在具体方法的运用上，全国人大常委会主要通过两种方法去寻找法律的原意：一是借助于法律文本之外的辅助资料，二是对法律文本结构主义解释，即不根据单一的法律规范确定其含义，而是根据规范的上下条文及整个文本的篇章结构来理解规范的含义。
1999年第一次释法的目的是修正终审法院对基本法第22条第4款的解释。时任全国人大常委会法工委副主任乔晓阳在报告中首先指出，“终审法院在判决前没有按照《基本法》第一百五十八条第三款的规定提请全国人大常委会进行解释，而终审法院的解释又不符合立法原意。”言下之意无疑是：全国人大常委会此次解释的目的就是寻求基本法的原意，以纠正特区法院的错误理解。[19]那么，如何寻找基本法第22条第4款的原意呢?报告指出：基本法第22条第4款所确立的中国其他地区的人进入香港特区须办理批准手续的制度是基于内地与香港之间长期以来实行的出入境管理制度，基本法的立法原意正是肯定内地与香港之间长期以来实行的出入境管理制度，内地所有人，包括香港永久性居民在内地所生的中国籍子女，不论以何种事由要求进入香港特别行政区，均须申请办理批准手续，只有香港永久性居民在内地所生的中国籍子女已经取得香港永久性居民身份证的除外。
报告进而指出，基本法第24条第2款第3项所称的“第（一)、(二)两项所列居民在香港以外所生的中国籍子女”是指在其出生时，其父母双方或一方须是香港永久性居民。这一立法原意体现了防止内地大量人口涌入香港，以利于维护香港的长期繁荣稳定的目的。这一结论是如何得出的呢?报告指出， 1996年8月10日全国人大香港特区筹委会通过了《关于实施＜香港特别行政区基本法＞第二十四条第二款的意见》，其中规定：“在香港以外出生的中国籍子女，在本人出生时，其父母双方或一方须是根据基本法第24条第2款第一项或第二项已经取得香港永久性居民身份的人。”1997年3月10日，筹委会主任委员钱其琛在全国人大八届五次会议上所作的《香港特别行政区筹备委员会工作报告》中将筹委会的这一意见向全国人民代表大会作了报告，并获得了全国人大的批准。而这一资料就成为确定基本法相关条款含义的依据。
可以看出，无论是对基本法第22条第4款还是第24条第2款第3项的解释，基本宗旨都是探究其立法原意。那么，如何寻找立法原意?与特区法院基于文本的文义解释方法不同，全国人大常委会主要是通过文本外的资料来说明文本的原意。其中，对前者的解释寻求的是内地和香港长期以来的出入境管理制度，而后者寻求的是特区筹备委员会的意见。[20]
在2005年4月关于补选行政长官任期为原行政长官剩余任期的解释是全国人大常委会第三次释法。基本法第45条规定：“香港特别行政区行政长官任期五年，可连任一次。”按普通法的文义解释，这一条款含义清晰，没有概念歧义和内涵模糊，即立法并未区分补选行政长官还是初选行政长官，法律上规定任期都是五年。这也是为什么香港部分人士反对全国人大常委会释法的原因。[21]但是，全国人大常委会对此并不赞成，于2005年4月24日作出解释，确定补选行政长官的任期是前任剩余的任期。这一结论如何得出?从全国人大常委会法工委副主任的报告中可以将其归结为以下几个步骤[22]
(1)基本法没有明确补选行政长官的任期。基本法第53条规定补选行政长官应按照第45条产生；第46条规定正常情况下行政长官任期五年，可连任一次。但是，该条未规定行政长官缺位后补选的行政长官任期问题。所以，全国人大常委会需对此作出解释。
(2)从第53条文本的演变中推断补选行政长官的任期应依据基本法第45条确定。1987年12月最初形成的条文草稿汇编规定：“香港特别行政区行政长官缺位时，应在六个月内选出新的行政长官。”1989年4月公布的征求意见稿修改为：“行政长官缺位时，应在六个月内产生新的一届行政长官。”1989年2月公布的基本法(草案)，以及1990年4月通过的基本法第53条第2款，将此修改为：“行政长官缺位时，应在六个月内依本法第四十五条的规定产生新的行政长官”，即把“新的一届行政长官”改为“新的行政长官”；并且增加规定新的行政长官须“依本法第四十五条的规定产生”的内容。
(3)基本法第45条规定：“行政长官产生的具体办法由附件一《香港特别行政区行政长官的产生办法》规定。”而附件一第1条规定：“行政长官由一个具有广泛代表性的选举委员会根据本法选出，由中央人民政府任命”；第2条规定：“选举委员会每届任期五年”。设立一个任期五年的选举委员会，其职责就是选举行政长官，其中一个重要目的是为了便于在五年中行政长官缺位时能够及时选出新的行政长官(否则选举委员会选举出行政长官后即应解散)。同时，选举委员会任期五年，也表明其职责范围是负责选出五年任期的行政长官，而不能产生跨过五年任期的行政长官。因此，在行政长官五年任期届满前缺位的情况下，由该选举委员会选出的新的行政长官，只能完成原行政长官未任满的剩余任期，而不能跨过五年任期。
(4)基本法附件一第7条规定：“2007年以后各任行政长官的产生办法如需修改，须经立法会全体议员三分之二多数通过，行政长官同意，并报全国人民代表大会常务委员会批准。”对此规定，基本法起草委员会主任委员姬鹏飞在关于基本法草案的说明中专门阐明行政长官“在1997年至2007年的十年内由有广泛代表性的选举委员会选举产生”的原则，表明在特区成立后的头十年内，是按两个五年任期的行政长官来安排的，即只能产生任期各五年的第一任、第二任行政长官，其任期不应超过2007年。
(5)2004年4月《全国人民代表大会常务委员会关于香港特别行政区2007年行政长官和2008年立法会产生办法有关问题的决定》规定：“2007年香港特别行政区第三任行政长官的选举，不实行由普选产生的办法。”这表明，第三任行政长官将在2007年根据届时的产生办法选举产生，此前第二任行政长官缺位后产生的新的行政长官任期只能是原行政长官未任满的剩余任期。
从以上全国人大常委会推理过程可以看出，其解释的基本宗旨仍是寻求立法原意，采用的是原意解释方法。那么，全国人大常委会会如何寻求其立法原意呢?基本方法是两个：一是采用结构主义的方式来探究立法原意，结合考虑基本法的第45条、第46条、第53条、附件一等多项条款之间的逻辑关系；二是寻求外部资料的帮助，即借助于2004年全国人大常委会的相关决定反证根据结构主义的结论是正确的。
