制度廉洁性评估应当坚持评估与清理相结合的原则。对制度进行廉洁性评估不是目的，制度廉洁性评估的目的在于提高制度质量、消除制度腐败。通过制度廉洁性评估发现问题后，应当按照法定权限和程序予以清理，清理包括制度的修改和废止等。我国已经形成立法定期清理制度，构成行政立法和地方立法不可或缺的组成部分，一般规章每隔5年、规范性文件每隔2年清理一次。加强对法规、规章和规范性文件的清理，对不符合经济社会发展要求，与上位法相抵触和不一致，或者相互之间不协调的法规、规章和其他规范性文件，及时予以修改或者废止。制度廉洁性应当成为立法清理的重要标准，通过立法后评估、决策执行效果评估或者专门的廉洁性评估，使存在廉政风险的制度及时进入修改和废止程序，对存在重大廉政风险的制度应停止其效力，这是制度廉洁性评估产生实效的根本保证。
加强制度廉洁性评估工作，需要对廉洁性做出明确界定。从各地试点情况看，制度廉洁性的概念不甚明确，评估的内容非常广泛，一个各地普遍采用的评估框架涵括了制度的廉洁性、制度的合法性、制度是否存在利益冲突以及制度的科学性等。所谓制度的廉洁性是指是否遵循了公开、公平、公正原则等；所谓制度的合法性是指是否存在违规违法扩张权力、减免责任等；所谓制度性利益冲突是指是否存在谋取不正当利益，或者与公共利益发生冲突，以及容易引发不同利益群体之间冲突等；所谓制度的科学性是指包括权力设置是否合理、监督制约措施是否有效等。从广义上讲，将合法性、科学性等包含在廉洁性之内亦无不可，但从制度评估的角度讲，制度廉洁性应当与民主性、科学性、合法性等相并列，而不能成为它们的上位概念。根据通常的理解，制度评估应当包括形式审查和实质审查，全面的制度评估应当是形式审查和实质审查的统一，包括民主性评估、科学性评估、合法性评估、廉洁性评估，其中民主性主要是指制度是否体现民主和民意，制度应当体现人民的意愿和利益要求；科学性主要是指制度是否反映规律，制度应当反映经济社会发展基本规律；合法性主要是指制度是否合乎法治，制度应当遵循法治原则和法律规范；廉洁性主要是指是否存在利益冲突，与民主性、科学性、合法性相比较，廉洁性更具有伦理道德和廉政意义。当前，各地开展制度廉洁性评估工作，将科学性、合法性评估纳入其中，那么民主性评估也应当纳入评估体系。如果将制度是否体现民意、反映规律以及是否遵循法律保留原则等作为廉洁性评估内容，廉洁性就成了一个无所不包的概念。由于制度廉洁性理论上概念不够清晰，实践上内涵又过于宽泛，使得制度廉洁性评估缺乏特性，实际上与既存的抽象行为审查制度没有太多差别。
建立科学合理的制度廉洁性评估指标体系，应当明确制度廉洁性的核心内涵，将利益冲突概念确定为核心概念。党的十七届四中全会通过的《中共中央关于加强和改进新形势下党的建设若干重大问题的决定》明确提出“建立健全防止利益冲突制度”，利益冲突是产生腐败的重要根源，防止和管理利益冲突是有效预防腐败、加强廉政建设的重要策略。制度廉洁性评估的目的是为了预防和消除如下利益冲突现象：不顾全局谋求局部利益，不顾长远谋求眼前利益，不考虑弱势利益保护，牵连甚至关照利益集团的利益，一定程度上损害公共利益，违法增加公民、法人和其他组织义务或者影响其合法权益，形成和固守地方或行业保护，等等。围绕利益冲突这一核心概念，制度廉洁性评估应当主要关注以下几项指标：（1）是否存在地方或部门利益制度化，构成对公共利益的威胁；（2）是否存在地方或部门利益制度化，构成对公民权益的威胁；（3）是否存在地方或部门权力交叠和利益冲突；（4）是否存在权力与权利关系的明显倾斜，或者为公民、法人和其他组织设定额外义务；（5）是否存在模糊职责和减免公共职责，谋取权力便利的情形；（6）是否存在不正当的社会利益倾向和不合理的社会利益安排；（7）是否存在违反“廉价”原则、效能要求和财经制度的情形；（8）是否存在法律责任缺位、问责机制和绩效评估缺失等情况。
