在司法实践中，合法性审查的过程往往不像法律规定的这么简单。有时事实判断依赖的信息和材料是合法的，但是，它取得的手段却可能是非法的。比如，有些侦查人员通过非法窃听、潜入犯罪嫌疑人家里获取指纹等手段，确定该犯罪嫌疑人就是作案者；依此审讯犯罪嫌疑人，获取口供，再根据口供取得其他能证明案件真相的重要信息，在起草起诉意见书时，有意省略非法窃听、获取指纹等违反程序的细节。从表面看起来，司法人员起诉意见书中的事实判断符合法定程序，很接近案件的真相，有很强的说服力，但是，这个判断用合法的手段掩盖了非法手段，实际上是非法的。
那么，私人不法手段获取的案件信息，在此基础上形成的事实判断是否必须完全排除？以私录资料为例，最高人民法院的法复[1995]2号规定：未经对方当事人同意私自录制其谈话，系不合法行为，以这种手段取得的录音资料，不能作为证据使用。2001年12月21日，最高人民法院又公布了《关于民事诉讼证据的若干规定》，其第六十八条规定：“以侵害他人合法权益或者违反法律禁止性规定的方法取得的证据，不能作为认定案件事实的依据。”显然，按照最高人民法院的“批复”，私录资料必须经过对方当事人的同意，才能作为合法证据使用，“规定”说明，侵权和违法取得的证据，不能作为认定案件事实的依据。“批复”和“规定”显然是为了保护取证过程中的“隐私权”和“商业秘密”。
如果对方当事人的行为本身具有合法性，取证者必须要经过对方当事人的同意，涉及对方当事人的隐私权和商业秘密的视听资料就不能作为合法证据使用，这一点没有多大的争议。但是，如果对方当事人的行为不合法，而且该不合法的行为是私录资料的原因，那么这些资料能不能作为合法证据使用？如果按照“批复”和“规定”，在这种情况下，又怎么可能征得对方当事人的同意？难道为了对方的合法权益掩盖下的非法行为而牺牲自己的合法权利？起草《关于民事诉讼证据的若干规定》的最高人民法院第一庭的法官们显然也意识到了这一问题，将非法证据只限定为“以侵害他人合法权益（如违反社会公共利益和社会公德、侵犯他人隐私）或者违反法律禁止性规定的方法（如擅自安装窃听器进行窃听）取得的证据”，这显然已经摈弃了以对方同意作为私录资料合法证据的前提，但是，还是没有解决对方当事人行为不合法导致私录资料的法律问题，更何况他们的说明不是有效的司法解释，没有法律约束力。
针对这一证据法的规定，法官有不同的理解。例如，2003年，重庆的刘小姐在求职时遭遇了这样的隐私拷问：“你赞成婚外性行为吗？”“如果客户对你提出性要求，你怎么办？”“你能接受一夜情吗？”这位主考官还要亲自动手给她测量“三围”。刘小姐愤而起诉，但当时没有相关证人，她只能凭借自己私自录制的一盘录音。法官认为这一证据合法。[17]显然，根据“批复”和“规定”，刘小姐的录音是不能作为合法证据的，但是，在这名法官看来，相对于侵权者的商业秘密，受害者的隐私更值得保护，这是一份合法的证据。也就是说，在对方当事人行为违法在先的情况下，个人用不法手段获取的案件信息形成的事实判断被当作合法证据使用。
可见，按照程序法，审查案情事实判断依赖的信息、材料的形式和取得的方法，是司法人员对证据的合法性进行判断的十分重要的一步。在这一过程中，司法人员可能会受到获取证据手段复杂性的迷惑，也可能会受到对程序法的不同理解的影响。因此，依据程序法，司法人员对关于案情的事实判断进行合法性审查是一个复杂的过程。
第三，对案情的事实判断真实性的审查。这是进行证据衡量的基础，越接近案情真相的事实判断就越可靠，越有可能成为合法的证据，这称为证据的真实性审查。这一过程需要司法人员对案情事实判断的真实性进行审查。只有符合实体法与程序法的有关规定，才能达到从法律的角度可以认为是真实的程度。[18]
值得注意的是，在实践中，有时存在事实部分确定，部分不确定的情况。比如，在一起债务纠纷中，原告出具了一个欠条，上面记载被告欠款金额是6700元，该欠条的下面被告又写了一行字：“还欠款5700元”。原告认为被告只还了他1000元，还欠他5700元；而被告则认为他已经还了原告5700元，尚欠1000元。[19]显然，这个欠条只能证明，原告曾借给被告6700元，被告偿还了一部分，至于偿还的数额是多少，有可能是1000元，也有可能是5700元。显然，无论法官作出什么样的事实判断，其真实性都是不可靠的，仅凭这张欠条无法确定被告尚欠原告的款项数额，原被告必须补充别的证据来确定具体数额，然后再根据双方提供的证据进行权衡，判断一方提供证据的证明力是否明显大于另一方提供证据的证明力，并对证明力较大的证据予以确认，尽可能最大限度地使自己的事实判断接近案情真相。
