司法系统之所以在解决涉诉信访问题上出师不利、效果欠佳，甚至法院的司法裁判行为本身成为了制造和诱发新的涉诉信访问题的根源，在于司法系统在多个方面存在缺陷和不足：（1）诉讼制度设计存在问题。这包含有三个方面的内容，其一是审级制度不合理，缺乏审级终结制度。对于此一问题，法律界代表性的认识是：“我国法律坚持‘实事求是，有错必纠’、‘司法为民’的理念，在刑事、民事和行政三大诉讼法上都规定了当事人可以申请二审、再审和申请行政复议的权利，任何司法机关与司法工作人员都须听取人民群众的意见包括上访意见，并妥善处之。这些规定，一方面体现了我国社会主义宪法对公民权利的保护；但另一方面，三大诉讼法都没有对当事人的申诉权利给予实质性的限制。特别是对申诉次数没有给予明确限制，在实践中，即使当事人的权利义务由终审判决固定下来，但在事实上仍处于不确定状态，这使当事人产生始终都有申诉改判的机会的念头，不肯息诉罢访，当事人随时有可能提出申诉而进行再审或调整，涉诉由此产生。[18]应当说，现存的二审终审加无限上诉审的诉讼制度设计，事实上使得中国的司法审判缺乏真正的终结制度，这是造就顽固性涉诉信访的制度性因素。其二是缺乏判例制度的支持，同案不同判现象突出，人民缺乏司法公平感，这也是诱发涉诉信访问题的重要原因。其三是受制于成文法条的限制，对于法律没有明确规定的案件，法院只能不予立案，导致当事人只能以信访的形式寻求解决。中国社会科学院研究员于建嵘对进京上访者进行了一次问卷调查，统计显示：在接受问卷调查的632位进京上访的农民中，有401位农民在上访之前曾就申诉的问题到法院起诉过，其中法院不予立案的竟然占到了42.9%。[19]（2）法官素质整体不高：因为中国尚未推行严格的法官遴选制度，导致大批法官法律素质较低，而大量的优秀法律人才却难以进入体制内服务；法官的职业道德水准较低，枉法裁判现象层出不穷；相当多的法官审判技能较低，很多情况下既无法准确理解法律规范，也无法正确认定法律事实；虽经多年法律职业教育，但法官共同体始终无法形成，对于同一案件达不成基本的共识，导致社会对法律和法官认识上的混乱。上述因素都可能使得司法裁判的质量难以保证，很容易引发涉诉信访问题。（3）法院权力体制结构存在问题。主要表现在两个方面：一是法院的权力结构完全是行政化的，行政长官负责制代替了法官独立责任制，法官审案的积极性和责任感难以得到充分发挥；二是合议庭合议案件时无法真正按照“理想的商谈原则”进行，往往出现以职务压制司法真理的现象，不利于审判质量的提高。（4）判后解释疏导工作不到位，本应得到消除的纠纷容易发展为涉诉信访案件。（5）涉诉信访立法不完善，涉诉信访工作无法可依。上述问题的存在，必然引发这样的结果：或者大量的案件不能立案，从而无法在司法体制内得到合理解决；或者大量的案件得不到高质量的审理和解释，从而引发当事人的不满；或者大量的已判案件无法适时终结，以及已经转化为涉诉信访问题的案件缺乏合理的法律规制，这些都会导致大量涉诉信访问题层出不穷、迁延难止。
司法系统在解决涉诉信访问题上，既有显着的作用，也有明显的局限。从图-1中可见，进入司法系统的社会总的纠纷水平为HB，经过各级法院裁判工作、司法行政工作和其他处理纠纷工作，社会纠纷总体水平自H点降至R点；至于最为理想的、社会纠纷水平近乎忽略不计的C点，则是目前无法实现的。因此，R点是社会纠纷经由立法、行政、司法三大系统相互协作、发挥职能之后的社会纠纷剩余水平，并以涉诉纠纷为外在表现形式。这部分以涉诉信访的形式溢出国家机关系统、重新进入社会的纠纷剩余，对社会秩序和人民生活、直至政治稳定造成了很大的困扰和冲击，是当下各级政法、信访部门必须予以认真对待、重点解决的社会热点和难点问题。
