不具备举证责任主体资格应该没有疑问了。但是，怎么解释起诉阶段侦查机关的提证行为与审判阶段检察机关的提出证据行为呢？我们认为，侦查机关与检察机关的提证行为分别与它们在侦查阶段、起诉阶段承担的证明责任密不可分。实际上，在侦查阶段、起诉阶段，它们承担的证明责任一般表现为行为责任，而后果责任暗含于行为责任之中，在后一证明阶段，通过该阶段证明责任主体机关评判才能外化，并且，由于证明的递进性，后一证明责任主体机关责任的承担必须建立在前一机关证明责任（实际上是行为证明责任）完成的基础上。因此，提证行为就成为衔接证明责任链条的必不可少的中介，就是在这个行为责任与后果责任分合过程中，二者达到统一。而且，在我国由于国家机关证明目的的客观性，根据刑事诉讼法第43条规定，审判人员、检察人员和侦查人员必须依据法定程序收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或无罪，犯罪情节轻重的各种证据。虽然在提证时，为架构“控辩对抗”的发现真实的理性诉讼格局而只提出有罪、罪重的证据，但侦查机关和检察机关移送案卷采“全卷移送制”，移送的案卷中包括有罪、无罪、罪轻、罪重的全部证据。这昭示了这种行为提证责任的职权性、中立性而非利益性。它和举证责任的个人本位相反，是建立在国家本位之上的职权行为，是国家管理职能和裁判职能的结合，具有公权性。在这一诉讼过程中，提出证据，以证实起诉书指控的事实，并进行质证核实，是主体机关在法庭审判过程中必须履行的责任，与当事人的举证行为有本质的不同。
