制度廉洁性评估工作有利于促进依法行政和法治政府建设。立法过程表面上是形成制度的过程，实质上关涉各方面的利益安排。立法过程要逐步实现民主化、科学化和法治化，防止地方主义、部门主义和“俘获政府”现象。加强和改进制度建设，提高制度建设水平，是依法行政和法治政府建设的基础性要求。2010年11月，国务院发布《关于加强法治政府建设的意见》，这是继2004年国务院发布《全面推进依法行政实施纲要》、2008年发布《关于加强市县依法行政工作的决定》后，贯彻落实依法治国基本方略、深入推进法治政府建设的又一重大举措。该意见在“加强和改进制度建设”和“坚持依法科学民主决策”两个部分提出具体要求，突出政府立法重点，提高制度建设质量，加强对行政法规、规章和规范性文件的清理，健全规范性文件制定程序，强化规章和规范性文件备案审查，以及规范行政决策程序，完善行政决策风险评估机制，加强重大决策跟踪反馈和责任追究。由中纪委和国家预防腐败局推动的制度廉洁性评估工作与国务院推进依法行政和建设法治政府的规划要求相契合，对加强和改进制度建设、促进民主科学依法决策，从而提高制度建设水平具有重要意义。
从观念上讲，法治与权力腐败是不相容的，反腐倡廉依赖法治，加强法治是反腐败的基本路径。从实践上看，法治政府建设与反腐倡廉是交叠统一的，法治政府基本指标之一就是廉洁政府。国务院总理温家宝在2010年全国依法行政工作会议上强调法治政府建设对于发展市场经济、促进社会公平正义、深化政治体制改革的意义的同时特别指出：加快建设法治政府是政府建设和反腐败的重要举措。我们必须认识到，在和平建设时期，执政党的最大危险是腐败。而孳生腐败的根本原因是权力得不到有效监督和制约。这个问题解决不好，政权的性质就会改变，就会“人亡政息”，这是我们面临的一个极为严峻的重大考验。依法行政，建设法治政府的核心思想之一即是加强对行政权力的监督，防止权力滥用和腐败。全面推进依法行政，建设法治政府，是反腐倡廉的基本途径和常规措施。从这样的意义上理解，政府及其部门严格依法行政，不断推进政府工作制度化、规范化、程序化，不仅是政府自身建设的重要目标，也是反腐倡廉的重要保障。
应当正确认识和处理制度廉洁性评估与加强和改进制度建设以及依法科学民主决策之间相辅相成的关系。从法治政府建设的角度讲，加强和改进制度建设，应当借力于制度廉洁性评估，使制度廉洁性评估成为加强和改进制度建设、促进依法民主科学决策的一个独特角度，成为改进立法和决策工作的着力点和新机制。将制度廉洁性评估指标纳入制度审查评估体系，贯穿于立法起草、决策风险评估、备案审查、立法后评估、立法清理等立法全过程，推进备案审查、立法后评估、立法清理等工作，增强立法和决策监督的有效性；从预防和治理腐败的角度讲，加强制度廉洁性评估应当借助于由备案审查、立法后评估、立法清理等构筑的立法监督平台，以及立法和决策机制和程序，适度切入立法起草、决策风险评估、备案审查、立法后评估以及立法清理等各环节并形成有效衔接和融合，以在更大的程度上获取制度廉洁性评估工作的实效。
