再次，当事人不服生效死刑判决而提出申诉要通过法院或检察机关的审查决定才可能启动再审程序，使得当事人启动死刑案件再审很难。在再审的启动上，虽然当事人不服生效裁判可以向法院、检察机关申诉，但这种申诉仅仅是法院、检察机关审查是否再审的一个材料来源，它能否成功地引发再审程序，则要取决于法院、检察机关的审查结果。而检察机关对当事人不服生效裁判的申诉又不够重视，申诉受理多、立案复查少，抗诉更少，甚至只转不办；法院对当事人的申诉也很少受理，这从全国各级法院以审判监督程序收案的数量占同年全国申诉数的比例极低，以及刑事案件收案数占以审判监督程序收案的各类案件总数的比例极低可以看到，当事人的申诉事实上难以启动再审程序。这样，已经被判处死刑的当事人不得不接受死刑立即执行或死刑缓期执行的现实。
本来，从再审的性质和各国的发展趋势看，不利于被告人的再审应受到越来越严格的限制，而有利于被告人的再审则应获得更多的程序保障。这体现了对处于弱势地位的被告人加以特殊保护，同时对处于强势地位的国家权力加以限制的基本观念。然而，我国死刑案件再审在程序启动方面的上述缺陷使得提起有利于被告人的再审比不利于被告人的再审要困难得多。司法实践中，检察机关“重视对重罪轻判、有罪判无罪的案件进行监督，而对于轻罪重判、无罪判有罪的案件往往不予重视”，显然，其更倾向于提起不利于被告人的再审。法院出于自身利益的考虑也不大愿意接受有利于被告人的再审申诉。这种不利于被告人的倾向，使未被判处死刑的就有可能通过再审被判处死刑，或者使不应当被判处死刑的人而被判处了死刑的裁判错误得不到纠正。这种不利于被告人的死刑案件再审启动问题的存在，无疑与现代再审的基本理念和趋势相违背。
（三）死刑案件再审在审判管辖方面存在缺陷
我国刑事诉讼法对再审案件的审判管辖未作专门规定，根据刑事诉讼法所规定的再审启动主体看，原审法院、原审法院的上级法院均可以成为再审案件的审判法院。这就是说，需要再审的死刑案件生效裁判，如果原来是某中级法院做出的，该中级法院可以再次审理；如果原来是某高级法院审理做出的，该高级法院可以再次审理，形成原审法院审理自己做出的生效裁判是否正确的情况，这势必会对再审的死刑案件的公正裁判产生消极影响。因为再审的启动意味着原审法院的生效裁判要受到审查，而通过再审将原审裁判推翻，原审法院和主审法官一般会受到一些消极的评价。特别是随着国家赔偿制和错案追究制的实施，原审法院和原审法官与再审之间存在着越来越多的职业上的利害关系，所以原审法院一般不会轻易推翻本院已经做出的生效裁判。这样的再审很难达到纠正错误裁判的目的，对误判死刑的被告人来说缺乏应有的人权保障，对国家司法资源来说也是一种浪费。
四、我国死刑案件再审的制度改造
（一）对死刑案件再审的相关制度进行改造的基本理念
观念是行为的导引。国家的刑事诉讼观念直接影响着刑事诉讼程序的设计。在刑事诉讼中，由于国家处于强势地位，而被告人处于弱势地位，如果不在刑事诉讼程序设计上注意对国家的刑事追诉能力和机会做出必要的限制，同时赋予被告人一系列的防御手段和程序保障，被告人的权利就容易遭受侵害。为此，现代法治国家普遍确立了无罪推定、一事不再理等诉讼原则来平衡被告人与国家之间的诉讼能力，以保障被告人的合法权益。同样地，刑事再审制度作为一事不再理原则的例外，也是作为保障被告人人权的一种基本救济手段运用的。保障人权是刑事再审制度的基本理念。
