加强制度廉洁性评估工作，需要建立科学、合理、权威、高效的制度廉洁性评估体制。制度廉洁性评估体制主要分为三个层面，一是各地成立的协调指导小组，二是立法起草和政策草拟部门或机构，三是省人大法工委和省政府法制办。在试点实践中，各地大都成立了由省纪委、省监察厅、省预防腐败局牵头，省人大法制委、省政府办公厅、省政府法制办等部门负责人以及省预防腐败研究基地专家组成的协调指导小组，其职能主要是廉洁性评估工作的组织、指导、协调及督促等工作。制度廉洁性评估体制建设应当与现行的立法和决策体制相协调和统一，充分实现制度廉洁性评估工作与立法、决策及监督工作的结合。法规、规章和其他规范性文件起草过程的廉洁性评估极为重要，法律文件和政策文件的起草部门对制度廉洁性评估负有首责。政府部门在起草地方性法规、地方政府规章和其他规范性文件过程中应当以制度廉洁性评估指标为审查指南，围绕利益冲突这一核心概念，对权限安排、透明度、程序正当性、问责制等进行专题审查。各地省人大法工委、政府法制办负有立法把关和对制度进行备案审查等职责，按照“各司其职、协调配合”的要求，合理划分审查职责，规范和完善制度廉洁性评估工作机制。人大法工委、政府法制办在立法审议和决策过程中以及对制度进行备案审查时，既审查制度的合法性、合理性，也审查制度的廉洁性。以政府法制机构为例，国务院《关于加强法治政府建设的意见》在更大的程度上赋予了政府法制机构对制度和决策进行合法性审查的权限，政府法制机构在加强和改进制度建设中发挥着重要作用，其中最重要的制度安排是：制定对公民、法人或者其他组织的权利义务产生直接影响的规范性文件，由法制机构进行合法性审查，重大决策事项应当在会前交由法制机构进行合法性审查，未经合法性审查或者经审查不合法的，不能提交会议讨论、作出决策。政府法制机构在政府立法和决策中发挥主导和协调作用，当然负有制度廉洁性评估的权责，对包括法规、规章在内的各类规范性文件存在廉洁性问题和廉政风险的，亦不能提交会议讨论审议和作出决策。
制度廉洁性评估工作需要充分利用已有的行之有效的机制和程序，实现各种机制的有效衔接和程序上的互动共振。与法规、规章和其他规范性文件的决策风险评估、备案审查、立法后评估、立法清理等工作相结合，可以形成多部门参与的衔接有效、协调一致的维护制度质量的联动机制。以风险评估为例，风险评估已经成为立法和重大决策的重要程序，对即将出台的制度需要进行风险评估，重点是进行社会稳定、环境、经济等方面的风险评估。对制度进行风险评估应当包括廉政风险评估，通过制度廉洁性评估确定是否存在廉政风险以及廉政风险等级，并将廉政风险评估结果作为制度能否出台的重要依据，未经风险评估的和存在较大廉政风险的制度一律不得出台。再以备案审查为例，我国的立法备案审查制度存在已久，但“备而不查”的现象比较普遍，近几年来备案审查制度不断完善并有专门的条例，执行情况也在逐步改善。制度廉洁性评估应当将备案审查作为重要的机制，将廉洁性作为审查的重要标准，促使备案审查由形式走向实质。另外，程序不仅对于制约权力有明显特效，对于增强制度的严谨性和效力亦具有相当功力。所以应当特别重视制度廉洁性评估程序，一方面应当强调制度廉政性评估体制各方面关系的程序化，另一方面应当充分利用现有立法和决策监督程序，比如，部门专题评估、专家咨询、风险评估、合法性审查、评估听证、专业机构测评、公众参与等。
