现行初查权监督制约机制的缺失，导致检察机关初查实务中存在着许多亟待解决的问题，表现在：
1．初查权的行使带有很大的随意性。这突出表现在大量举报线索没有进入初查程序或虽经初查，但没有立案侦查，职务犯罪成为暗数最高的犯罪类型。据某市检察机关统计，自2003年至2005年间共受理举报线索330件，受理的职务犯罪举报线索移送反贪部门193件，占线索总数的58.5％，移送反渎部门19件，占5.8％，共初查101件，初查率30.6％，经初查后移送立案48件，初查成案率为47.5％，占受理线索总数的14.5％。{4}这一数字表明，大量的举报线索没有进入初查程序，初查后立案的比例也很低。实践中常见的初查不作为现象有：（1）故意压线索不查。有的对线索以时机不成熟、领导打招呼、影响关系、需要长期经营、线索初查价值不大等各种理由和借口故意压制线索，不予查处；（2）故意隐瞒线索不报。有的干警或领导隐瞒个人手中掌握的线索不登记；有的下级侦查部门将应报上级院备案的线索故意隐瞒不报；有的故意隐瞒一段时间后再报上级院备案。如2003年至2006年西安市检察机关反贪部门共受理案件线索2115件，初查1387件，立案677件，未立案710件，沉淀线索728件。由于缺乏相关规定和可资借鉴的操作实践，缓查、存查线索的管理和整合利用成为管理中的一个难点，而使“存而不查”、“存而不用”成为普遍现象。{5}
2．初查权异化为侦查权。这主要表现在：（1）随意进行初查。有的超越管辖范围初查；有的未经批准，局长或个人越权决定初查或不经批准擅自初查；有的非侦查部门初查甚至各部门都初查职务犯罪线索。（2）初查时间不受限制。有作者曾对某基层检察院经过初查的51件案件调查，发现平均每件初查时间为32天，其中最短的3天，最长的达180天。{6}（3）违法初查。有的对被查对象采取强制措施，有的初查中查封、扣押、冻结被查对象的财产。（4）不规范初查。有的不制作初查结论报告或长期查而不结；有的公开以检察人员的身份介入“双规”；[1]有的在初查中安全意识不强；有的初查终结后没有立案归档。实证表明：不少初查行为已远远超过了《刑事诉讼法》第86条规定的“审查”的外延，甚至超越了《检察规则》第128条对初查的种种限制规定。初查侦查化导致侦查程序虚置，“大量的案卷材料在初查阶段就以调查材料的形式形成，立案后侦查材料很少，个别案件立案后还没有形成一页的侦查材料，有的案件初查时间长达90天，而立案后的两三天就结案，出现不少立案后接着就结案的现象。”{7}据最高人民检察院渎职侵权检察厅对2001年全国部分地区立案侦查的1004件渎职侵权案件进行的全程跟踪调查发现，初查程序存在制度不健全、程序不规范，甚至不破不立、以查代侦的现象。{8}
3．利用初查权谋取私利。有的将线索向被举报单位或个人故意泄露，要挟或暗示被举报的单位或个人帮助本单位或个人解决职务升迁、升学就业、资金项目等单位或个人的利益，甚至公然进行权钱交易，收受贿赂。初查权是检察机关的最具威慑力的权力之一。在目前腐败现象比较严重的环境下，一旦检察机关决定对其初查或立案，那就意味着这个国家工作人员“完蛋”了，而查与不查，初查后是否立案，在检察机关内部往往是少数人说了算。山西繁峙县穆新成案，行为人利用的正是初查权的监督制约漏洞。
