再次是法院审判事务的内部管理机制的自利性所致。所谓法院审判事务内部管理机制的自利性，是指法院对本院审判事务的内部管理制度基于追逐本院或法官自身的利益，而忽视法律在诉讼中应当统一落实不悖的“一盘棋”原则，造成国家法律难以在法院系统得到较为理想的统一实施，从而使有关法律规范的立法意图无法在民事诉讼中有效地实现。法院审判事务的内部管理机制的自利性对反诉制度适用上的阻碍主要表现为：出于各个法院都较为认真地追逐结案率，并以此作为考核法院和法官工作成绩的重要指标，因而法院和法官站在自利的立场上，为完成或提高本院或本人的结案率，就极易出现拒绝接受被告反诉的现象，而在反诉不必向立案庭提起只须向本诉的办案法官提出的情况下，办案法官基于自身利益而直接拒绝受理反诉则尤其容易。毕竟，反诉与本诉合并后的诉讼势必复杂于单纯的本诉，由此导致审理的难度相对增大和诉讼的时间相对延长都是必然的。但是，法律既然设立反诉制度，便意味着要求法院和法官原则上应当接受这种结果———如果因为受理反诉会使诉讼变得相对复杂以至于影响结案率从而拒绝接受反诉，反诉制度就根本没有存在的必要。当然，如果反诉与本诉合并审理会过分地影响诉讼效率，实行分开审理也是必要的———如果可以分开审理的话。但须指出的是，分开审理与拒绝接受被告反诉是不同的，前者以受理反诉为前提，并没有对被告行使反诉权形成阻碍；后者表现为仅仅因为不愿使诉讼复杂化而拒绝受理反诉，造成被告反诉权的行使遇阻。

　　最后是地方保护主义的倾向所致。地方保护主义倾向成为反诉制度适用遇阻的原因主要表现为两个方面：其一，当原、被告分属于不同行政辖区，若本诉由原告住所地人民法院管辖，如果被告向该法院提出反诉，该法院可能基于地方保护主义倾向而借故拒绝受理反诉，在被告基于抵销目的而提出反诉时尤其如此。此种情形下的地方保护主义构成反诉制度适用遇阻的直接原因。其二，由于地方保护主义往往表现在判决上的不公平，当本诉案件由原告住所地法院管辖时，被告虽然欲向原告主张权利，通常也不愿向本诉的管辖法院提出反诉，而是向其他法院另行起诉。此种情形下的地保护主义构成反诉制度适用遇阻的间接原因。

　　除上述原因之外，法院及法官对反诉制度的立法意图和作用缺乏应有的认识，也是造成反诉制度适用遇阻的因素。其主要表现在两个方面：第一，有相当部分法官尚未意识到反诉制度的立法意图之一是欲防止相互矛盾的判决产生，由此决定了有的反诉即便与本诉合并审理会造成诉讼拖延，法院也不能拒绝受理该反诉。在这里，避免相互矛盾的判决产生的司法价值大于尽快结案的司法价值。第二，法院系统作为一个整体，没有意识到整体意义上的法院审判可以通过对反诉制度的有效实施而提高民事诉讼的整体效益，进而降低国家为解决民事纠纷所付出的成本。倘若法院能够意识到这一点，就不至于因着眼于本院的结案率而使被告的反诉权无从实现。