但是，问题在于，如果证人证言前后不一致、以及证人与证人之间、证人与被害人之间证言不一致的情况下，法官如何决定取舍？标准又是什么呢？实际上，证人不出庭导致卷宗信息难以查实，二审印证的形式性也就不可避免地会导致冤案、错案难以查实。尤其是，侦查案卷作为法律专业人士的侦查人员制作并经更为专业的公诉人审查过，留下重大证据缺陷等待法官阅卷时去发现似乎不太可能。{14}在刑事一审质量不高的情况下，刑事二审通过卷宗里书面证据的相互印证来决定证据调查的结果，仍然难以脱离“口供决定论”的窠臼，因此救济效果相当有限。特别是，如果刑事一审“审理未尽”，即通过法庭审理并没有使提起的公诉达到“排除合理怀疑”的程度，法官勉强作出判决，面对一审印证的不充分，在大多数没有新证据的刑事二审中，法官印证的证据材料不可能超过一审，因此，二审法官同样会面对印证不充分的问题。
第四，刑事二审的证据调查具有强烈的职权性，被告方的证据相关权利缺乏保障。首先，刑事二审证据调查的范围由法院决定，并不主动征求被告人的意见，也很少受到被告人申请的约束。例如，在周正龙案件的二审中，辩护律师顾玉树提出，虎照是否系一人拍摄以及是否经过拼接等后期制作的痕迹都应再鉴定，因为这可能涉及是否有他人参与“造假”，他申请作进一步鉴定，以及申请专家傅德志和三名知情证人出庭作证。对于这些申请，法院均不予接受。其次，我国刑事二审被告方的证据相关权缺乏保障。虽然，《刑事诉讼法》规定了刑事被告人的提出证据权、申请证人出庭权以及对质权，但实践中并未得到充分落实。例如，曾以受贿罪和挪用公款罪被判刑、蒙冤10年，于2011年终获清白的原湖南省物资厅厅长谭照华，在2003年1月提起上诉后，一直要求和法官见面。他相信，法官听了他的讲述（包括辩护性材料），一定会主持正义。但是，他一直没有见到法官。最终，6个月后湖南省高级人民法院以书面审理的方式，维持一审判决对谭照华的定罪，但量刑从有期徒刑11年改为8年。{15}与被告人证据相关权密切相关的还有被告人亲近属的参与问题。我国刑事辩护存在辩护率低和辩护质量低的问题。目前，在全国范围内有两类刑事案件实现了律师出庭辩护率100％：一类是盲、聋、哑或者未成年人犯罪的情况；一类是可能被判处死刑而没有委托辩护人的被告人。其余案件辩护律师的出庭率则不到30％。{16}我国律师刑事辩护的质量也显得比较低，其中指定辩护的律师在庭审中的表现比起被告人委托的律师（共同犯罪案件）又明显要差。在一些盲、聋、哑或者未成年人犯罪的案件中，很多律师甚至在开庭之前都不去会见被告人，只在开庭时提交一份辩护意见书就算完成任务。在专业的刑事辩护律师缺位的情况下，在一些刑事辩护律师并未严格恪守职业道德而作为被告人合法利益最佳代理的情况下，如果没有适当扩大被告人近亲属在刑事二审的参与权，包括询问其是否有新的辩护性证据提交、告知二审开庭的日期、地点等，可能导致被告人在刑事二审中的公正审判权受到损害。
