第三，反诉案件与本诉案件的简繁差异使反诉权的行使遇阻。诉讼实践中，被告在本诉程序中提出反诉后，法官如果认为反诉案件的简繁程度不同而不能适用“同一诉讼程序”的，通常也拒绝受理反诉。值得注意的是，实践中的反诉与本诉适用程序的不同步很少是属于学理所想象的那种民事纠纷案件与非讼案件适用程序的不同，事实上，反诉制度只适用于民事纠纷案件。因此，从理论上讲，基于程序适用不同而导致反诉权的行使遇阻，只能是普通程序与简易程序之间或者第一审程序与第二审程序之间的问题。

　　上述现象表明，反诉制度在适用上的遇阻并不是偶然的和个别的现象。首先，客观上阻碍了被告反诉权的行使和实现，妨碍了对双方当事人公平保护的诉讼宗旨的实现。公平思想是给予被告反诉权最初的动机，“在优士丁尼的罗马法中，反诉请求是以相互请求这样的名义出现的。在罗马法中，被诉的对方当事人可以行使原告所拥有的一切权利，当然也包括提起请求的权利”。[1]（P78—80）这种公平保护的目的正是反诉制度最初的立法意图，而现代反诉制度的立法意图也依然如此。因而，人为地阻碍被告反诉权的行使，不仅是对通过诉讼途径实现公平保护的妨碍，而且也昭示着诉讼过程的不公平。其次，难以避免相互矛盾的判决产生。实践中的大多数反诉都与本诉出自于同一法律关系或同一法律事实，这类反诉通常与本诉在基础事实方面有相当部分是交叉重叠的，其中有相当部分的反诉与本诉依矛盾法则若反诉请求成立则本诉请求不能成立。当“关联性达到这样的程度，即不可能审理一项请求而不审理另一项请求。一起审理不但有好处，而且属于必须时人们称之为不可分性（indivisibility）”。[2]（P177）如果被告不许在本诉程序中提出这类反诉或者人民法院借故不受理这类反诉，被告对此另行起诉而造成由不同的法院或不同的法官审理这两个案件，就很难从诉讼程序上去保证对有共同基础事实或矛盾主张的两个诉的判决吻合不悖，特别是在我国法官的素质参差不齐、地方保护主义倾向严重的背景下，尤其难以避免相互矛盾的判决产生，其结果必然损害人民法院生效判决的公信力，损害司法的尊严。再次，增加诉讼的次数，有碍于提高诉讼效益。现代反诉制度在相当意义上是为了诉讼经济，反诉与本诉合并审理的诉讼的“理想情形在唯一一次辩论中即完成证据调查（时间和金钱）”，其“比起两个分开进行的诉讼要便宜些”[3]（P245）可以使两场诉讼一次进行，避免另外再进行诉讼，从而减少诉讼的次数，提高诉讼效益。

　　此外，反诉制度的适用遇阻，还将造成当事人之间不必要的交叉清偿债务或人民法院的重复执行，甚至还可能造成一方当事人清偿同时却面临对方当事人无力清偿的危险。我国学理在研究反诉制度时，忽略了反诉制度的另一个功能———反诉制度的运用“可以避免发生某一诉讼当事人无支付能力的危险，在法院可能运用裁判责令债务抵销的情况下更是如此”。[4]（P1021）出于反诉在目的上具有抵销或吞并本诉诉讼请求的对抗性，在反诉和本诉所主张的权利都成立的情况下，法院将通过一并判决使双方当事人彼此的债务得以抵销，从而避免重复清偿或使一方当事人面临另一方当事人无力清偿的危险。但是，倘若基于抵销或吞并目的的反诉遇阻，被告另案起诉的，抵销便无法通过诉讼途径实现。如果原告对前一案件先获得胜诉判决并得以执行，被告对后一案件胜诉后，往往需要法院将已执行出去金钱又执行回来，而且，其完全可能面临法院无法再执行回来的危险。由于反诉制度适用上的遇阻所导致的重复执行和无法执行的危险，也是我国民事执行难雪上加霜的因素之一。